The intronerator: exploring introns and alternative splicing in Caenorhabditis elegans

doi:10.1093/nar/28.1.91

.2000年1月1日；28(1):91-3.

doi:10.1093/nar/28.1.91。

内含子：秀丽隐杆线虫内含子和选择性剪接的探索

W J肯特¹, A M扎勒

附属公司

PMID： 10592190
预防性维修识别码：项目编号102389
内政部： 10.1093/nar/28.1.91

内含子：秀丽隐杆线虫内含子和选择性剪接的探索

W J肯特等。核酸研究. 2000.

.2000年1月1日；28(1):91-3.

doi:10.1093/nar/28.1.91。

作者

W J肯特¹, A M扎勒

附属

¹美国加利福尼亚州圣克鲁斯市圣克鲁斯加利福尼亚大学辛斯海默实验室RNA分子生物学中心生物学系，邮编95064。

PMID： 10592190
预防性维修识别码：项目编号102389
内政部： 10.1093/nar/28.1.91

摘要

Intronator公司(http://www.cse.ucsc.edu/近似kent/intranerator/）是一套基于网络的工具，用于探索秀丽隐杆线虫的RNA剪接和基因结构。它包括与基因组序列的cDNA比对显示、选择性剪接基因目录和内含子数据库。cDNA比对包括>10万个EST和近1000个全长cDNA。胚胎和混合期动物的EST以及全长cDNA可以在比对显示中相互比较，也可以与预测基因进行比较。alt-splicing目录包括844个开放阅读框，有证据表明pre-mRNA存在选择性剪接。内含子数据库包括28 478个内含子，可以搜索剪接连接附近的模式。

PubMed免责声明

数字

图1
轨迹显示预测基因ZK1127.9周围的区域。来自混合阶段动物（黑色）和胚胎（绿色）的EST的比对与Genefinder预测（蓝色）不完全一致，并为预测的外显子1和2之间的替代外显子提供了证据。以较浅颜色绘制的比对部分是EST的测序错误区域，与基因组序列不完全对应。

图2
通过点击图1中的EST图形显示获得的EST yk507g11.5与ZK1127.9周围基因组区域之间的比对的详细显示。在显示屏的上部，蓝色区域表示cDNA和基因组DNA之间完全匹配的核苷酸。浅蓝色区域表示匹配区域的末端。在显示的第二个区域中，预测为编码AceDB中注释的外显子的区域为大写。虽然EST序列包含一些测序错误，但交替剪接的外显子是明显的。

图3
显示一个ORF，其中一个不寻常的内含子-1以GC开头，而不是以规范的GU-i以浅蓝色突出显示。还显示了该基因选择性剪接的EST证据。

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