跳到内容

therneau/生存

存储库文件导航

生存

这是R中“survivation”包的源代码。它每隔一段时间就会被发布到综合R存档(CRAN)中,每个这样的发布都会在through测试之前进行。(我为所有800多个依赖生存的包运行测试套件。)通常,每次新推送CRAN都会更新版本号的第二项,例如2.40-5到2.41-0。仅更新短划线后的github源增量。(如果在提交CRAN的过程中发现错误,则发布的CRAN版本可能是x.yy-1或甚至x.yy-2或3。)我当然有本地工作和测试版本,我会在这里提取建议的更新以进行检查。

渐晕图正在慢慢迁移到伴随的软件包survivalVignettes中。一个原因是生存包已经很大了,另一个原因就是推荐的包不能依赖于base+推荐之外的任何其他包。一些小插曲引用了其他软件包中的方法或数据,对于绝大多数用户来说,Rmd比Swave更自然。

ToDo文件列出了我正在考虑的新增内容和问题。不幸的是,新事物的添加速度比旧事物的删除速度更快。首先,我会特别感谢您的帮助。我最近转向了git,这应该会有所帮助。(该软件包在SCCS、rcs、svn和mercurial中连续管理了8-11年。)对于那些想贡献的人,请记住这是一个推荐的软件包:你不能使用你最喜欢的tidyverse、ggxxx、data.table等软件包。我(和R核心)将非常抵制向进口或依赖列表中添加任何不一定要添加的内容。

源代码的很大一部分位于noweb目录中,并且基于Knuth的有文化的编程思想。不应直接修改R或src目录中以“自动生成…”注释开头的任何文件,而应使用noweb源代码。Noweb允许将大量文档与代码交错放置,并允许对方法进行更深入的文档记录。注意,好的做法是使用配置脚本“动态”生成R/tmerge.R等派生文件;这样就不会有人试图修改派生文件而不是实际源文件(noweb/tmerge.Rnw)的危险。然而,我无法创建在所有平台上可靠工作的配置文件,添加了(冗余)。R文件使程序包更容易加载。

然而,虽然我很喜欢noweb方法,但很明显很少有人采用它。因此,随着对例程进行修改,我将迁移到其他地方,这在psuedo和residuals.survfit中已经发生了。有关公式和算法的扩展信息将在方法渐晕图中收集。noweb目录将随着时间的推移而缩小。