黑手党为处理提供了一组全面的函数MAF公司并执行癌症基因组学中最常用的分析。请参见在这里详细用法和案例研究。

#从Bioconductor储存库安装BiocManager:：install（“maftools”）#从GitHub存储库安装生物管理器：：安装（“有毒外星人/maftools”）

maftools使用的完整文档TCGA灯作为一个案例研究在这里.

除了MAF文件之外，maftools还简化了BAM文件的处理。请参阅下面的小插曲和部分以了解更多信息。

• 拷贝数分析具有ASCAT公司和最大深度
• 生成个性化癌症报告已知体细胞热点
• 样本错配和相关性分析

Mayakonda A、Lin DC、Assenov Y、Plass C、Koeffler HP。2018.Maftools：癌症体细胞变异的高效综合分析。基因组研究PMID：30341162

以下是一些更有用的体细胞变异分析软件包

• 特朗科-翻译ONCOlogy库库（R）
• dndscv公司-用于量化癌症和体细胞进化中选择的dN/dS方法（R）
• 克隆伏尔-多样本癌症测序（R）中克隆进化的推断和可视化
• sigminer公司-主要用于R.支架中的特征分析和可视化黑手党输出（R）
• GenVisR系统-主要用于可视化（R）
• comut公司-主要用于可视化（Python）
• TCGA突变-来自TCGA队列（来自Broad Firehose和TCGA MC3项目）的预编译精选体细胞突变，可加载到黑手党（右）
• 躯体频率-肿瘤BAM文件中已知体细胞热点变异体的快速基因分型。生成可浏览/可共享的HTML报告。（C）

• 数据表在翘曲速度