库（devtools） install_github（“michellekendall/phyloTop”） install.packages（“phyloTop”） 库（“phyloTop”） ##加载所需的包：ape -
平均梯形图 ：查找树中的平均阶梯大小 -
樱桃 ：找出树上樱桃的数量 -
学院.学院 ：查找树的Colless不平衡数 -
获取深度 ：查找树中每个节点的深度 -
IL编号 ：查找只有一个子提示的节点数 -
梯子尺寸 ：查找树中任何“梯子”的大小 （连续节点，每个节点正好有一个提示子节点） -
maxHeight（最大高度） ：找到的最大高度（相当于深度） 树中的节点 -
n配置 ：查找所有配置的大小（相当于， 树枝）在树上 -
节点深度 ：查找树中给定节点的深度 -
节点深度压裂 ：在给定的 深度 -
节点Emb ：查找树中给定节点的不平衡 -
节点ImbFrac ：使用 给定阈值或以上的不平衡 -
phyloTop公司 ：查找树列表的一系列树统计信息 （比单独调用每个函数更快） -
干草叉 ：找出干草叉的数量（叉的大小 三）在树上 -
萨金·菲洛 ：查找树的Sackin索引 -
splitTop（拆分顶部） ：查找树的拆分拓扑-大小 给定深度的分支 -
楼梯 ：找到“阶梯度”度量，定义如下 Norstrom等人，2012年 -
树状柱 ：查找树的不平衡-每个节点的不平衡 -
宽度 ：查找树中每个深度的节点数
-
配置显示 ：绘制树，突出显示 给定大小 -
阶梯秀 ：绘制树，突出显示“阶梯” -
子树显示 ：打印树，突出显示子树 从给定节点下降
-
制作EpiRecord ：模拟流行病学记录 感染者、受感染者、感染时间和恢复时间 -
获取实验室系谱 ：根据流行病学创建系谱 记录
设定种子（123） phyloTop（rmtree（10,50）） ##平均阶梯樱桃colless.phylo ILnumber maxHeight干草叉sagin.phylo ## 1 0.000 19 82 12 9 9 312 ## 2 2.167 16 120 18 9 7 330 ## 3 2.500 19 192 12 12 6 394 ## 4 2.333 16 139 18 11 9 345 ## 5 2.000 18 150 14 10 8 358 ## 6 2.333 17 105 16 11 10 321 ## 7 2.333 19 112 12 10 5 330 ## 8 2.333 15 229 20 13 9 421 ## 9 3.000 17 121 16 11 7 331 ## 10 3.000 16 181 18 12 7 377 ##楼梯1楼梯2 ## 1 0.5510 0.7257 ## 2 0.5306 0.6752 ## 3 0.5102 0.6907 ## 4 0.6327 0.6487 ## 5 0.5714 0.6880 ## 6 0.6122 0.6649 ## 7 0.5714 0.6696 ## 8 0.6735 0.5760 ## 9 0.6122 0.6487 ## 10 0.6122 0.6237 subtreeShow（rtree（20），nodeList=c（25,33），mainCol=“海军”，subtreeCol=“青色”，nodeLabelCol=“青色”，edge.width=2） 