An anatomy of normal and malignant gene expression

doi:10.1073/pnas.152324199

.2002年8月20日；99(17):11287-92.

doi:10.1073/pnas.152324199。 Epub 2002年7月15日。

正常和恶性基因表达的解剖学研究

凯西·布恩¹, 爱立信·C·奥索里奥, 苏珊·F·格林胡特, 卡尔·F·谢弗, 詹妮弗·舒梅克, 科内利亚·波利亚克, 帕特里斯·莫林, 肯尼思·布埃托, 罗伯特·斯特劳斯伯格, 桑德罗·J·德·苏扎, 格雷戈里·里金斯

附属公司

PMID： 12119410
预防性维修识别码：项目经理123249
DOI（操作界面）： 10.1073/pnas.152324199

正常和恶性基因表达的解剖学研究

凯西·布恩等。美国国家科学院程序. 2002.

.2002年8月20日；99(17):11287-92.

doi:10.1073/pnas.152324199。 Epub 2002年7月15日。

作者

附属

¹杜克大学医学中心，达勒姆，北卡罗来纳州27710，美国。

PMID： 12119410
预防性维修识别码：项目经理123249
DOI（操作界面）： 10.1073/pnas.152324199

摘要

基因的表达模式为其在正常生理和疾病中的作用提供了线索。为了在全基因组范围内提供定量表达水平，癌症基因组解剖学项目（CGAP）使用基因表达序列分析（SAGE）。已经组装了来自100多种人类细胞类型的500多万个转录标签。为了增强这些数据的实用性，CGAP SAGE项目创建了SAGE Genie，一个用于分析和展示SAGE数据的网站(http://cgap.nci.nih.gov/SAGE网站). SAGE Genie提供了基因名称和SAGE转录水平之间的自动链接，解释了替代转录和许多潜在错误。这些信息学进步提供了人体或大脑转录表达的快速直观视图，显示在SAGE Anatomic Viewer上。我们在这里报告了一个几乎任何基因在各种恶性和正常组织中表达的容易获得的视图。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
SAGE Genie设计。为了形成SAGE Genie，从转录序列数据库中提取虚拟标签，并根据其在CST 194126个实验观察标签列表中的表现水平进行排名。输入基因名称、关键字或10-bp标记序列，生成单个最佳标记和替代标记与基因关联的列表。用户还可以选择Ludwig Transcript Viewer查看来自同一基因的替代转录物的图表。对于任何标签，可以在解剖上下文（解剖查看器或脑视图）中以图形方式显示表达式，也可以与其他库（数字北方）以假彩色显示表达式。

**图2。**
SAGE标签的转录位置表达。显示九个虚拟标记数据库中最后四个标记位置的标记百分比（按位置）。无论所分析的虚拟标签数据库如何，3′最多（位置1）的虚拟标签具有最高的平均表示。所示数据库是UniGene集群（20K）中最长的条目、共识序列数据库（Hs_est）、非聚类est序列数据库（Nu）、MGC和参考序列数据库（RefSeq）。数据库被解析为一个poly（a）信号和包含部分（以“P5S”结尾）和包含所有其他条目（以“R”结尾）的剩余部分。

**图3。**
SAGE解剖查看器。(A类)SAGE DGED发现，与正常组织相比，硫酸软骨素蛋白聚糖（BC010571）在脑恶性肿瘤中高表达。脑癌组显示为粉红色，平均表达量为每200000个32-64个标签，而其他所有类别的组织平均表达量小于每200000的8个标签（蓝色阴影）。(B)基于SAGE Genie存档的所有文库的同一高表达基因的Digital Northern。

**图4。**
(A类)获得了v-Ki-ras2大鼠肉瘤2病毒癌基因同源物的详细标记与基因关联。SAGE Genie选择的最佳标记将高亮显示。根据标签频率（520万个标签的数据集中的表达水平），同一基因的其他标签不太丰富，并且是由于选择性聚腺苷酸化（PA）或内部启动（IP）产生的。(B)路德维希抄本查看器将编码v-Ki-ras2的抄本序列显示为一条蓝线。彩色框表示最后四个虚拟标签，并显示相对于基因5′端的位置，数据库中的表达水平在右侧的键中提供。在位置2165处发现至少8个腺苷的内部延伸，并且在蓝线上标记为A+。确认IP转录物或PA转录物的序列的登录号在表示v-Ki-ras2转录物的蓝线中的相应位置下方给出。

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中的注释

SAGE Genie：具有基因表达全景视图的套件。
梁平（Liang P.）。梁平（Liang P.）。美国国家科学院院刊2002年9月3日；99(18):11547-8. doi:10.1073/pnas.192436299。Epub 2002年8月23日。美国国家科学院院刊，2002年。 PMID：12195021 免费PMC文章。没有可用的摘要。

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1. Strausberg R.L.，Buetow，K.H.，Emmert Buck，M.R.和Klausner，R.D.（2000）趋势遗传学。16, 103-106.-公共医学
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