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.2002年12月；12(12):1929-34.
doi:10.1101/gr.77302。

利用SNP和寡核苷酸芯片快速定位斑马鱼突变

希瑟L Stickney 1, 杰里米·施穆茨, 伊恩·伍兹, Caleb C Holtzer公司, 马克·C·迪克森, 彼得·D·凯利, 理查德·迈尔斯, 威廉·S·塔尔博特
附属公司

利用SNP和寡核苷酸芯片快速定位斑马鱼突变

希瑟·L·斯蒂克尼等。 基因组研究. 2002年12月.

摘要

斑马鱼的大规模基因筛查已经在数百个基本基因中识别出数千个突变。这些突变的遗传图谱是将DNA序列与突变表型定义的基因功能联系起来所必需的。在此，我们报告了两项将加速斑马鱼突变图谱绘制的进展：（1）斑马鱼基因组第一代单核苷酸多态性（SNP）图谱的构建，该图谱包含2035个SNP和178个小插入/缺失，以及（2）开发一种映射突变的方法，在该方法中，数百个SNP可以与寡核苷酸微阵列并行进行评分。我们通过将两个已知突变映射到之前确定的位置，证明了微阵列技术在单倍体和二倍体胚胎杂交中的实用性。我们还使用这种方法定位了四个先前未映射的突变。我们预计，利用SNP和寡核苷酸微阵列进行定位将加速斑马鱼突变的分子分析。

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数字

图1
图1
斑马鱼SNP地图。垂直线代表25个连锁群，点代表单个SNP。红点对应于寡核苷酸微阵列上的SNP。序列标记的位置来自Woods等人（2000）的减数分裂图。SNP的名称、序列、位置和应变数据见Web增补A。
图2
图2
SNP之间跃迁和颠倒的分布。
图3
图3
(A类)针对两个SNP的寡核苷酸探针。(B类)单倍体杂交作图方案。单倍体胚胎由F产生1突变和许多SNP杂合的雌性（显示了其中两个）。通过将不同标记的片段与同一微阵列杂交，在混合的野生型和突变型样本中对SNP进行评分。连锁SNP的等位基因有差异标记，而非连锁SNP在每个等位基因上都有标记。然后通过个体区域内的评分标记（未显示）测试微阵列分析所指示的假定位置。(C类)微阵列数据映射浮头LG13突变。显示了来自杂交微阵列的双色图像和两个SNP的四个探针的相对杂交强度图。LG 13上的ZSNP1100表现出连锁标记的差异标记特征。其他位点的多态性标记，包括LG7上的ZSNP653，表现出非连锁标记的标记特征。在本实验的另一个试验中，我们获得了类似的结果：在ZSNP1100中检测到指示连锁的差异标记，并且没有假阳性或假阴性标记（数据未显示）。
图4
图4
(A类)二倍体杂交的绘图方案。方框代表F2F杂交后代1鱼（未显示）对于突变和许多SNP是杂合的，其中显示了两个。与基因型相邻的数字是指它们在F中的比率2后代。野生型和突变型库中的SNP标记不同，如图3所示。对于隐性突变，SNP等位基因与顺式由于野生型池中存在杂合子，两个池中都存在突变。因此，该等位基因标记为两种颜色，而其野生型对应物仅标记为一种颜色（本例中为绿色）。(B类)微阵列数据映射第11天LG2突变。显示了杂交微阵列的双色图像和两个SNP的四个探针的相对杂交强度图。LG2上的ZSNP163表现出连锁标记的差异标记特征。其他大多数位点的多态性标记，包括LG13上的ZSNP1120，表现出非连锁标记的标记特征。(C类)LG2地图，显示第11天和显示连锁标记差异标记特征的SNP。对单个胚胎中的ZSNP158、ZSNP163、ZSNP173和SSLP标记Z11023的分析证实第11天位于LG2的该区域（所示距离）。在本实验的另一个试验中（数据未显示），我们检测到LG2上标记ZSNP163、ZSNP165、ZSNP171和ZSNP173的差异标记指示连锁；对于ZSNP158、ZSNP159和ZSNP167，或者在另一项试验中被检测为假阳性的ZSNP196，没有产生碱基调用。
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参考文献

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