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.2000年10月24日;97(22):12176-81.
doi:10.1073/pnas.190337797。

盐杆菌NRC-1的基因组序列

附属公司

盐杆菌NRC-1的基因组序列

W V Ng公司等。 美国国家科学院程序. .

摘要

我们报道了极端嗜盐菌Halobacterium sp.NRC-1的完整序列,包含一个动态的2571010 bp基因组,包含91个插入序列,代表12个家族,并组织成一个大染色体和2个相关的小染色体。盐杆菌NRC-1基因组编码2630种预测蛋白,其中36%与之前的报道无关。对基因组序列的分析表明,存在着氨基酸吸收和利用途径、活性钠-脯氨酸反转运蛋白和钾吸收系统、复杂的光敏和信号转导途径以及类似于更复杂真核生物的DNA复制、转录和翻译系统。整个蛋白质组的比较表明,这种嗜盐菌具有明确的古生物学特性,与革兰氏阳性枯草芽孢杆菌和其他细菌有额外的相似性。盐杆菌培养的简便性以及实验室中遗传操作方法的可用性,包括基因敲除和替换的构建,表明该嗜盐菌可作为古生菌的优良模式系统。

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图1
图1
生物学的综合观点盐杆菌属NRC-1。能源生产、养分吸收、膜组装、阳离子和阴离子运输以及信号转导如图所示。通过质子转运的化学渗透偶联合成ATP呼吸链和光驱动质子泵细菌视紫红质(BR)(紫色椭圆形)或氯化物图中显示了卤代视紫红质(HR)(蓝色椭圆形)的转运。下面是显示了半磷酸化Entner–Doudoroff途径,并且存在指出了脂肪酸氧化和柠檬酸循环。尚未识别的标有星号。多种营养素摄取系统(以黄色或棕色结构表示)由基因组包括3-磷酸甘油(UgpABCE)和核糖(RbsAC)ABC转运蛋白,一种乳酸(LctP)转运蛋白,甲酸-氧肟酸反转运蛋白(OxiT)、亚精胺和腐胺吸收ABC转运体(PotABCD),以及氨基酸(PutP,Cat)和二肽(DppABCDF)转运体如图所示。以通用ABC为代表的其他氨基酸摄取系统运输工具也可能存在。蛋白质的成分移位机械(SecDEFY、SRP19、54、SRα)(黑色)为展示。所示的阳离子转运蛋白(绿色)用于K+(TrkAH和KdpABC),Na+(NhaC),镉2+(ZntX和镉流出ATP酶),钴2+(CbiNOQ),铜2+(鼻),3+(铁渗透酶和HemUV)和锌2+(苏尔马州)。所示阴离子转运蛋白(红色)用于SO公司42−(CysAT),采购订单43−(PstABC和磷酸渗透酶),Cl(氯通道)和砷酸盐(ArsABC)。光感受器和信号转导的复杂系统显示了包括两个感觉受体(SRI显示在蓝色和SRII显示为橙色),17个传感器(Htr I、II、III、IV、V、,六、 七、八、九、十、十二、十三、十四、十五、十六、十七和十八)对光的响应(hü),O2或氨基酸,如表明。向鞭毛马达传输运动信号通过CheAW和CheY显示为箭头。传感器的单个示例激酶,膜结合(白色菱形)或细胞质,和反应监管机构已确定。

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