YPD, PombePD and WormPD: model organism volumes of the BioKnowledge library, an integrated resource for protein information

doi:10.1093/nar/29.1.75

.2001年1月1日；29(1):75-9.

doi:10.1093/nar/29.1.75。

YPD、PombePD和WormPD：生物知识库的模型生物体积，蛋白质信息的集成资源

M C科斯坦佐¹, M E克劳福德, J E Hirschman先生, J E克兰兹, P奥尔森, L S罗伯逊, M S Skrzypek系列, B R布朗, K L霍普金斯, P孔都, C伦吉萨, J E卢-史密斯, M Tillberg先生, J I Garrels公司

附属公司

PMID： 11125054
预防性维修识别码：项目经理29810
内政部： 10.1093/nar/29.1.75

YPD、PombePD和WormPD：生物知识库的模型生物体积，蛋白质信息的集成资源

M C科斯坦佐等。核酸研究. 2001.

.2001年1月1日；29(1):75-9.

doi:10.1093/nar/29.1.75。

作者

M C科斯坦佐¹, M E克劳福德, J E Hirschman先生, J E Kranz公司, P奥尔森, L S Robertson公司, M S Skrzypek系列, B R布朗, K L霍普金斯, P孔都, C伦吉萨, J E卢-史密斯, M Tillberg先生, J I Garrels公司

附属

¹Proteome，Inc.，美国马萨诸塞州贝弗利市卡明斯中心100号435M室，邮编01915。mcc@蛋白质组网站

PMID： 11125054
预防性维修识别码：项目经理29810
内政部： 10.1093/nar/29.1.75

摘要

生物知识库是一个关系数据库和网站(http://www.proteome.com网站)由从科学文献中收集的蛋白质特异性信息组成。网站上的每个蛋白质报告总结并显示了关于单个蛋白质的已发表信息，包括其生化功能、在细胞和整个生物体中的作用、定位、突变表型和遗传相互作用、调控、结构域和基序、与其他蛋白质的相互作用以及其他相关数据。本报告描述了BioKnowledge Library的四个物种特定卷，涉及模式生物酿酒酵母（YPD）、葡萄裂殖酵母（PombePD）和秀丽隐杆线虫（WormPD），以及真菌病原白念珠菌（CalPD）。每个物种的蛋白质报告格式统一，易于搜索，并且在物种之间广泛交叉引用。讨论了这些综合管理的资源与其他物种蛋白质分析的相关性，并通过对与疾病相关的人类蛋白质相似的模型生物蛋白质的调查来说明。

PubMed免责声明

数字

图1
(A类)比例模型生物中保守的蛋白质。每个圆代表从该物种中分析并包含在相应的蛋白质组数据库。预测的完整集合蛋白质（截至2000年9月）*面包酵母*(6145蛋白质）和线虫（18546个蛋白质）和a几乎全套*S.pombe公司*预测蛋白质使用BLAST分析（6,7）相互比较（4837），并与E类值为1×10^–10或较低的被计算在内。在所有三个圆的交叉处（彩色黑色）是在所有三种物种中找到匹配的蛋白质，代表作为该物种中总蛋白质的百分比。在十字路口每对圆圈中保守蛋白质的百分比根据这些标准，在这两个物种之间，但在第三个物种中没有发现。例如，38%的*面包酵母*蛋白质在两者中找到匹配项*S.pombe公司*和线虫;20%匹配*S.pombe公司*但不是线虫; 和3%匹配线虫但不是*S.pombe公司*.与至少一种蛋白质相似的蛋白质的比例其他物种的61%*面包酵母*蛋白质，71%的*S.pombe公司*蛋白质和23%的线虫蛋白质在至少一种中找到匹配其他物种。(B类)预测值比较模型酵母的蛋白质(*面包酵母*, 6145蛋白质和*S.pombe公司*，4837个蛋白质），线虫(18546个蛋白质）和哺乳动物（10229来自人类，5966来自小鼠和3188（来自大鼠），如BioKnowledge所示图书馆截至2000年9月。所分析的蛋白质代表完整预测的蛋白质组*面包酵母*和线虫，几乎完整的蛋白质组*S.pombe公司*和哺乳动物蛋白质的一部分。相似计算标准蛋白质与（A）的比较相同。保守蛋白质在所有三个物种中，都在三个物种的交叉点处标明圆圈，如（A）所示。与蛋白质相似的蛋白质比例其他物种中至少有一种是：79%的哺乳动物蛋白质，43%线虫蛋白质和52%的模型酵母蛋白。

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