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gscreend-合并CRISPR筛选分析

运行gscreend,如vignette部分中所述

设置SummarizedExperiment对象,其中包含原始计数数据矩阵、gRNAs和基因的rowData以及样本类型的colData。

counts_matrix<-cbind(原始计数$library0,原始计数$R0_0,原始计数$R1_0)rowData<-data.frame(sgRNA_id=raw_countsgrna_id,基因=raw_counts$基因)colData<-data.frame(样本名=c(“库”,“R1”,“R2”),#时间点命名约定:#T0->参考,#T1->已选择时间点=c(“T0”,“T1”,“T1”)se<-总结实验(分析=列表(计数=计数_矩阵),rowData=行数据,colData=列数据)

创建PoolScreenExp对象

pse<-createToolScreenExp(se)

运行gscreend

pse<-运行筛选(pse)

关于

混合遗传扰动筛选中的表型检测

资源

星星

观察者

叉子

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未发布版本

包装

未发布包

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