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.1999:262-71.

序列中短基序的精确发现方法及其在核糖体结合位点问题中的应用

附属公司
  • PMID: 10786309

序列中短基序的精确发现方法及其在核糖体结合位点问题中的应用

M汤帕. Proc Int Conf智能系统分子生物学. 1999.

摘要

这是一项关于寻找只出现在一小部分输入序列中的短基序的方法的研究。与可能无法达到全局最优的局部搜索技术不同,这里提出的方法可以保证生成具有最大z分数的图案。该方法用于核糖体结合位点问题,即识别核糖体在蛋白质合成开始时识别的短mRNA 5'非翻译序列。为了解决这一问题,对14个已测序的原核生物中的每一个进行了实验,方法是将该方法应用于每个原核生物的全部基因。该实验的一个有趣结果是,有证据表明,嗜热古菌A.fulgidus、M.jannaschii、M.thermoautotrophicum和P.horikoshii的已识别序列可能与众所周知的Shine-Dalgarno序列有些不同。

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