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hennigroup/VASPsol公司

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凡士林

新型VASPsol++

VASPsol是一个社区驱动的代码,实现了由连续体模型。新版本VASPsol++已发布。此页面将是但是,VASPsol代码的所有更新现在都将具有在此新存储库中:https://github.com/VASPsol/VASPsol/

VAPSsol++纸张:https://pubs.aip.org/aip/jcp/article-abstract/159/23/234117/2930317/An-implicit-electrolyte-model-for-plane-wave?redirectedFrom=fulltext

VASPsol(2014)

我们实现了一个隐式溶剂化模型,该模型描述了溶质间相互作用的静电、空化和弥散以及溶剂到平面波DFT代码VASP中。我们的实施提供了计算溶剂化对分子影响的有效方法和晶体表面以及反应屏障。我们的溶剂化模型的强度实现是其处理大型周期系统(如金属和半导体表面及其与标准超声伪电势和投影仪增强的波势库。

前提条件

VASP公司版本5.2.12或5.3.3或5.3.5或>=5.4.1。

编译器和库要求与VASP相同([VASP wiki](http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/Installing_VASP))

安装

对于VASP版本=5.2.12或5.3.3或5.3.5:

注:

  • 对原始VASP源代码应用适当的接口修补程序。有3个interface_patch文件在中可用VASPsol/贴片文件夹,每个支持的VASP版本一个。
cd<VASP src目录>patch-p1<<接口补丁文件的路径>
  • 应用修补程序后,复制VASPsol/src/溶剂化。F类文件到VASP源目录:
  • 在原始VASP Makefile中,按顺序将solutionation.o对象文件名放在pot.o之前。
  • 使干净
  • 制作

注:

文件VASPsol/src/溶剂化。F类合并文件夹中文件中定义的所有模块VASPsol/src/模块以符合vasp中溶剂化的新内置接口(版本>=5.4.1)。中的文件VASPsol/src/模块文件夹在安装过程中不起任何作用。

对于VASP版本>=5.4.1:

这些版本的VASP支持开箱即用的溶剂化计算。用户只需要通过复制来更新解算例程这个VASPsol/src/溶剂化。F类文件到原始VASP文件夹中的src/文件夹,血管5.4.X/src/按照安装说明编译原始VASP。

关于版本>=5.4.4的注释:

在新版本中,互补错误函数定义似乎已经进行了一些重构。无序为了确保溶剂化模块与较新版本的vasp兼容,请添加-Dsol_压缩选项生成文件中的预编译器选项列表(CPP_options)。

关于二进制文件的注意事项:

VASP.5.4.1默认编译所有三个二进制文件:标准文件(VASP_std)、gamma版本(VASP_gamma)和非共线计算(vaspncl)。一些用户过去报告过5.4.1版更新解算相关文件后编译失败。这是由于溶剂化使用实际到复杂的FFT(与vasp_std和vasp_gamma相同)编写和测试模块,而非共线编译使用复杂到复杂的FFT。问题已经解决,所有三个二进制文件编译良好,没有任何错误。

关于使用5.4.1运行泊松-玻尔兹曼解算器的注释:

为了计算5.4.1版文档中提到的FERMI_SHIFT,需要进行微小修改到锅里。F文件。这可以通过应用src/patches文件夹中提供的补丁文件pbz_patch_541来完成如下所示。

cd血管5.4.1补丁src/pot。F<<pbz_patch_541修补程序文件的路径>

对于VASP6版本>=6.1.0:

对于VASP版本>6.1.0,目前在/VASPsol/patches/VASPsol6.patch中有一个补丁。此修补程序将FERMI_SHIFT修补程序应用于锅。以及提供额外的子程序。此修补程序由用户shk11在第43期中开发。

  • 复制溶剂化。F来自path_to_VASPsol/src/solvation。F到path_to_VASP6_install/src/
  • 导航到path_to_VASP6_install/src/并通过确保“solvation.o”出现在“pot.o”之前来修改.objects文件
  • 在VASP makefile.include文件中设置CPP选项“-Dsol_compat”。
  • 按照VASP wiki上的说明编译代码。
cd血管6.1.0补丁-p0<<pbz_patch-610补丁文件的路径>

用法

有关说明,请参阅docs文件夹中的USAGE.md文件,有关一些示例计算,请参阅examples文件夹。

许可证

VASPSol是根据Apache 2.0版许可条款发布的:

版权所有2013-2015 Kiran Mathew和Richard Hennig

根据Apache许可证2.0版(“许可证”)许可;除非符合许可证,否则您不能使用此文件。您可以在以下地址获得许可证副本:

http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0

除非适用法律要求或书面同意,否则软件根据许可证分发的是按“原样”分发的,无任何明示或暗示的保证或条件。有关管理权限的特定语言和许可证下的限制。

供讨论和反馈

加入我们的邮件列表:https://groups.google.com/forum网站/#!论坛/输精管

贡献

请联系Richard Hennig博士(rhennig[at]mse.uf.edu)

作者

基兰·马修

Richard Hennig博士

如何引用

VASPsol Github储存库的DOI:

内政部

如果您在研究中使用VASPsol包,请引用以下论文:

  • 纳米晶表面和反应途径密度泛函研究的隐式溶剂化模型。K.Mathew、R.Sundararaman、K.Letchworth-Weaver、T.A.Arias和R.G.Hennig、J.Chem。物理学。140,084106(2014),[doi:10.1063/1.4865107](https://doi.org/10.1063/1.4865107).

  • 平面波密度泛函理论中的隐式自洽电解质模型。K.Mathew、V.S.C.Kolluru、S.Mula、S.N.Steinmann和R.G.Hennig、J.Chem。物理学。151234101(2019),[doi:10.1063/1.5132354](https://doi.org/10.1063/1.5132354).

Github存储库和出版物的BibTex条目:

@其他{VASPsol-Software,title={VASPsol:密度泛函理论的隐式溶剂化和电解质模型},author={K.Mathew和V.S.Chaitanya Kolluru和R.G.Hennig},年份=2018年,publisher={GitHub},日志={GitHub存储库},howpublished={\url{https://github.com/henniggroup/VASPsol}},url={https://github.com/henniggroup/VASPsol},doi={10.5281/zenodo.2555053}}@第{VASPsol2014-电介质,title={纳米晶表面密度泛函研究的隐式溶剂化模型和反应途径。},author={K.Mathew和R.Sundararaman以及K.Letchworth-Weaver和T.A.AriasR.G.Hennig},年份=2014,期刊={化学物理杂志},体积=140,页数={084106},doi={10.1063/1.4865107}}@第{VASPsol2019-电解液,title={平面波密度泛函理论中的隐式自洽电解质模型。},author={K.Mathew和V.S.C.Kolluru和S.Mula以及S.N.Steinmann和R.G.Hennig},年份=2019,期刊={化学物理杂志},体积=151,页数={234101},doi={10.1063/1.5132354}}