The protein encoded by the proto-oncogene DEK changes the topology of chromatin and reduces the efficiency of DNA replication in a chromatin-specific manner

.2000年6月1日；14(11):1308-12.

由原癌基因DEK编码的蛋白质改变了染色质的拓扑结构，并以染色质特异的方式降低了DNA复制的效率

V阿列克西亚迪斯¹, T沃尔德曼, J安徒生, M Mann先生, R切刀, C格罗斯

附属公司

PMID： 10837023
预防性维修识别码：项目经理316669

由原癌基因DEK编码的蛋白质改变了染色质的拓扑结构，并以染色质特异的方式降低了DNA复制的效率

V亚历克西亚迪斯等。基因开发. 2000.

.2000年6月1日；14（11）：1308-12。

作者

V阿列克西亚迪斯¹, T沃尔德曼, J安徒生, M Mann先生, R切刀, C格罗斯

附属

¹康斯坦茨大学生物系，78457康斯坦茨，德意志联邦共和国。

PMID： 10837023
预防性维修识别码：项目经理316669

摘要

染色质的结构调节基础DNA序列的遗传活性。我们在这里报道了由原癌基因DEK编码的蛋白，该蛋白参与急性髓细胞白血病，诱导染色质中DNA超螺旋密度的改变。在染色质中观察到拓扑结构的变化，但在裸DNA中观察不到，并且不涉及核心组蛋白与染色质的分离。此外，除了组蛋白H3/H4外，这些作用还需要组蛋白H2A/H2B二聚体。我们还测试了DEK蛋白是否影响DNA利用过程，发现DEK蛋白显著降低染色质的复制效率，但不降低裸DNA模板的复制效率。

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图2
重组GST–DEK改变染色质中DNA的超螺旋密度。(A类)增加的GST–DEK通过SDS-PAGE分离，并通过银染色显示。显示尺寸标记和GST–DEK（*）的位置。下带由降解产物组成。(B类)含GST–DEK的DEK分析。SV40染色质在拓扑异构酶I的存在下与越来越多的GST–DEK孵育。通过琼脂糖凝胶电泳和溴化乙锭染色研究纯化的DNA。（一）过冷；（二）放松闭合的圆形和刻痕DNA。

图3
DEK诱导的连接数变化不是由于组蛋白移位引起的。SV40微小染色体在没有培养基的情况下培养(A类)或存在(B类)DEK和拓扑异构酶I，并在甘油梯度上分离。梯度组分（车道）的蛋白质*1–12*)通过SDS-PAGE分析(顶部)琼脂糖凝胶电泳的DNA拓扑结构(底部). 显示了核心组蛋白（H3、H2B、H2A和H4）和超螺旋（I）以及松弛闭合圆形和缺口DNA（II）的位置。SDS-PAGE下方的括号显示了游离组蛋白预计出现的位置。（星号）DEK蛋白的位置。

图4
DEK引起的拓扑变化取决于H2A/H2B二聚体的存在。(*A、左*)SV40微染色体的氨基末端组蛋白结构域被胰蛋白酶去除。多肽通过SDS-PAGE进行研究，并通过银染色进行可视化。(赖特)未处理的染色质（chr.）和胰蛋白酶化染色质（tryp.chrom.）用作DEK分析的底物。(*B、左*)组蛋白八聚体（oct.）与DMS交联（crossl.oct。（HMW）高分子量标记，单位为千道尔顿。(赖特)用对照或交联八聚体重建SV40 DNA，并在DEK分析中用作底物。(*C、左*)用纯化的H3/H4四聚体（tetr.）或组蛋白八聚体（chrom.）重建SV40 DNA。染色质在没有或存在DEK的情况下培养。(赖特)用越来越多的H2A/H2B二聚体重组含有H3/H4的染色质，并在DEK分析中用作底物。(D类)Far-Western blot分析。在SDS–聚丙烯酰胺凝胶上分离核心组蛋白，进行电印迹并重新培养。将膜用胭脂红（P）染色，并与减少量的GST–DEK（100纳克/厘米）一起孵育²; 25纳克/厘米²)并且没有DEK（0）。显示了核心组蛋白的位置。

图5
DEK抑制染色质的复制，但不抑制无蛋白DNA的复制。(A类)SV40 DNA和SV40染色质与DEK和拓扑异构酶I预孵育，并用作SV40体外复制系统中的模板。纯化的DNA在琼脂糖凝胶上分离，并通过溴化乙锭染色进行可视化。(B类)琼脂糖凝胶的放射自显影A类指出了超螺旋（I）和松弛闭合圆形和刻痕分子（II）的复制中间产物（R.I.）的位置。(C类)图中所示样品的核苷酸掺入（pmole）B类，由TCA沉淀确定。

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