发行内容

结构
生物学

第77卷| 第12部分

国际标准编号：2059-7983

2021年12月发布

封面插图：自动生成的立体化学约束的验证突出了使用这种约束的局限性和创建理想几何体的脆弱性——Roversi和Tronrud“讨厌”精细化的原因之一[Roversi&Tronrud（2021），《水晶学报》。D类77, 1497–1515].

社论

提交结构生物学数据以供审查

E.N.贝克,C.S.债券,E.F.加曼,J.纽曼,R.J.里德和M.J.van Raaij先生

编辑们讨论了结构生物学数据的提交。

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CCP4型

利用软X射线和激光对细胞宇宙进行相关冷冻成像，以追踪哺乳动物细胞中的F-actin结构

M.科伦费尔,I.库纳蒂迪斯,D.M.Mwangangi先生,N.Vyas公司,C.奥科洛,A.贾达夫,T.鱼类,P.Chotchuang先生,A.舒尔特,罗宾逊和M.Harkiolaki先生

在钻石光源光束线B24上开发的3D细胞成像平台已用于识别哺乳动物细胞中的细胞特征，如丝状肌动蛋白。这种方法通过3D数据的刚性转换，实现了在单独显微镜上捕获的结构的虚拟同样本成像生物信息学避免了额外的样本处理需求，并确保了无人工数据关联。

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用于归档集成结构的新系统

B.瓦拉特,B.韦伯,M.Fayazi先生,S.Voinea公司,H.塘鹅,S.J.甘尼桑,C.L.劳森,J.D.韦斯特布鲁克,C.凯塞尔曼,A.萨利和H.M.伯曼

已经开发了一个名为PDB-Dev的独立系统，用于归档集成结构并使其公开。本文描述了PDB-Dev数据收集、处理和归档基础设施的数据标准、软件工具和各种组件。

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我“讨厌”精致的十件事

P.Roversi公司和D.E.特隆鲁德

描述了未来发展高分子精制项目的十个目标。

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研究论文

对新型镁的结构和热力学见解²⁺–来自ABC转运蛋白超家族的柠檬酸结合蛋白

S.K.Mandal公司和S.P.卡诺加

MctA是Mg²⁺-来自一种属于ABC转运蛋白超家族的革兰氏阴性细菌的复合柠檬酸结合蛋白。野生型和突变型MctA蛋白晶体结构的比较表明，底物进入的门控机制遵循底物结合的“不对称结构域运动”机制。

PDB参考:MctA与Mg内生结合²⁺–柠檬酸盐复合物，I型，7f6e;表格II，7f6f;内生结合柠檬酸盐，7f6k;S26A突变，内源性结合到Mg²⁺–柠檬酸盐复合物，7f6n;S26A突变体，内生结合Mn²⁺–柠檬酸盐复合物，7f6o;D28A突变体，内生结合柠檬酸盐，7f6p;S79A突变体，载脂蛋白状态，7f6q;164A突变，载脂蛋白状态，7f6r;T199A突变体，载脂蛋白状态，7f6s;Y221F突变体，apo状态，7f6t;Y221A突变体，载脂蛋白状态，7f6u

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军团菌效应器LegA15/AnkH包含一个未识别的半胱氨酸蛋白酶样结构域，与LegA3/AnkD结构相似，但宿主细胞定位不同

I.Y.W.Chung先生,李立群（L.Li）和M.Cygler先生

嗜肺军团菌蛋白质效应器LegA15/AnkD包含锚蛋白重复结构域、半胱氨酸蛋白酶样结构域和螺旋束结构域，半胱氨酸蛋白酶样结构域具有His268–Asn290–Cys361推定的催化三联体。LegA15/AnkD与另一效应器LegA3/AnkH的结构相似，但它们定位于宿主内的不同细胞隔室。

PDB参考:嗜肺军团菌蛋白质效应器LegA15/AnkD，7kj6

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DREP3 CIDE结构域的螺旋丝结构揭示了CIDE结构区组装的统一机制

S.Y.Lee先生,S.Kwon公司,H·J·哈,S.H.Lee公司和H.H.公园

CIDE结构域最初在凋亡核酸酶中发现，现在形成了一个高度保守的家族，具有从细胞死亡到脂质代谢的多种功能。根据DREP3结构域的结构测定，这表明，头-尾螺旋丝结构可能是CIDE域组装的统一机制，并代表了一种关键的高阶支架结构，对含CIDE域蛋白质在DNA片段化和脂滴融合中的功能至关重要。

PDB参考:DREP3，7v6e

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四聚羧肽酶S9Cfn的结构和生化分析核梭杆菌

X.王,M.-T.Cheng先生,Z.-P.陈,Y.-L.江,Y.-S.葛,R.夏和W.-T.侯

广泛的生化分析表明，推测的肽酶S9Cfn来自核梭杆菌是一种羧肽酶，而不是如前所述的氨肽酶。结合S9Cfn的2.6位四聚体结构，揭示了S9C肽酶家族底物结合和催化的关键残基，以及催化循环的潜在机制。

PDB参考:羧肽酶核梭杆菌，9年9月7日

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肠道内的多任务：来自双歧双歧杆菌为其替代功能提供了可能的解释

O.V.莫罗兹,E.布拉戈瓦,列别捷夫,F.Sánchez Rodríguez先生,D.J.里格登,J.W.塔姆斯,R.威廷,J.K.维斯特,E.龙欣,G.H.汉森,K.B.R.M.Krogh先生,R.A.帕奇,G.J.戴维斯和K·S·威尔逊

多域β-半乳糖苷酶BbgIII的X射线结构双歧杆菌报告了使用与八个结构域的基因构造相对应的完整蛋白质进行测定。

PDB参考:BbgIII来自双歧双歧杆菌，7单位

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折叠方式和氘化对鸡蛋白溶菌酶原子分辨结构的影响

J.拉莫斯,V.劳克斯,M.Haertlein先生,V.T.福赛斯,E.摩苏,S.Larsen公司和A.E.兰基勒

关于…的研究在体外重折叠和同位素对蛋白质结构、活性和稳定性的影响表明，不同的折叠动力学可以导致蛋白质性质的重要变化。

PDB参考:氢化复性鸡蛋白溶菌酶，7p6m

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预测自动晶体建模管道的性能

E.阿尔哈比,P.债券,R.卡利内斯库和K.Cowtan公司

使用机器学习模型预测四条结晶建模管道的性能(果皮/弯曲,海盗,凤凰汽车制造和SHELXE公司)以及它们的组合。

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走向核酸的自动晶体结构解决方案：使用新的驾驶室程序

G.L.卡斯卡拉诺和C.贾科瓦佐

新的驾驶室描述了自动建模程序，并与其他自动建模技术进行了比较。

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硫酸酯酶AmAS的结构分析某种肠道细菌

C.-C.李,十、唐,Y.-B、，。朱,Y.-J.宋,N.-L.赵,Q.黄,X.-Y.牟,G.-H.罗,T.-G.刘,A.-P.动力钳,H.唐和R.Bao公司

的晶体结构A.粘球菌报道了芳基硫酸酯酶AmAS，并指出了底物结合的一些结构规律和特异性。粘蛋白脱硫硫酸酯酶催化机理的探讨A.粘球菌也基于该规律性来提供。

PDB参考:美国会计准则，7ebp;AmAS–GlcNAc复合物，7ebq

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