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。1999年12月；15(12):987-93.
doi:10.1093/bioinformatics/15.12.987。

利用隐马尔可夫模型对大肠杆菌基因转录单位进行建模和预测

T雅达 1, M Nakao先生, Y Totoki公司, K Nakai公司
附属公司

利用隐马尔可夫模型对大肠杆菌基因转录单位进行建模和预测

T亚达等。 生物信息学。 1999年12月。

摘要

动机：隐马尔可夫模型（HMM）是一种有价值的基因发现技术，特别是因为它的灵活性可以包含各种序列特征。最近的细菌基因发现程序包括核糖体结合位点（RBS）信息，以利用此特征提高起始密码子的识别准确性。我们在这里报告了我们将模型扩展到总转录单位的尝试，从而能够预测操纵子结构。

结果：首先，我们通过使用“典型”、“非典型”和“负（假阳性）”类模型以及RBS及其下游间隔区模型来提高编码序列（CDS）的预测精度。在客观测试中，准确预测204个实验证实的CDS的敏感性达到90.2%。根据CDS的预测结果，预测了启动子和终止子的位置。我们的模型能够准确识别390个已知转录单位中的60%。因此，这个预测问题的准确性和重要性绝非微不足道。我们希望将这个问题作为生物信息学中的一个开放主题提出，因为正在进行或计划中的测序后项目将产生大量数据，用于未来的改进。

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引用人

  • 默认遗传控制机制的演变。
    Bains W、Borriello E、Schulze-Makuch D。 Bains W等人。 《公共科学图书馆·综合》。2021年5月13日；16（5）：e0251568。doi:10.1371/journal.pone.0251568。eCollection 2021年。 《公共科学图书馆·综合》。2021 PMID：33984070 免费PMC文章。
  • 通过视觉表征学习检测细菌基因组中的操纵子。
    阿萨夫·R、夏·F、史蒂文斯·R。 Assaf R等人。 科学报告2021年1月22日；11(1):2124. doi:10.1038/s41598-021-81169-9。 科学报告2021。 PMID：33483546 免费PMC文章。
  • 原核生物中基于转录组动力学的操纵子预测。
    Fortino V、Smolander OP、Auvinen P、Tagliaferri R、Greco D。 Fortino V等人。 BMC生物信息学。2014年5月16日；15:145. doi:10.1186/1471-2105-15-145。 BMC生物信息学。2014 PMID：24884724 免费PMC文章。
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  • 东亚斑点热病原体日本立克次体的全基因组DNA序列。
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