描述 运行模式-备忘单 安装 依赖关系 安装 ARCS+LINKS管道 使用链接读取运行ARCS 使用长读取运行ARCS 使用链接读取运行无对齐ARKS 运行无校准ARKS，长时间读取 模拟长读取中的伪链接读取 演示 使用stLFR链接读取 关于ARCS/ARKS 引用ARCS/ARKS/LINKS 许可证
ARCS公司 （默认）使用链接读数与输入重叠群的比对 ARCS长( 弧长 )将长读取与输入连接字对齐 ARKS公司 ( --方舟 )使用精确的k-mer映射将链接读取与输入连接性关联 ARKS长( arks长 )使用精确的k-mer映射将长读取与输入连接字关联
Boost（在1.61上测试） 合同通用条款（6+） 自动工具（如果直接从存储库克隆） 链接（在1.8上测试） 谷歌SparseHash ABySS（如果使用长读取） 比特利布 (1.4.3+)
./autogen.sh ./configure和make ./configure--prefix=/ARCS/PATH&&make安装 ./configure–-with-boost=/boost/path--前缀=/ARCS/path&&make安装 export CXXFLAGS+=“-I/path/to/btlib/include” export LDFLAGS+=“-L/path/to/btllib/install/lib” ./configure和make 起草装配快速文件 以fastq格式读取文件 *.fq.gz（平方米） （或fasta格式 *.fa.gz（传真） 如果使用长读取） 对于链接读取，ARCS需要交错的链接读取文件（读取头的BX标记中需要条形码序列，或格式为“@readname_Barcode”；运行 Long Ranger基本 读取原始铬以生成此交错文件）
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运行ARCS生成Graphviz Dot文件（.gv）。 图中的节点是脚手架的序列，边缘显示有证据表明节点是基于从GemCode/Chromium读取获得的数据链接的。 -
运行python脚本bin/makeTSVfile.py，从ARCS图形文件中生成一个名为XXX.tigpair_checkpoint文件的文件。 XXX.tigpair_checkpoint文件将在步骤3中提供给LINKS。 -
以XXX.tigpair_checkpoint文件作为输入运行LINKS。 为此，必须将基本名称（-b）设置为与XXX相同的名称。
arcs-make arcs draft=my_scaffolds读取=my_reads z=1000 arcs-make arcs-long draft=my_scaffolds读取=my_reads z=1000 m=8-10000 s=70 c=4 l=4 a=0.3
arcs-make arks draft=my_scaffolds读取=my_reads k=60 arcs-make arks-long draft=my_scaffolds reads=my_reads k=20 j=0.05 m=8-10000 j=0.05 k=20 c=4 l=4 a=0.3
ARCS公司： 示例/arcs_test-demo ARCS长： 示例/arcs-long_test-demo ARKS公司： 示例/arks_test-demo ARKS长： 示例/arks-long_test-demo
@V100002302L1C001R017000000#0_0_0/1 0 1 TGTCTTCCTGGACAGCTGACTCCATCCCTTTTTTTTCTGTTCTCAGATGTCTCTTACACATCTTAGGAAGACACACTAGCACTGACTATCC + FFFFFFF GFGFFGFDFGFFFFFFFFFGFFFF@FFFFFF @FFFFFFFFF GGFFEFFF？ FFFFGFFFGFFFFFFFFFGFFEFGGFGFGFFFGF @V100002302L1C001R017000000 BX:Z:0_0_0 TGTCTTCCTGGACAGCTGACTCCATCCCTTTTTTTTCTGTTCTCAGATGTCTCTTACACATCTTAGGAAGACACACTAGCACTGACTATCC + FFFFFFF GFGFFGFDFGFFFFFFFFFGFFFF@FFFFFF @FFFFFFFFF GGFFEFFF？ ffffgfffffffff 
ARKS：人类基因组草图的染色体尺度脚手架与链接的read-kmers。 Coombe L、Zhang J、Vandervalk BP、Chu J、Jackman SD、Birol I、Warren RL。 BMC生物信息学。 2018年6月20日； 19(1):234. doi:10.1186/s12859-018-2243-x。
ARCS：用链接阅读构建基因组草图。 Yeo S、Coombe L、Warren RL、Chu J、Birol I。 生物信息学。 2018年3月1日； 34(5):725-731. doi:10.1093/bioinformatics/btx675。
链接：带有长阅读的草图基因组的可伸缩、无对齐脚手架。 Warren RL、Yang C、Vandervalk BP、Behsaz B、Lagman A、Jones SJ、Birol I。 巨大的科学。 2015年8月4日； 4:35. doi:10.1186/s13742-015-0076-3。 2015年电子收集。
