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snaketron/sc泡泡树

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sc气泡树

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概述

单细胞RNA测序使我们能够检测数千个单细胞分辨率下的基因。scRNA-seq数据的快速增长也创造了一系列独特的挑战:我们该如何应对可视化提取有用的生物来自大规模高维scRNA-seq数据的信息?

scBubbletree是一种可扩展的scRNA-seq数据可视化方法。方法识别具有相似转录体的细胞簇并可视化这些簇作为树状图(气泡树)尖端的“气泡”,对应于定量集群属性和关系的摘要。scBubbletree堆叠气泡树以直观、易于访问的方式提供更多与集群相关的信息,因此促进scRNA-seq数据的定量评估和生物学解释。

如何使用scBubbltree

scBubbletree是Bioconductor提供的R包:

https://bioconductor.org/packages/scBubbletree(https://bioconductor.org/packages/scBubbletree)/

要安装此软件包,请启动R并输入:

如果(!要求("生物技术经理",安静地 = 真的))安装.包("生物技术经理")生物技术经理::安装("sc气泡树")

案例研究在目录/vignettes中提供

工作流程和输出

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关于

scBubbletree:可视化探索scRNA-seq数据的定量工具

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