跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息,确保你在联邦政府政府网站。

Https系统

该站点是安全的。
这个https(https)://确保您连接到官方网站,并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
1999年9月1日;27(17):3577-82。
doi:10.1093/nar/27.17.3577。

细菌起始点预测

附属公司

细菌起始点预测

S S汉内哈利等。 核酸研究

摘要

随着已测序细菌基因数量的不断增加,细菌基因组中基因的准确预测仍然是一个重要问题。尽管现有的工具预测细菌基因组中的基因具有较高的总体准确性,但其精确定位翻译起始位点的能力仍不令人满意。在本文中,我们提出了一种新的细菌起始位点预测方法,该方法考虑了潜在起始位点的多种特征,即核糖体结合位点(RBS)结合能、RBS与起始密码子的距离、最大ORF起始点与起始密码元的距离、,起始密码子本身和起始位点周围的编码/非编码潜能。采用混合整数规划对判别系统进行优化。该方法的准确率高达90%,而在全自动模式下使用最常用的工具时,准确率为70%(即,无需专家人工对结果进行后处理)。使用枯草芽孢杆菌、大肠杆菌和呋喃焦球菌对该方法进行评估。这三个基因组涵盖了广泛的细菌基因组,因为枯草芽孢杆菌是一种革兰氏阳性细菌,大肠杆菌是革兰氏阴性细菌,而糠秕芽孢杆菌则是一种古细菌。一个重要的问题是,在缺乏实验工作的情况下,为算法训练生成一组“真实”的起始位点。我们发现,在许多情况下,P.furiosus和相关的Pyrocococcus horikoshii之间的序列守恒清楚地界定了基因起始,提供了足够的训练集。

PubMed免责声明

类似文章

引用人

物质