广泛、高度固化的数据

BioCyc将基因组数据与包括代谢重建、调控网络、蛋白质特征、直系图、基因重要性和原子映射在内的一整套附加数据集成在一起。

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基因组浏览器的一部分

基因组浏览器图像

大量生物信息学工具

基因组、代谢网络和调控网络的浏览器。转录组学和代谢组学数据分析、比较分析和代谢途径搜索。序列搜索和对齐。

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部分屏幕截图拼贴4种不同的BioCyc工具。左上角:监管机构概述,带有一些连接展示。右上:蜂窝概述覆盖了组学数据。左下方:Omics仪表板。右下:比较基因组浏览器。

 

探索酿酒酵母代谢图

Cellular Overview(细胞概览)允许您浏览针对每个BioCyc生物体定制的可缩放代谢图。

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一蜂窝概览图的一部分,显示几个路径类

Pathway Tools生成的Cellular Overview图像。

RouteSearch:通过代谢网络搜索路径

搜索成本最低的路径通过选定的新陈代谢网络有机体。

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显示3个假设的示意图从一个化合物到另一个化合物的路线很长,很短,但起始化合物中的大多数原子不会最终进入目标化合物,以及最佳路线,位于长度,但原子守恒起始化合物。

 

序列基因组的代谢重建

安装SRI的路径工具预测新陈代谢的软件(免费提供给学者)测序基因组的途径,生成代谢产物模型。

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两个人看着两个屏幕,一个显示基因组浏览器显示,另一个显示监管概述显示。在屏幕为蓝色背景,带有一部分可见的蜂窝概览图。

 

基因表达数据分析

该网站提供了多种工具来分析基因表达数据。

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蜂窝概览图的一部分,覆盖有基因表达时间序列数据集。显示了三个详细弹出窗口三种不同风格的反应:酒吧图表、热图和折线图。

Pathway Tools生成的Cellular Overview Omics Viewer图像。

比较基因组分析

该网站提供了多种比较分析工具。

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比较基因组的片段显示周围区域的浏览器显示5大肠杆菌的trpA基因菌株。同源基因是有色的每个菌株的颜色相同。

Pathway Tools生成的Multi-organism Genome Browser图像。

按生物体属性搜索数据库

BioCyc包含以下数据生物体的表型特性,例如人体微生物组体部位、有氧活动和温度范围。

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几个红色杆状的库存照片黄色纤毛和鞭毛细菌

图片来自Pixabay的Arek Socha

BioCyc数据库集合

像EcoCyc这样的一级数据库是管理最严密的。BioCyc数据库是从MetaCyc计算得出的。

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    请求向BioCyc添加新的基因组
BioCyc内的三层数据库图

BioCyc数据库集合

Omics仪表板:Omics数据的新视图

将经济学数据可视化为一组按功能类别分层组织的图形。深入查看感兴趣的领域的更多详细信息。

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Omics仪表板显示的一部分,展示生物合成和降级和显示详细信息的弹出窗口用于L-丙氨酸生物合成。

Pathway Tools生成的Cellular Dashboard图像。

酿酒酵母路径/基因组数据库

酿酒酵母生物图片

YeastCyc是模式真核生物的通路/基因组数据库酿酒酵母S288c除了基因组信息外,数据库还包含代谢途径、反应、酶和化合物信息,这些信息是从科学文献中手动整理的。管理过程包括从当前版本的MetaCyc公司以确保与MetaCyc数据库系列的其他成员兼容。YeastCyc由47000份出版物策划。有关最近策展的详细信息,请单击在这里。

该网站包括广泛的检索、可视化和分析工具,包括基因组浏览器和a代谢图有用于分析基因表达、代谢组学和ChIP-ChIP数据的工具。您可以搜索和对齐序列酿酒酵母和其他微生物基因组进行比较分析。您可以将基因和路径组存储到SmartTable中,然后浏览、分析并与其他用户共享。

人们在说什么

“BsubCyc是一种极具价值的工具。”

宾夕法尼亚州立大学

保罗·巴比茨克
生物化学教授
&分子生物学

“我的实验室每天都会使用这些资源。”

威斯康星大学

Patricia Kiley,
教授兼主席,
生物分子化学系

“我们几乎每天都依赖BioCyc的基因页面和概览图。”

明尼苏达大学

阿尔卡迪·霍杜斯基
生物化学副教授

“我们广泛使用BioCyc和MetaCyc来研究我们研究的生物体的代谢和调节过程。”

太平洋西北国家实验室

William Cannon,团队负责人
计算生物学

“BioCyc是银杏科学家的知识和工具的go-to资源。”

银杏生物工厂

“BioCyc是代谢组学中通路分析的巨大资源。”

佐治亚大学

遗传系艺术爱迪生

“我们广泛使用BioCyc全代谢网络图进行组学数据分析。”

五大湖生物能源

Timothy J.Donohue,董事

“我还没有找到另一个比BioCyc界面更好的数据库。”

密歇根大学

Gary B.Huffnagle教授
微生物学和免疫学

学习图书馆

教程系列

教程#1:BioCyc简介
这六个顺序片段,为您提供BioCyc系列的简明导游咬。要下载或查看,只需单击其中一个链接在每个段的名称后面。
教程#2:SmartTables简介
以下教程将指导您完成SmartTables,它使您能够创建、上传、共享和分析一组基因、代谢物、通路和序列位点。本教程分为几个部分,从基本操作到更高级的使用,例如作为基因表达分析和代谢组学。要下载或查看,请单击以下链接之一。
教程#3:可缩放代谢图、比较工具、监管网络
本教程向用户介绍BioCyc.org网站上提供的许多高级工具,用于导航细胞网络、分析大规模数据集和比较生物体。
教程#4:Omics数据分析
本教程将向您展示如何使用BioCyc的工具进行组学数据分析,包括细胞组学查看器、组学仪表板和其他工具。
教程#5:Pathway拼贴
Pathway拼贴是可以自定义的多路径图例如,通过叠加经济数据,改变相对路径的位置,以及修改路径之间的连接。了解如何生成、自定义和导出显示用户特定路径集合的高质量路径排列图。
教程#6:创建路径/基因组数据库
教程#7:使用结构化高级查询页面
结构化高级查询页面简介,它允许复杂的查询和跨中的一个或多个数据库的查询BioCyc收集。您将了解:设置高级查询的基本步骤;四个日益复杂的查询示例,包括如何跨多个数据库进行查询;哪里可以了解更多有关BioCyc数据库结构的信息。