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.1999年10月1日;27(19):3911-20.
doi:10.1093/nar/27.19.3911。

推导基因发现模型的启发式方法

附属公司

推导基因发现模型的启发式方法

J贝塞默等。 核酸研究. .

摘要

在DNA序列中准确发现基因的计算机方法需要从实验验证的训练集或大量匿名DNA序列中获得蛋白质编码和非编码区域的模型。在这里,我们提出了一种新的启发式方法,可以生成相当精确的蛋白质编码区域的非均匀马尔可夫模型。新方法需要如此少量的DNA序列数据,以至于对于任何大于400 nt的DNA序列,网络服务器都可以“即时”建立模型。使用GeneMark.hmm程序对10个完整的细菌基因组进行的测试表明,新模型平均能检测93.1%的注释基因,而通过传统训练建立的模型平均预测了93.9%的基因。通过启发式方法建立的模型可以用于在匿名原核基因组的小片段中、细胞器、病毒、噬菌体和质粒的基因组中,以及在需要根据局部DNA组成调整模型的高度不均匀的基因组中寻找基因。该启发式方法还揭示了密码子使用模式进化的机制。

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