⚠️ 此版本的hilldiv（1.5.4）与CRAN（1.5.1）上提供的版本不同。验证所有更改时，将更新CRAN包。

希尔迪夫是一个R包，它提供了一组功能来帮助分析多样性，以进行饮食重建、微生物群落分析或基于希尔数的更一般的生态系统特征分析，使用OTU/ASV表和相关的系统发育树作为输入。该软件包包括用于（phylo）多样性测量、（phyla）多样性剖面绘制、样本和组之间的（phyle）多样性比较、（philo）多样度划分和（dis）相似性测量的功能。所有这些都基于基于丰度和基于发病率的希尔数字。

围绕希尔数开发的统计框架包括许多最广泛使用的多样性（如丰富度、香农指数、辛普森指数）、系统发育多样性（例如Faith’s PD、Allen’s H、Rao’s二次熵）和差异性（例如sörensen指数、Unifrac距离）度量。这使得最常见的多样性分析能够在一个单一的统计框架中进行。有关希尔数在分子特征生物系统中的使用的详细信息，请阅读以下文章。

阿尔贝迪A，吉尔伯特MTP。(2019). 希尔数在基于DNA的多样性分析中的应用指南。分子生态学资源. 19(4): 804-817.https://doi.org/10.1111/1755-0998.13014

如果你想/需要引用希尔迪夫：阿尔贝迪A，吉尔伯特MTP。2019.希尔迪夫：基于希尔数的多样性综合分析R包。bioRxiv，545665。https://www.biorxiv.org/content/10.101/545665v1

一些最近使用hilldiv的论文：

• Maechler等人（2020），使用希尔数进行生物监测时无分类eDNA元条码的决策和最佳实践。生物Rxiv.https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.31.017723v1

• Alberdi等人（2020）DNA元条形码和空间建模将欧洲蝙蝠的饮食多样化与分布均匀性联系起来。自然通信.https://www.nature.com/articles/s41467-020-14961-2

• Siren等人（2019）雷司令酒自发体外发酵过程中微生物群落的分类和功能表征。微生物学前沿.https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.00697

• Chang等人（2019）食鱼蝙蝠的形态特征、资源变异和资源分配与饮食生态位扩展相关的作用毛性肌炎.分子生态学.https://doi.org/10.1111/mec.15127

要安装希尔迪夫在您的R环境中，从2019年10月起，您可以依赖内置的install.packages（）函数：

安装.包("希尔迪夫")图书馆(希尔迪夫)

或者，您需要1）安装devtools，2）加载devtools-library，3）安装希尔迪夫使用devtools和4）最终加载希尔迪夫库到您的环境。

安装.包("开发工具")图书馆(开发工具)安装github("安托纳尔贝尔迪/希尔迪夫")图书馆(希尔迪夫)

如果未安装，它将自动安装以下依赖项：ggplot2、ggpubr、RColorBrewer、data.table、ape、vegan、geiger、qgraph和FSA。

如果控制台返回以下错误：

"tar：无法设置默认区域设置"

在控制台中键入以下内容并重新启动R

系统('默认为write org.R-project。R力。语言en_US.UTF-8')

如果要从Github更新本地hilldiv库，可以使用以下脚本：

删除程序包("希尔迪夫")安装github("安托纳尔贝尔迪/希尔迪夫")图书馆(希尔迪夫)

我正在创建大量关于Hill编号和实施的文档希尔迪夫在中希尔迪夫WIKI.

0-希尔数简介：希尔数简介。如果你不知道希尔数字的基本知识，你应该先阅读本页。

1-数据文件：有关hilldiv包中实现的数据类型的基本信息。

2-数据预处理：计数表、系统发育树和元数据处理，用于优化函数的使用复制过滤器（）,深度_覆盖（）,match_data（）和至偶发事件（）

3.1-单个系统的多样性计算：使用函数计算单个系统的多样性hill_div（）和索引div（）.

3.2-多个系统的多样性计算和比较：使用函数对多个系统或对比组进行多样性计算和比较hill_div（）,div_test（）和div_test_plot（）.

3.3-多样性配置文件：使用函数生成多样性配置文件表和图div_profile（）和div_profile_plot（）.

4-分集分割：使用函数进行分层分集划分div_part（）.

• Alberdi A.，Gilbert M.T.P.（2019年）。希尔数在基于DNA的多样性分析中的应用指南。分子生态学资源，19（4），804-817。
• Chao，A.和Jost，L.（2015）通过新物种发现率估算多样性和熵分布。生态学与进化方法，6873-882。
• Chao，A.、Chiu，C.-H.和Hsieh，T.C.（2012）。为关于多样性划分的辩论提出决议。生态学，93（9），2037-2051。
• Chao，A.、Chiu，C.-H.和Jost，L.（2010年）。基于希尔数的系统发育多样性度量。伦敦皇家学会哲学学报。B辑，生物科学，365（1558），3599–3609。
• Hill，M.O.（1973）。多样性和均匀性：统一的符号及其后果。生态学，54（2），427-432。
• Xieh，T.C.和Chao，A.（2017年）。稀少与外推：在多个集合中公平比较丰度敏感的系统发育多样性。系统生物学，66（1），100-111。
• Xieh，T.C.、Ma，K.H.和Chao，A.（2016）。iNEXT：物种多样性稀疏性和外推的R包（希尔数）。生态学与进化方法/英国生态学会，7（12），1451-1456。
• Jost，L.（2006）。熵和多样性。Oikos，113，363–375。
• Jost，L.（2007）。将多样性划分为独立的α和β成分。生态学，88（10），2427–2439。
• Marcon，E.和Hérault，B.（2015）。entropart：测量和划分多样性的R包。统计软件杂志，文章，67（8），1-26。
• Tuomisto，H.（2010）。beta多样性：纠正错误的概念。第1部分：。将β多样性定义为α和γ多样性的函数。经济学，33（1），2–22。