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snaketron/ClustIRR公司

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ClustIRR:免疫受体库的聚类

概述

ClustIRR是一种定量方法,用于群集免疫受体的剧目(IRR)。该算法识别T或B细胞组可能具有相同抗原特异性的受体(TCR或BCR)。这是通过比较实现的全球的地方的的序列特征TCR和BCR的互补性决定区域(CDR)。一旦特异性组在一组IRR中确定,算法确定聚类并对聚类丰度进行定量比较在生物条件之间。

如何使用ClustIRR

ClustIRR是Bioconductor提供的R包:

https://bioconductor.org/packages/ClustIRR/

要安装此软件包,请启动R并输入:

如果(!要求("生物技术经理",安静地 = 真的))安装.包("生物管理器")生物技术经理::安装("俱乐部内部收益率")

要使用ClustIRR的开发版本,您可以从Github安装它。为此,启动R并输入:

图书馆(开发工具)安装github("snaketron/ClustIRR公司")

案例研究在目录/vignettes中提供

工作流和输出

clustir工作流