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bgctw/REddyProc(删除进程)

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CRAN_状态_标签 R-CMD检查

概述

REddyProc公司包支持处理(半)小时数据涡流协方差传感器。

有一个在线表单可以使用包的功能包括描述https://www.bgc-jena.mpg.de/bgi/index.php/Services/REddyProcWeb.

安装

#从CRAN发布稳定版本安装.包("REddyProc公司")#使用devtools的GitHub开发版本:
#install.packages(“devtools”)
开发工具::安装github("bgctw/REddyProc(删除进程)")

REddyProc~包需要更新版本的tidyverse包装。关于使用旧版本安装时遇到的问题应在安装REddyProc之前运行以下代码。

安装.包("潮韵诗")更新程序包(旧包装="数字播放器")

用法

一个简单的示例执行基于Lookuptable的间隙填充Net-Ecosystem-Exchange(NEE)并绘制填充值。

图书馆(REddyProc公司)#+++从csv输入数据(示例需要下载)
示例路径 <-获取示例路径('示例_DETha98.txt',isTry下载 = 真的)如果(长度(示例路径)) {EddyData公司 <-fLoadTXTinto数据帧(示例路径)}其他的{警告("找不到示例文本数据文件。","为了执行此示例代码,","请允许从github下载。","键入“?”?getExamplePath”了解更多信息。")#改为使用随包分发的RData版本
  EddyData公司 <- 示例_DETha98}#+++如果未提供,则从Tair和rH计算虚拟专用数据库
EddyData公司$虚拟专用数据库 <-从RH和Tair计算VPD(EddyData公司$右侧,EddyData公司$泰尔)#+++以POSIX时间格式添加时间戳
带有Posix的EddyData <- EddyData公司%>% 过滤器长期运行("NEE公司") %>% fConvertTime转换为Posix('YDH公司',年份 = '年份', = 'DoY公司',小时 = '小时')#+++初始化R5参考类sEddyProc以处理涡流数据
#+++包含稍后处理所需的所有变量
EProc公司 <- sEddyProc公司$新('DE-Tha公司',带有Posix的EddyData,c('','Rg公司','泰尔','虚拟专用数据库','乌斯塔'))#DE-Tharandt的位置
EProc公司$sSetLocationInfo(设置位置信息)(LatDeg公司 = 51,隆德 = 13.6,时区小时 = 1)#
#++使用MDS间隙填充算法填充NEE间隙(无需事先进行ustar过滤)
EProc公司$sMDS间隙填充('NEE公司',全部填充 = 错误的)#
#++将填满间隙和分区的数据导出到标准数据帧
填充涡流数据 <- EProc公司$sExportResults()#
#++填充数据到屏幕或目录的绘图示例
EProc公司$sPlot指纹Y('NEE_f(新英格兰足球俱乐部)',年份 = 1998)

更多示例见渐晕图(用例)渐晕图(DEGeb示例)以及小插曲目录.

Docker图像

提供了包含rstudio、rocker/tidyverse和REddy程序。最新的github推送有不同的版本,用于CRAN上的版本和1.1.4开始的特定标签。

  • bgctw/reddyproc:最新
  • bgctw/reddyproccran
  • bgctw/reddyproc:标签

它们通常通过在shell中键入以下命令与已安装的docker一起运行:

docker运行--rm-p 8787:8787-e PASSWORD=REddyProc

然后加载url本地主机:8787在浏览器窗口中向上RStudio
(默认用户名为rstudio,密码设置为REddyProc),其中您可以键入上述用法示例。

为了在docker中处理您自己的文件,您需要安装本地目录–安装选项,例如。--mount-type=bind,source=/home/twutz/devR,target=/home/rstudio/devR-e USERID=$UID

参考

的方法和基准REddyProc公司1.1.3在以下文件:

Wutzler,T.、Lucas-Movfat,A.、Migliavacca,M.、Knauer,J.、Sickel,K.、。,Šigut,L.、Menzer,O.和Reichstein,M.(2018):基本和可扩展用REddyProc对涡度协方差通量数据进行后处理,生物地球科学,15015-5030,https://doi.org/10.5194/bg-15-5015-2018.

关于

处理来自微气象涡旋协方差系统的数据

资源

星星

观察者

叉子

包装

未发布包

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