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通过细胞遗传筛选绘制基因调控的全基因组框架。
Gasperini M、Hill AJ、McFaline-Figeroa JL、Martin B、Kim S、Zhang MD、Jackson D、Leith A、Schreiber J、,来宝WS、Trannell C、Ahituv N、Shendure J。 Gasperini M等人。作者:高贵的ws 单元格。2019年1月10日;176(1-2):377-390.e19。doi:10.1016/j.cell.2018.11.029。Epub 2019年1月3日。 单元格。2019 PMID:30612741 免费PMC文章。
多组织个人表观基因组和差异影响模型的EN-TEx资源。
Rozowsky J、Gao J、Borsari B、Yang YT、Galeev T、Gürsoy G、Epstein CB、Xiong K、Xu J、Li T、Liu J、Yu K、Berthel A、Chen Z、Navarro F、Sun MS、Wright J、Chang J、Cameron CJF、Shoresh N、Gaskell E、Drenkow J、Adrian J、Aganezov S、Aguet F、Balderrama-Guterrez G、Banskota S、Corona GB、Chee S、Chhetri SB、Cortez Martins GC、Danyko C、Davis CA、,Farid D、Farrell NP、Gabdank I、Gofin Y、Gorkin DU、Gu M、Hecht V、Hitz BC、Issner R、Jiang Y、Kirsche M、Kong X、Lam BR、Li S、Li B、Li X、Lin KZ、Luo R、Mackiewicz M、Meng R、Moore JE、Mudge J、Nelson N、Nusbaum C、Popov I、Pratt HE、Qiu Y、Ramakrishnan S、Raymond J、Salichos L、Scavelli A、Schreiber JM、Sedlazeck FJ、See LH、Sherman RM、Shi X、,Shi M、Sloan CA、Stratan JS、Tan Z、Tanaka FY、Vlasova A、Wang J、Werner J、Williams B、Xu M、Yan C、Yu L、Zaleski C、Zhang J、Ardlie K、Cherry JM、Mendenhall EM、,来宝WSWeng Z、Levine ME、Dobin A、Wold B、Mortazavi A、Ren B、Gillis J、Myers RM、Snyder MP、Choudhary J、Milosavljevic A、Schatz MC、Bernstein BE、GuigóR、Gingeras TR、Gerstein M。 Rozowsky J等人,作者:高贵的ws 单元格。2023年3月30日;186(7):1493-1511.e40。doi:10.1016/j.cell.2023.02.018。 单元格。2023 PMID:37001506 免费PMC文章。
人类和小鼠基因组中DNA元素的扩展百科全书。
ENCODE项目联合体;Moore JE、Purcaro MJ、Pratt HE、Epstein CB、Shoresh N、Adrian J、Kawli T、Davis CA、Dobin A、Kaul R、Halow J、Van Nostrand EL、Freese P、Gorkin DU、Shen Y、HE Y、Mackiewicz M、Pauli-Behn F、Williams BA、Mortazavi A、Keller CA、Zhang XO、Elhajjajy SI、Huey J、Dickel DE、Snetkova V、Wei X、Wang X、Rivera-Mulia JC、Rozowsky J、ZhangJ、Chhetri SB、,Zhang J、Victorsen A、White KP、Visel A、Yeo GW、Burge CB、Lécuyer E、Gilbert DM、Dekker J、Rinn J、Mendenhall EM、Ecker JR、Kellis M、Klein RJ、,来宝WS、昆达杰A、吉奥R、法恩哈姆PJ、奇瑞JM、迈尔斯RM、雷恩B、格雷夫利BR、格斯坦MB、彭纳奇奥LA、斯奈德议员、伯恩斯坦BE、沃尔德B、哈迪逊RC、金戈拉斯TR、斯塔马托扬诺波洛斯JA、翁Z。 ENCODE项目联盟等。作者:高贵的ws 自然。2020年7月;583(7818):699-710. doi:10.1038/s41586-020-2493-4。Epub 2020年7月29日。 自然。2020 PMID:32728249 免费PMC文章。
基因组的时空组织:4D核小体项目的现状和未来目标。
Dekker J、Alber F、Aufmkolk S、Beliveau BJ、Bruneau BG、Belmont AS、Bintu L、Boettiger A、Calandrelli R、Disteche CM、Gilbert DM、Gregor T、Hansen AS、Huang B、Huangfu D、Kalhor R、Leslie CS、Li W、Li Y、Ma J、,来宝WS、Park PJ、Phillips-Cremins JE、Pollard KS、Rafelski SM、Ren B、Ruan Y、Shav-Tal Y、Shen Y、Shendure J、Shu X、Strambio-De-Castilia C、Vertii A、Zhang H、Zhong S。 Dekker J等人。作者:高贵的ws 摩尔细胞。2023年8月3日;83(15):2624-2640. doi:10.1016/j.molcel.2023.06.018。Epub 2023年7月6日。 摩尔细胞。2023 PMID:37419111 审查。
MEME SUITE:主题发现和搜索工具。
Bailey TL、Boden M、Buske FA、Frith M、Grant CE、Clementi L、Ren J、Li WW、,诺布尔WS。 Bailey TL等人。作者:高贵的ws 核酸研究,2009年7月;37(Web服务器问题):W202-8。doi:10.1093/nar/gkp335。Epub 2009年5月20日。 2009年核酸研究。 PMID:19458158 免费PMC文章。
小鼠胚胎发育的单细胞转录时间进程,从原肠胚到幼崽。
邱C、马丁BK、威尔士IC、达扎RM、乐TM、黄X、尼科尔斯EK、泰勒ML、富尔顿O、O'Day DR、戈麦斯AR、伊利钦S、斯利瓦桑S、邓X、Disteche CM、,来宝WSHamazaki N、Moens CB、Kimelman D、Cao J、Schier AF、Spielmann M、Murray SA、Trannell C、Shendure J。 邱C等。作者:高贵的ws bioRxiv[预印本]。2023年4月5日:2023.04.05.535726。doi:10.1101/2023.04.05.535726。 生物Rxiv。2023 PMID:37066300 免费PMC文章。 预打印。
加速Percolator。
Halloran JT、Zhang H、Kara K、Renggli C、The M、Zhang C、Rocke DM、Käll L、,诺布尔WS。 Halloran JT等。作者:高贵的ws 蛋白质组研究杂志2019年9月6日;18(9):3353-3359. doi:10.1021/acs.jproteome.9b00288。Epub 2019年8月23日。 蛋白质组研究杂志2019。 PMID:31407580 免费PMC文章。
小鼠从原肠胚发育到出生的单细胞时间间隔。
邱C、马丁BK、威尔士IC、达扎RM、乐TM、黄X、尼科尔斯EK、泰勒ML、富尔顿O、O'Day DR、戈麦斯AR、伊利钦S、斯利瓦桑S、邓X、Disteche CM、,来宝WSHamazaki N、Moens CB、Kimelman D、Cao J、Schier AF、Spielmann M、Murray SA、Trannell C、Shendure J。 邱C等。作者:高贵的ws 自然。2024年2月;626(8001):1084-1093. doi:10.1038/s41586-024-07069-w.Epub 2024年2月14日。 自然。2024 PMID:38355799 免费PMC文章。
可视化Hi-C数据的软件工具。
堆场mcíGG,诺布尔WS。 YardñmcñGG等人。作者:高贵的ws 基因组生物学。2017年2月3日;18(1):26. doi:10.11186/s13059-017-1161-y。 基因组生物学。2017 PMID:28159004 免费PMC文章。 审查。
MEME套房。
Bailey TL、Johnson J、Grant CE、,诺布尔WS。 Bailey TL等人。作者:高贵的ws 《核酸研究》,2015年7月1日;43(W1):W39-49。doi:10.1093/nar/gkv416。Epub 2015年5月7日。 2015年核酸研究。 PMID:25953851 免费PMC文章。
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