DAISIEprep是一个R包，可以提取和格式化岛屿物种的系统发育数据，用于推理模型戴西（通过物种形成、移民和灭绝动态组装岛屿生物群）。中心功能，DAISIEprep:：extract_island_species（），使用来自系统发育树和物种岛屿特有状态的数据（即岛屿特有、非特有或岛屿上不存在）。使用门4d来自的S4类藻糖酶R包。

DAISIEprep填补了DAISIE推理模型套件中标准化、可复制数据处理的空白。与R中实现的其他系统发育方法不同，DAISIE在分析之前还没有一个明确的方法框架来提取和格式化数据。而R中的其他系统发育模型通常使用门（phylo）S3数据结构，由R包定义猿，DAISIE有一个新用户不熟悉的独特数据结构。该软件包为这些用户提供了一套工具，以便于应用DAISIE的模型进行研究。该软件包还开启了从“大数据”宏亲缘关系（>5000个物种）中提取岛屿数据的可能性，这将阻碍以前必须手动提取这些数据的研究人员。

有两种算法可以提取数据最小值算法或asr公司（祖先状态重建）算法。前者基于DAISIE推理模型的规则/假设，该模型涉及大陆源池物种的定居、岛屿上通过枝状体发生或无根体形成的物种形成以及岛屿灭绝。因此，该算法假设没有从岛屿到大陆或大陆的进化过程。如果数据似乎符合这些假设（通过目视检查），那么这是一个很好的选择方法(DAISIEprep:：extract_island_species（…，extraction_method=“min”）). 或者，数据可能会违反这些假设，例如，岛屿辐射中的物种会迁移回大陆。在这些和其他情况下asr公司算法提供了一种基于物种范围（即岛屿存在/缺失）的最可能重建来提取数据的方法，然后可以提取可能包含非岛屿物种的分支(DAISIEprep:：extract_sisland_species（…，extraction_method=“asr”). 这个asr公司该算法利用来自其他包的祖先状态重建方法（例如。脚轮)，但该软件包对于用户来说是灵活的，可以将其扩展到包含可能更适合其数据集的其他模型。

从CRAN安装DAISIEprep：

安装.包("DAISIEprep公司")

DAISIEprep的开发版本可以从GitHub安装：

如果(!requireNamespace（必需命名空间）("遥控器",安静地 = 真的))安装.包("遥控器")遥控器::安装github("joshwlambert/DAISIEprep公司")

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