分支机构
主人
发展

更漂亮的是BEAUti公司对于R。

目的更漂亮的就是创造有效的BEAST2 XML输入文件从一个n推理模型。这样，科学的管道使用野兽2可以完全编写脚本，而不是使用BEAUti公司的GUI。

更漂亮的是的一部分巴比特套装：

• 更漂亮的创建BEAST2输入(.xml文件)来自推理模型的文件。
• 蒂博从BEAST2输入创建推理模型(.xml文件)文件⚠️实验的⚠️
• 野兽运行BEAST2
• 追踪者粘贴BEAST2输出(.log文件,.树等）文件。
• 莫里克安装BEAST2软件包

相关R包：

• 窗口上的美女：验证更漂亮的在Windows上生成
• 勒米尔：闪亮的应用程序帮助创建所需的函数调用

请参见示例.

更漂亮的可以安装：

• 最新CRAN版本：CRAN
• 最新稳定版本：GitHub，主人分支
• 出血边缘版本：GitHub，发展分支

对于最新的CRAN版本：

安装.包("更漂亮的")

对于最新的稳定版本：

遥控器::安装github("罗宾西/贝蒂尔")

对于出血边缘版本：

遥控器::安装github("罗宾西/贝蒂尔",裁判 = "发展")

请参见常见问题解答.

这是可行的，界面不太可能改变。

• 1 DNA比对
• 站点模型：
  • JC69型
  • 香港
  • TN93型
  • 全球技术法规
• 时钟型号：
  • 斯特里克特
  • 松弛对数正态
• 树模型：
  • 裕乐
  • 出生-死亡
  • 联合贝叶斯天际线
  • 聚集恒定人口
  • 凝聚指数总体
• 处理丢失的数据：只需使用破折号（“-”）作为序列在FASTA文件中

这部分起作用，界面也可能改变。

提示日期文件是一个文件它不需要有列名称，也不需要有行名称。这些列需要用制表符分隔。

请参见在这里例如，其中第一行如下所示：

KF767106_印度尼西亚_1976_VI 1976KF767104_印度尼西亚_1988_VI 1988KF767105_印度尼西亚_1988_VI 1988AY288998_印度尼西亚_1990_VI 1990

未来可能会有一个“to_tipdates_file”函数，从表中创建临时tipdates文件。

更漂亮的不能做每件事BEAUti公司可以。

以下是一些缺失或（尚未）不受支持的功能，一些与问题相关：

• 向分布添加偏移
• 两个或多个DNA比对
• 两个或多个站点、时钟或树模型
• 两个或多个MRCA先验
• 共享站点、时钟和/或树模型
• 使用氨基酸比对
• 支持超参数
• 时钟型号
  • 松弛指数
  • 随机局部
• 树优先级
  • 校准的Yule模型
  • 联合扩展贝叶斯天际线
  • 生死天际线连载
• 初始化（这是一个默认情况下隐藏在中的选项卡BEAUti公司)

请参见贡献，于提交用例

请参见贡献，位于“提交代码”

请参见贡献，位于“提交错误”

当然，只需添加一个问题。或者发送电子邮件。

• BEAST2 GitHub

关于的文章巴比特:

• Bilderbeek、Richèl JC和Rampal S.Etienne。"巴比特：BEAUti 2、BEAST 2和R的示踪剂。《生态学和进化方法》（2018）。https://doi.org/10.1111/2041-210X.13032

FASTA文件anthus _ aco.fas公司和anthus n d2.fas公司发件人：

• Van Els、Paul和Heraldo V.Norambena。“基于多点遗传和发声数据的新热带琵琶花中物种限制的修订。”Ibis。

FASTA文件G_VII_pre2003_msa.fas发件人：

• 宾夕法尼亚州杜尔；Wibowo，MH；塔布，CR；阿斯马拉，W；Selleck，P；王，J；布罗兹，我；Graham，K。；Dimitrov，K和Afonso，C.（编制中）。印尼基因VII型新城疫病毒的株系动力学。