远程：：install_github（“ropensci/beautier”）远程：：install_github（“ropensci/tracerer”）远程：：install_github（“ropensci/beastier”）远程：：install_github（“ropensci/mauricer”）远程：：install_github（“ropensci/babette”）远程：：install_github（“ropensci/mcbette”）

远程：：install_github（“richelbilderbeek/beastierinstall”）beastierinstall:：install_beast2（）beastier:：is_beast2_installed（）遥控器：：install_github（“richelbilderbeek/mauricenstall”）mauricerinstall:：install_beast2_pkg（“NS”）mauricer:：is_beast2_ns_pkg_installed（）

远程：：install_github（“thijsjanzen/nodeSub”，ref=“babette”）

input_tree<-树sim:：sim.bd.taxa（n=100，numbsim=1，λ=1，μ=0.1，完整=真）[1]目标对齐<-sim_unlinked（phy=输入树，费率1=1e-3，费率2=1e-3，l=10000，节点时间=0.3）

comp_alignment<-create_equal_alignment#（input_tree=geiger:：drop.confinated（input_tree），#只能在没有灭绝分支的树上工作sub_rate=1e-3，alignment_result=目标对齐）

节点后部<-推断起源（target_alignment$alignment，“节点_后部”，clock_prior=beautier:：create_strict_clock_model（clock_rate_param=beautier：：create_clock_cate_param（值=1e-3）），燃耗=0.1，working_dir=获取wd（），sub_rate=1e-3）reference_posterior<-推断起源（comp_alignment$alignment，“reference_posteror”，燃耗=0.1，clock_prior=beautier:：create_strict_clock_model（clock_rate_param=beautier：：create_clock_date_param（值=comp_alignment$adjusted_rate）），working_dir=获取（），sub_rate=1e-3）

node_ stats＜-calc_ sum_，输入树）ref_stats<-calc_sum_stats（reference_posterior$all_trees，输入树）