蚜虫 剖面隐马尔可夫模型分析 蚜虫是一个R包，用于开发和应用用于生物序列分析的隐马尔可夫模型和轮廓HMM。包括用于多重和成对序列比对的功能，模型构建、参数优化、条件计算概率（使用正向、反向和维特比算法），基于树的序列加权、序列模拟和文件导入/导出与兼容HMMER公司软件包。蚜虫还包括开发和使用的功能标准隐马尔可夫模型。 这个包是根据书中描述的算法编写的生物序列分析理查德·德宾（Richard Durbin）、肖恩·埃迪（Sean Eddy）、安德斯·克罗格（Anders Krogh）和格雷姆·米奇逊（Graeme Mitchison）。本书深入解释了隐马尔可夫模型和为所有熟悉程度的用户配置HMM。包中的许多示例和数据集都是直接从文本，它是这个包的有用入门。 安装 要下载蚜虫从CRAN加载程序包，运行 安装.包("蚜虫")图书馆("蚜虫") 从下载开发版本GitHub，首先确保C/C++编译器可用，并且开发工具R包已安装。Linux用户通常会默认安装编译器；但是Windows用户可能需要下载R工具和MacOSX用户需要Xcode（注意，这些不是R包）。通过运行以下命令安装并加载包 开发工具::安装github("肖普威尔金森/蚜虫",构建渐晕图 = 真的) 图书馆("蚜虫") 使用和示例 运行以下命令可以查看包及其功能的概述 ?蚜虫 要查看教程，请运行 渐晕("蚜虫渐晕") 问题 如果您在使用此软件包时遇到问题，请随时将其作为问题提出github. 致谢 该软件是在惠灵顿维多利亚大学由卢瑟福基金会博士后研究奖学金资助新西兰皇家学会颁发的奖项。
