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.2003年1月1日；31(1):94-6.
doi:10.1093/nar/gkg078。

斯坦福微阵列数据库：数据访问和质量评估工具

杰里米·戈卢布 1, 凯瑟琳·鲍尔, 盖尔·宾克利, 亚诺斯·迪米特, 大卫·芬克尔斯坦, 琼·M·赫伯特, 蒂娜·埃尔南德斯·布沙德, 恒进, 米罗斯拉瓦·卡洛普, 约翰·C·马特塞, 马克·施罗德, 帕特里克·O·布朗, 大卫·伯特斯坦, 加文·夏洛克
附属公司

斯坦福微阵列数据库：数据访问和质量评估工具

杰里米·戈卢布等。 核酸研究. .

摘要

斯坦福微阵列数据库（SMD；http://genome-www.stanford.edu/microarray/)作为斯坦福大学研究人员及其合作者的微阵列研究数据库。此外，SMD作为整个科学界的资源发挥作用，它免费提供其所有源代码，并提供对SMD用户发布的数据的完全公开访问，以及许多用于探索和分析这些数据的工具。SMD目前提供了3500个微阵列数据的公共访问，包括85个出版物的数据，并且这一总数正在迅速增加。在本文中，我们描述了SMD用于访问公共数据、评估数据质量和进行数据分析的一些较新工具。

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数字

图1
图1
人类克隆cDNA图像比率结果的频率分布：461759（OLR1），来自Expression History工具。从打印克隆的863个公共阵列中的683个不同点得出的比率以对数刻度显示（标记为不可靠的点被忽略）。每个通道中具有高强度的斑点更有可能是可靠的；这些由绿色条表示。黄色条表示不太可靠的测量，至少一个通道中的强度低于阈值。用户可以设置阈值强度值。
图2
图2
三个微阵列幻灯片的简化视图，来自阵列颜色工具。点显示在拓扑正确的位置，但不按比例显示。扇区（每个扇区由一个别针打印）是不同的斑点块。通道2（红色）强度与通道1（绿色）强度之比大于1.0的光斑由橙色方框表示；比率小于1.0的斑点为蓝色。白点的比率为1.0。两个通道中强度较低的斑点略暗。该工具允许用户设置比率和强度阈值，并选择原始或标准化数据进行显示。还提供了比率与扇区或印刷版相关性的方差分析计算，以及按扇区划分的比率的均值-方差图。标记的（测量不良的）斑点显示为黑色，并从方差分析计算中删除。(一个)此数组显示比率对扇区的依赖性不强[F类（152471）=2.18，R（右）2=0.01]或印版[F类(6, 2480)=9.69,R（右）2=0.02]. (B类)此数组显示比率对位置的强烈依赖性[F类(15, 2480)=72.52,R（右）2=0.31]，对印版的依赖程度从弱到中等[F类(15, 2480)=22.48,R（右）2=0.05]. (C类)此数组显示比率对扇区的弱依赖性[F类（152464）=5.36，R（右）2=0.03]，但对印版的依赖性更强[F类(6, 2473)=35.56,R（右）2=0.08]. 仅通过目视检查很难识别对印版的依赖性。
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