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Fast-oopsi由joshua vogelstein于2009年开发，目前广泛用于从钙荧光信号中提取神经元尖峰活动。在这里，我们提出了用python编程语言实现快速oopsi算法的详细方法。

Py-oopsi需要numpy公司,松软的和马特普洛特利布.

要生成合成钙痕迹，您可以

T型 = 2000
日期 = 0.020
拉姆 = 0.1
陶 = 1.5
西格玛 = 0.2

#信号发生器
F类,C类,N个 = oopsi公司.fcn_generate（函数生成）(T型,日期=日期,兰姆=兰姆,陶=陶,西格玛=西格玛)

哪里F类是带噪声的荧光信号，C类是干净的钙痕迹，N个是地面真相尖刺。

我们提供演示.py说明py-oopsi的用法（以及维纳滤波器,离散装箱),

#快速oopsi，
d日,Cz（抄送） = oopsi公司.快速的(F类,日期=日期,iter最大值=6)#维纳滤波器，
d日,Cw公司 = oopsi公司.维纳(F类,日期=日期,iter最大值=100)#描述装箱，
d日,v（v） = oopsi公司.离散化(F类,箱子=[0.75])

py-oopsi公司要求

• F类荧光信号，a数字标准一维向量对象；
• 日期帧间隔，1/（帧速率）；
• iter最大值最大迭代次数；
• 更新如果在每次迭代后更新参数，则为true。

例如，当成像多个神经元的大量荧光信号时连接组学挑战在kaggle.com上，你需要编写一个子程序来处理每个神经元的荧光轨迹。

• Joshua T Vogelstein、Adam M Packer、Tim A Machado、Tanya Sippy、Baktash Babadi、Rafael Yuste、Liam Paninski[用于从群体钙成像推断尖峰序列的快速非负反卷积](http://stat.columbia.edu/~liam/research/pubs/vogelstein-fast.pdf)神经生理学杂志，104（6）：3691-3704