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比较研究
.1999年11月;15(11):874-86.
doi:10.1093/bioinformatics/15.11.874。

用“框架-五框架”算法寻找原核基因:靶向基因启动和重叠基因

附属公司
比较研究

用“框架-五框架”算法寻找原核基因:靶向基因启动和重叠基因

A M Shmatkov先生等。 生物信息学. 1999年11月.

摘要

动机:紧密堆积的原核基因经常相互重叠。这种在真核生物DNA中罕见的特征,使得检测翻译起始位点以及准确预测原核基因非常困难。提高原核基因组DNA中精确基因预测的准确性仍然是一个重要的未决问题。

结果:开发了一个软件程序,实现了一种利用统一隐马尔可夫模型进行原核基因预测的新算法。该算法在六个可能的全局读取帧中分别分析给定的DNA序列。使用新工具分析了12个完整的原核基因组。通过与现有注释的比较,评估了基因发现的准确性、预测蛋白编码ORF的位置、精确基因预测的准确性以及检测包括翻译起始密码子在内的整个基因的准确性。研究表明,在基因发现方面,该程序的性能至少与以前开发的工具(如GeneMark和GLIMMER)一样好。在精确的基因预测方面,新程序比早期开发的工具(如GeneMark.hmm、ECOPARSE和ORPHEUS)更准确,准确率高出几个百分点。测试该程序的结果表明,在几个早期测序的原核基因组中,启动密码子注释可能存在系统偏差。

可利用性:可以通过以下网站访问新的基因发现程序:http:@dixie.biology.gatech.edu/GeneMark/fbf.cgi

联系人:mark@amber.gatech.edu。

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