pdb_extract是用于为wwPDB OneDep组装结构文件的预定义服务沉积.
使用此联机工具(教程可用）或下载独立的程序在本地计算机上运行。此工具将：
- 将PDB格式文件转换为mmCIF格式
- 通过PDBj的mmCIF编辑器为X光，核磁共振，相对长度单位（*注：单击编辑器的左上齿轮图标以保存/下载或访问帮助）。模板可以在下一步上传，并用于多个条目。
- 组装与特定实验方法相关的坐标和日志文件。
- 允许您更新蛋白质/核苷酸链的主要序列，以说明未解决的残留物。
如何运行：
- 选择用于求解结构的实验方法
- 选择要上传的结构模型坐标文件的类型
- 上传最终细化的结构模型坐标文件
- 按RUN（运行）按钮启动pdb提取物
- 您获得的mmCIF文件可以用作wwPDB OneDep的输入沉积和验证.
如果上传PDB格式结构模型坐标文件：
1.的列对齐方式原子能机构和/或HETATM公司记录行必须正确。
2.请确保每个聚合物在文件中具有唯一的链ID。如果您上传的文件没有链ID，pdb_extract将尝试最佳猜测添加链ID，如果是，请在下一页查看添加的链ID。
3.答TER公司卡片必须出现在每个完整聚合物链的末端，但TER卡片不应放置在聚合物链的中间，即使由于模型中未构建的无序残基导致主链断裂。
注：如果文件太大（例如>100 MB），可以上传gzipped(*.gz格式)或压缩(*.Z轴)文件以更快地加载。
参考：杨焕旺（Huanwang Yang）、弗拉基米尔·古拉诺维奇（Vladimir Guranovic）、舒奇米塔·杜塔（Shuchismita Dutta）、冯祖康（Zukang Feng）、海伦·M·伯曼（Helen M.Berman）和约翰·D·韦斯特布鲁克（John D.We。D60，1833-18399
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