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MathBioCU/稳态近似

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稳态近似

分发此软件包的目的是希望它对渐近分析有用规模结构人口模型。该软件的理论框架是在Mirzaev I和Bortz D.M.(2016)中开发的,我们在那里开发了一个数值框架,用于计算一般发展方程的稳态解的近似值。也可以使用此软件生成规模结构人口模型稳态的存在域和稳定域。

给出了两种特殊应用:

  1. 人口平衡方程(见Mirzaev,I.和Bortz,D.M.(2015))。arXiv:1507.07127)
  2. Sinko-Streifer规模结构人口模型(见Sinko,J.W.和Streifer,W.(1967),生态学,48(6):910-918。)

依赖关系

该程序完全是用Python 2.7编写的。这取决于一些著名的图书馆:SciPy、NumPy、matplotlib、多处理等.所有依赖关系都可以通过安装来解决水蟒软件包。安装说明可在https://www.continuum.io/downloads网站

基本用法

例如,为人口平衡方程生成存在区域和稳定区域:

  1. 导航到解压缩此软件包的文件夹。
  2. 更改中的模型速率pbe模型比率.py文件(python文件中提供的说明)。
  3. 在终端中运行以下命令
蟒蛇pbe_exixtence_region.py

生成的存在和稳定区域可以在中找到图像文件夹。同样,运行程序pbe _雅各布_原始值_绘图.pypbe稳定性plots.py

请注意,要模拟Sinko-Streifer模型。模型费率应在中更新sinko_model_rates.py和程序sinko_existence_region.py应按照上述说明运行。

引用

如果您使用此程序进行研究并最终发布,我们要求您在出版物中引用以下内容,以确认您使用了此程序:

引用论文:

Mirzaev I.,Bortz D.M.(2016)《计算规模结构人口模型稳态及其稳定性的数值框架》,arXiv:1602.07033

引用软件包:

Mirzaev,I.(2016)。稳态近似。https://github.com/MathBioCU/SteadyStateApproximation。

更多信息

有关更多信息,请联系我mirzaev@colorado.edu

关于

一般发展方程稳态解近似计算的数值框架

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未发布版本

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