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Drost等人。 myTAI:R的进化转录组学 . 生物信息学 2018, 34 (9), 1589-1590. 数字对象标识代码：10.1093
brew安装llvm libomp 光盘 /usr/local/lib ln-s/usr/local/opt/libomp/lib/libomp.dylib/ 库comp.dylib -
检查是否有支持OpenMP的编译器：打开终端并运行命令 gcc—版本 或 g++--版本 检查是否安装了GNU编译器集合（GCC）。 OpenMP支持通常包含在GCC中。 如果没有安装GCC，可以使用发行版的包管理器进行安装。 例如，在Ubuntu上，可以使用sudo apt-get install build-essential安装GCC。 -
安装libomp库：打开终端并运行适用于包管理器的命令： 在基于Ubuntu或Debian的系统上： sudo apt-get安装libomp-dev 或 sudo apt安装libomp-dev 在Fedora或CentOS系统上： sudo-dnf安装libomp-devel 在Arch Linux上： sudo pacman-S libomp
# 从CRAN安装myTAI 0.9.3 安装.包( " 我的TAI " , 依赖项 = 真的 ) # 安装包含最新功能的开发人员版本
开发工具 :: 安装github( " drostlab/myTAI公司 " ) 图书馆( 我的TAI ) # 包含拟南芥胚胎发育7个阶段的示例数据集 数据( " PhyloExpressionSet示例 " ) # 将绝对表达式级别转换为log2表达式级别
Expr示例 <- tf公司( PhyloExpressionSet示例 , 日志2 ) # 可视化全球转录组年龄指数模式 绘图签名( Expr示例 ) 
# 绘制每个年龄（=PS）类别的表达水平分布
# 和每个发展阶段 绘图类别表达式( Expr示例 , " PS（聚苯乙烯） " ) 
# 按老年人划分的各年龄组的平均表达图（PS1-3）
# 与年轻（PS4-12）基因 绘图方式( Expr示例 , 组 = 列表 ( 1 : 三 , 4 : 12 )) 
# 绘制按年龄划分的各年龄组的相对平均表达（PS1-3）
# 与年轻（PS4-12）基因 绘图RE( Expr示例 , 组 = 列表 ( 1 : 三 , 4 : 12 )) 
# 绘制基因表达分布之间的显著差异
# 老（=第1组）与年轻（=第2组）基因的比较 绘图组差异( 表达式集 = Expr示例 , 组 = 列表 ( 组_1 = 1 : 三 , 组2 = 4 : 12 ), 图例名称 = " PS（聚苯乙烯） " , 绘图类型 = " 箱形图 " ) # 获取myTAI包的源代码 图书馆( 我的TAI ) # 查找myTAI包中提供的所有教程（小插曲）
# 这将打开您的web浏览器 浏览幻影( " 我的TAI " ) # 或作为单个教程
# 开放教程：植物学和myTAI简介 渐晕( " 介绍 " , 包裹 = " 我的TAI " ) # 开放教程：Phylotranscryptomics的中间概念 渐晕( " 中级 " , 包裹 = " 我的TAI " ) # 开放教程：Phylotranscryptomics的高级概念 渐晕( " 高级 " , 包裹 = " 我的TAI " ) # 开放教程：年龄丰富分析 渐晕( " 丰富 " , 包裹 = " 我的TAI " ) # 开放教程：使用myTAI进行基因表达分析 渐晕( " 表达式 " , 包裹 = " 我的TAI " ) # 开放教程：使用myTAI进行分类信息检索 渐晕( " 分类学 " , 包裹 = " 我的TAI " ) # 开放教程：讨论基因组植物地层学 渐晕( " 植物地层学 " , 包裹 = " 我的TAI " ) TAI（） ：计算转录组年龄指数（TAI）的函数 TDI（） ：计算转录组差异指数（TDI）的函数 TPI（） ：计算转录组多态性指数（TPI）的函数 REMatrix（）公司 ：用于计算所有门层或分流层的相对表达剖面的函数 RE（） ：将平均表达式级别转换为相对表达式级别的函数 pTAI（） ：计算植物层对全球TAI的贡献 pTDI（） ：计算发散层对全球TDI的贡献 pMatrix（） ：计算部分TAI或TDI值 p斯特拉塔（） ：计算部分地层值
绘图签名（） ：绘制转录组进化特征的主要可视化功能 绘图模式（） ：基本图形功能用于绘制转录组的进化签名 绘图贡献（） ：绘制累计转录组指数 绘图相关性（） ：用于绘制层系值和分流层值之间的相关性的函数 绘图仪（） ：用于绘制相对表达式配置文件的函数 PlotBarRE（） ：将藻层或分流层类的平均相对表达水平绘制为条形图的函数 PlotMeans（） ：绘制年龄类别平均表达谱的函数 绘图中值（） ：用于绘制年龄类别的中位数表达曲线的函数 绘图变量（） ：用于绘制年龄类别的表达式方差配置文件的函数 绘图分布（） ：绘制相应年龄类别内基因频率分布的功能 绘图类别表达式（） ：将每个年龄或分歧类别的表达水平绘制为Barplot或Violinplot 绘图扩展（） ：绘制给定基因集的叶层或分流层富集图 PlotGeneSet（） ：绘制基因集的表达谱 绘图组差异（） ：绘制PS或DS组的基因表达分布之间的显著差异 绘制所选年龄分布（） ：绘制一组选定基因的PS或DS分布
扁平线测试（） ：执行 扁平线测试 量化观测数据的统计显著性 系统转录组学模式（与frat线的显著偏差=进化信号） 减少沙漏测试（） ：执行 还原沙漏试验 从统计学上评估了门穿性沙漏模式的存在（沙漏模型） 早期保守测试（） ：执行 还原性早期保存试验 它从统计学上评估了一种单调递增的藻型转录模式的存在（早期保守性模型） 最新保守测试（） ：执行 还原性后期保存测试 它从统计学上评估了存在单调递减的门转录模式（早期发散模型） 反转沙漏测试（） ：执行 反向沙漏试验 统计评估反向沙漏模式（低-高-低）的存在 成对测试（） ：执行 两两差异测试 统计评估两个对照（例如男性与女性样本）之间TAI（或TDI）的差异。 强化测试（） ：基于Fisher检验的给定基因集的叶层或分流层富集 bootMatrix（）（引导矩阵） ：计算测试统计的排列矩阵
差异基因（） ：实施流行的差异基因表达分析方法 折叠副本（） ：在表达式集中合并复制 组合重要性（） ：计算每个重复组合的统计显著性 快递（） ：筛选基因表达矩阵中的表达水平（定义表达基因） 选择基因集（） ：选择ExpressionSet中的基因子集 绘图复制质量（） ：绘制生物复制品的质量图 组差异（） ：量化PS或DS组基因表达分布之间的显著差异
分类学（） ：检索任何感兴趣生物体的分类信息
匹配映射（） ：将地层图或散度图与表达式矩阵匹配 tf（） ：转换基因表达水平 tfPS（） ：变换地层标高 tf稳定性（） ：在不同变换下执行置换测试 年龄.apply（） ：年龄类别特定应用功能 ecScore（） ：计算早期保守测试的沙漏分数 lcScore（） ：计算最近保守测试的沙漏分数 配对分数（） ：计算成对测试的成对测试分数 地理平均值（） ：几何平均值 harm.mean（） ：调和平均值 省略矩阵（） ：计算忽略给定基因的TAI或TDI配置文件 rhScore（） ：计算减少沙漏测试的沙漏分数 reversehourglassScore（） ：计算反向沙漏测试的反向沙漏分数
后生动物双相生命周期的进化转录组学支持后生动物幼虫的单一插入起源 J Wang，L Zhang，S Lian，Z Qin，X Zhu，X Dai，Z Huang等人- 自然生态与进化 , 2020
普遍收敛进化和极端表型定义了蛋白质稳态的伴侣需求 Y Draceni、S Pechmann- 美国国家科学院院刊 , 2019
重建玉米和高粱的转录个体发生支持花序发育的逆沙漏模型 S Leiboff、S Hake- 当代生物学 , 2019
动物的单细胞亲属通过肌动球蛋白依赖性细胞化产生一层极化细胞 O Dudin、A Ondracka、X Grau-Bové、AAB Haraldsen等人- 电子生活 , 2019
动植物胚胎发生中主动维持藻型转录沙漏模式的证据 HG Drost、A Gabel、I Grosse、M Quint- 分子生物学与进化 , 2015
三种螺旋体发育动物的基因表达不支持沙漏模型 L Wu、KE Ferger、JD Lambert- 分子生物学与进化 , 2019
秀丽隐杆线虫个体细胞类型的转录组年龄 F Ma、C Zheng- 美国国家科学院院刊 , 2023
多倍体小麦及其二倍体祖先在胚胎发生和籽粒发育过程中的转录景观 D Xiang、TD Quilichini、Z Liu、P Gao、Y Pan等人- 植物细胞 , 2019
枯草芽孢杆菌生物膜发育过程中的类胚特征 M Futo、L Opašić、S Koska、N Chorak、TŠiroki、V Ravikumar、A Thorsell、M Lenuzzi、D Kifer、M Domazet-Lošo、K Vlahovićek、i Mijakovic、T Domazet-Roš- 分子生物学与进化 , 2021
竹茎快速生长中新基因与近期全基因组重复的相互作用 G Jin、P-F Ma、X Wu、L Gu、M Long、C Zhang、DZ Li- 分子生物学与进化 , 2021
四种双耳动物模型物种基因组进化的发育限制 J Liu，M Robinson雷查维- 基因组生物学与进化 , 2018
黑腹果蝇胚胎解剖中的定位选择 I Salvador-Martínez等人- 分子生物学与进化 , 2017
真菌中多糖降解酶的分布和多样性 R Berlemont公司- 科学报告 , 2017
人类非编码RNA调节网络的起源和进化史 M Sherafatian，SJ Mowla先生- 生物信息学和计算生物学杂志 , 2017
用无标签质谱法阐明炎症性关节炎的内源性滑液蛋白质组和肽组 SM Mahendran、EC Keystone、RJ Krawetz等人- 临床蛋白质组学 , 2019
层位：一个层位地层学框架 Z Arendsee、J Li、U Singh、A Seetharam等人- 生物信息学 , 2019
普遍收敛进化和极端表型定义了蛋白质稳态的伴侣需求 Y Draceni、S Pechmann- 生物Rxiv , 2019
环境DNA揭示湿地植物群落的景观镶嵌 ME Shackleton、GN Rees、G Watson等人- 全球生态与保护 , 2019
基于共生性的门地层学和基因起源分类算法 Z Arendsee-2019年
新基因在trochohore的高表达对trochozoans个体发育和进化的启示 F Xu、T Domazet Lošo、D Fan、TL Dunwell、L Li等人- 科学报告 , 2016
发育过程中人脑中催产素受体的表达模式 J Rokiki、T Kaufmann、A-MG de Lange、D van der Meer、S Bahrami、AM Sartorius、UK Haukvik、NE Steen、E Schwarz、DJ Stein、T Nrland、OA Andreassen、LT Westlye、DS Quintana- 神经心理药物 , 2022
真菌的体表转录沙漏模式：一个更新的模型 Y Xie、HS Kwan、PL Chan、WJ Wu、J Chiou、J Chang 生物Rxiv , 2022
九头蛇生殖系和体干细胞谱系的古老分裂 C西米亚·福吉萨瓦（C Nishimiya-Fujisawa）、H Petersen、TC-T Koubková-Yu、C野田佳彦（C Noda）、S Shigenobu、J Bageritz、T藤泽、O Simakov、S Kobayashi、TW Holstein- 生物Rxiv , 2023
褐藻中的转录组沙漏 JS Lotharukpong、M Zheng、R Luthringer、H-G Drost、SM Coelho- 生物Rxiv , 2024