嘿,不仅仅是血中的红色素。

海姆,一种含铁卟啉,起到假体的作用在众多蛋白质中分组。这些范围从许多酶的电子传递链的组成部分。难怪血红素在进化中高度保守!

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导航路径的代谢图

手机网络概述使您能够浏览可缩放的代谢图根据生物分组显示路径功能或代谢物类别生产/消耗。

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蜂窝概览图的一部分,显示几个路径类

Pathway Tools生成的蜂窝概览图像

重要的哺乳动物途径:尿素循环

这个尿素循环负责调节氮的排泄浪费。这是五年来第一个被发现的代谢途径在发现TCA循环。循环发生在胞浆和线粒体。

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线粒体的彩色电子显微照片哺乳动物的肺细胞

彩色选择线粒体,哺乳动物肺-透射电镜作者路易莎·霍华德(Louisa Howard)将其置于公共领域.

RouteSearch:通过代谢网络搜索路径

通过所选生物体的代谢网络寻找成本最低的途径。或者,通过添加MetaCyc的反应来设计成本最低的合成新化合物的途径。

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显示3个假设的示意图从一个化合物到另一个化合物的路线很长,很短,但起始化合物中的大多数原子不要在目标化合物中结束,并且最佳路线,位于长度,但原子守恒起始化合物。

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与中枢神经系统疾病相关的途径

GABA分流器在CNS中形成一个闭环,用于保存电源兴奋性神经递质GABA。其中一种酶4-氨基丁酸氨基转移酶是抗癫痫药物维那巴林。

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代谢组学数据分析

该网站提供了多种代谢组学数据分析工具。

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SmartTable上显示的扩展对话框

Pathway Tools生成的SmartTable显示。

感恩节火鸡的真相。。。

在这20种氨基酸中,至少有9种是必需的。血清素需要必需的L-色氨酸,褪黑激素和烟酸的合成。它对NAD生物合成的要求是当人类感染糙皮病时发现在饮食中添加色氨酸或烟酸后恢复。

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基因表达数据分析

该网站提供了多种工具来分析基因表达数据。

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蜂窝概览图的一部分,覆盖有基因表达时间序列数据集。显示了三个详细弹出窗口三种不同风格的反应:酒吧图表、热图和折线图。

Pathway Tools生成的Cellular Overview Omics Viewer图像。

HumanCyc:人类基因与代谢百科全书

HumanCyc提供了关于人类代谢途径、人类基因组和人类代谢物的百科全书参考。

HumanCyc是数千个用于测序基因组的Pathway/Genome数据库中更大的BioCyc集合的一部分。单击上面的“更改当前数据库”按钮以浏览可用的数据库。

有关HumanCyc的更多信息,请参阅我们的文章“从完整的人类基因组计算预测人类代谢途径”在里面基因组生物学.

用户指南

人们在说什么

“BsubCyc是一种极具价值的工具。”

宾夕法尼亚州

保罗·巴比茨克
生物化学教授
&分子生物学

“我的实验室每天都会使用这些资源。”

威斯康星大学

Patricia Kiley,
教授兼主席,
生物分子化学系

“我们几乎每天都依赖BioCyc的基因页面和概览图。”

明尼苏达大学

阿尔卡迪·霍杜斯基
生物化学助理教授

“我们广泛使用BioCyc和MetaCyc来研究我们研究的生物体的代谢和调节过程。”

太平洋西北国家实验室

William Cannon,团队负责人
计算生物学

“BioCyc是银杏科学家的知识和工具的go-to资源。”

银杏生物工厂

“BioCyc是代谢组学中通路分析的巨大资源。”

佐治亚大学

遗传系艺术爱迪生

“我们广泛使用BioCyc全代谢网络图进行组学数据分析。”

五大湖生物能源

Timothy J.Donohue,董事

“我还没有找到另一个比BioCyc界面更好的数据库。”

密歇根大学

Gary B.Huffnagle,教授
微生物学和免疫学

学习图书馆

教程系列

教程#1:BioCyc简介
这六个顺序片段,为您提供BioCyc系列的简明导游咬。要下载或查看,只需单击其中一个链接在每个段的名称后面。
教程#2:SmartTables简介
以下教程将指导您完成SmartTables,它使您能够创建、上传、共享和分析一组基因、代谢物、通路和序列位点。本教程分为几个部分,从基本操作到更高级的使用,例如作为基因表达分析和代谢组学。要下载或查看,请单击以下链接之一。
教程#3:动物代谢图、比较工具、监管网络
本教程向用户介绍BioCyc.org网站上提供的许多高级工具,用于导航细胞网络、分析大规模数据集和比较生物体。
教程#4:Omics数据分析
本教程将向您展示如何使用BioCyc的工具进行组学数据分析,包括细胞组学查看器、组学仪表板和其他工具。
教程#5:Pathway拼贴
Pathway拼贴是可以自定义的多路径图例如,通过叠加经济数据,改变相对路径的位置,以及修改路径之间的连接。了解如何生成、自定义和导出显示用户特定路径集合的高质量路径排列图。
教程#6:创建路径/基因组数据库
教程#7:使用结构化高级查询页面
结构化高级查询页面介绍,它允许中一个或多个数据库的复杂查询和查询BioCyc收集。您将了解:设置高级查询的基本步骤;四个日益复杂的查询示例,包括如何跨多个数据库进行查询;哪里可以了解更多有关BioCyc数据库结构的信息。