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拼接Wiz是一个R包，用于探索拼接感知对齐BAM文件中的差异替代拼接事件。

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拼接向导

拼接Wiz是一个R包，用于探索拼接感知对齐BAM文件中的差异替代拼接事件。

目录

  1. 文档
    1. 生物导体释放
    2. 生物导体Devel
  2. 安装
    1. 启用OpenMP（MacOS）
    2. 生物导体安装（电流释放）
    3. 生物导体安装（devel）
    4. 通过GitHub安装
  3. 出版物

文档

生物导体释放（Bioc 3.18/R 4.3）

生物导体登录页（发布）

QuickStart渐晕图（发布）

参考手册（发行版）

生物导体Devel（未来Bioc 3.19/R 4.3）

生物导体登录页（Devel）

快速启动渐晕图（Devel）

参考手册（Devel）

安装（版本-Bioc 3.18/R 4.3）

启用OpenMP多线程（适用于MacOS用户）

默认情况下，OpenMP安装在Windows和Linux系统上。对于MacOS，OpenMP不受官方支持。要安装支持OpenMP的SpliceWiz，首先安装libomp公司通过brew的库：

brew安装libomp

在R（版本>=4.3）上使用Bioconductor版本3.18（当前版本）

if（！requireNamespace（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（版本=“3.18”）BiocManager:：valid（）#检查过期包BiocManager:：安装（“拼接向导”）

关于使用生物导体开发的R-devel（未来3.19）

if（！requireNamespace（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（版本=“devel”）BiocManager:：valid（）#检查过期包BiocManager:：安装（“拼接向导”）

通过GitHub安装

通过GitHub安装的原因：

  • 使用生物导体当前版本的最新开发版本-意味着您不必安装Bioconductor devel
  • 您正在使用Bioconductor 3.16或更低版本
库（“devtools”）install_github（“alexchwong/ompBAM”）#要安装最新的devel版本，请从“main”分支安装install_github（“alexchwong/SpliceWiz”，“main”，依赖项=TRUE）

请注意，在Bioconductor 3.14或更低版本之前，您可能需要检索可映射文件来自https://github.com/alexchwong/SpliceWizResources网站

出版物

SpliceWiz现已发布！

SpliceWiz:R中可选剪接的交互式分析和可视化

关于

SpliceWiz是一个R包，用于探索拼接软件对齐BAM文件中的差异可选拼接事件。

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