pyHam：分析层次化直系群（HOG）的工具 动机 pyHam是一个库，用于促进层次化直系群的分析。它还包含一些用于运行标准类型分析的工具。 目前，Ham仅限于分析存储在正交XML文件中的HOG。下面是关于正交xml模式的更多信息和一些示例可在获取http://orthoxml.org. 对于扩展文档，我们参考包含信息的docs文件夹库的常见用例和API文档。 如何引用pyHam 如果您在工作中使用pyHam，请考虑引用： Clément-Marie Train、Miguel Pignatelli、Adrian Altenhoff、Christophe Dessimoz；iHam和pyHam：可视化和处理层次化同源群，生物信息学，bty994，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty994 安装 Ham是用python3（也与python2兼容）编写的，几乎没有外部依赖性，即。目前ete3，lml，6。安装脚本应该解决这些问题依赖关系。考虑使用pip直接从签出的git repo安装包 python-m pip安装--升级pippip安装pyham 例子 我们准备了一个现成的示例（参见示例文件夹），其中包含一些python脚本，以使用pyHam的主要功能。只需在bash中运行以下命令： python run hog查询.pypython run_treeProfile.py蟒蛇run_iHam.py 入门 我们在http://lab.dessimoz.org/blog/2017/06/29/pyham。我们强烈建议您在开始使用pyHam之前先阅读它。 我们还创建了一个ipython笔记本，以帮助您基本使用pyHam API和嵌入式工具http://zoo.cs.ucl.ac.uk/tutorials/tutorial_pyHam_get_started.html. 兼容性表 通过各种HOG推理资源支持pyHam。 资源 物种树格式 OrthoXML 支持 OMA浏览器 PhyloXML和纽里克 所有HOG，或一次一只HOG 对 OMA单机版 PhyloXML和Newick 所有HOG 对 合奏 纽里克 一次一只HOG 对 Hieranoid数据库 纽里克 一次一只HOG 对 文档 您可以在http://zoo.cs.ucl.ac.uk/doc/pyham/index.html