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.1999年12月;15(12):994-9.
doi:10.1093/bioinformatics/15.12.994。

关于遗传序列的复杂性度量

附属公司

关于遗传序列的复杂性度量

V D古塞夫等人。 生物信息学. 1999年12月.

摘要

动机:众所周知,基因组的调控区域具有高度重复性。它们有丰富的直接重复、对称重复和互补重复,这些重复的功能意义是毋庸置疑的。在已知的复杂性度量中,Ziv-Lempel复杂性度量最充分地反映了文本中出现的重复。但这一措施没有考虑同构重复。同构重复指的是模数相同(或对称)的片段,模数是字母排列的某些排列。

结果:本文提出了符号序列的两个复杂性度量,通过考虑文本中的任何同构重复(而不是像Ziv-Lempel中那样仅仅是直接重复)来推广Ziv-Lempel复杂性度量。第一个是复杂性向量,它是为小字母设计的,例如核苷酸字母表。第二种是基于搜索序列合成历史上最长的同构片段,可以用于任意基数的字母。这些测量已用于识别DNA序列中的结构规则。报道了一些与人类生长激素调控区有关的有趣结构。

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