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G流量/GP流量

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GPflow做什么?

GPflow是一个用Python构建高斯过程模型的包。它实现了对可组合核和可能性的现代高斯过程推理。

GPflow构建于TensorFlow 2.4+TensorFlow概率用于运行计算,允许在GPU上快速执行。

这个在线文档(最新版本)/(开发)包含更多详细信息。

维护者

它最初由创建詹姆斯·亨斯曼亚历山大·德·马修斯.它现在由(按字母顺序)积极维护阿特姆·阿特梅夫,马克·范德威尔克,ST约翰,文森特·杜托多尔.没有社区,GPflow将不一样。我们很感激所有贡献者他们帮助塑造了GPflow。

GPflow是一个开源项目。如果你有相关技能并有兴趣参与,请联系我们(参见“GPflow社区”部分以下)。

安装

要求

GPflow取决于TensorFlow(TF,版本≥2.4)和TensorFlow概率(TFP,版本≥0.12)。我们支持Python≥3.7。

注:TensorFlow概率释放与TensorFlow紧密耦合,例如TFP 0.14要求TF>=2.6,TFP 0.13要求TF>=2.5,而TFP 0.12要求TF≥2.4。不幸的是,这是在TFP的依赖项中指定。因此,如果您已经安装了TensorFlow的(旧)版本,GPflow将引入不兼容的最新TFP。如果出现以下错误ImportError:此版本的TensorFlow Probability要求TensorFlow版本>=2.4,您必须升级TensorFlow(pip安装-U张量流)或手动安装旧版本的张量流动概率包裹。

PyPI的最新(稳定)版本

pip安装gpflow

来自GitHub的最新(最新)源

请注意发展分支可能会定期更改,新提交可能会破坏代码。

在退房时发展的分支GPflow GitHub存储库,运行

pip安装-e.

或者,您可以安装最新的GitHub发展版本使用pip(点阵):

pip安装git+https://github.com/GPflow/GPflow.git@开发#egg=gpflow

这将自动安装所有必需的依赖项。

GPflow 2.0入门

有一个“GPflow 2.0简介”Jupyter笔记本;详细信息请查看。要从GPflow 1转换代码,请检查GPflow 2升级指南.

GPflow社区

获取帮助

错误、功能请求、痛点、恼人的设计怪癖等:请使用GitHub问题标记错误/问题/痛点,建议新功能,并讨论在某种意义上涉及更改GPflow代码本身的任何其他与GPflow使用相关的内容。您可以利用标签例如缺陷,讨论,特征,反馈等。我们积极欢迎对可用性的评论或关注,以及对任何设计级别的更改的建议。

我们的目标是迅速回应问题,但如果您认为我们可能忘记了某个问题,请随时添加另一条评论提醒我们。

“如何使用”问题:请使用堆栈溢出(gpflow标记)提出与“如何使用GPflow”相关的问题,即理解问题,而不是需要更改GPflow代码的问题。(如果您不确定在哪里提问,我们随时欢迎您提出GitHub问题;然后我们可能会要求您将问题转移到堆栈溢出。)

松弛工作空间

我们有一个公众GPflow松弛工作区。请使用此邀请链接如果你想加入,可以问简短的非正式问题,也可以参与GPflow的讨论和未来发展。

贡献

我们非常感谢您的所有建设性意见。有关更多信息,请参阅供贡献者参考的注释.

使用GPflow的项目

以下列出了基于GPflow的项目并演示了其用法。以下项目基于当前的GPflow 2.x版本:

项目 描述
的里雅斯特 使用TensorFlow进行贝叶斯优化,对GPflow(2.x)模型提供现成支持。
变频调速(VFF) 高斯过程的变分傅里叶特征(GPflow 2.x版本)
分支GP 具有分支核的高斯过程。
VBPP公司 “点过程的变分贝叶斯”的实现。
分子的高斯过程回归 GP通过创建自定义的Tanimoto内核来预测分子性质,以对Morgan指纹进行操作

如果你想在这里列出你的项目,请告诉我们-或者简单地说打开拉请求这会将您的项目添加到上表中!

以下项目基于旧版本的GPflow(2020年前);我们鼓励他们的作者升级到GPflow 2。

项目 描述
GPflowOpt(通用流程选项) 使用GPflow的贝叶斯优化(稳定发布需要GPflow 0.5)。
双随机-DGP 具有双随机变分推断的深高斯过程。
广域网络 测量随机宽深神经网络和GP之间的关系。
垂直耦合var gps 具有正交解耦基的变稀疏广义规划
内核学习 “高斯过程的可微组合核学习”的实现。
DGP_带_IWVI 具有重要性加权变分推断的深高斯过程
内核磁盘 用于单变量数据中自动内核结构发现的库
签名协方差 (时间)序列的核输入
结构化-DGP 为双随机深高斯过程的变分后验增加更多结构

版本兼容性

GPflow在很大程度上依赖于TensorFlow,只要TensorFlow支持向前兼容性,GPflow也应该支持。GPflow的版本可以为您提供有关向后兼容性的提示。如果主要版本已更改,则需要查看发行说明以了解API是如何更改的。

不幸的是,GPflow没有向后兼容性模型,这意味着模型实现可以在不更改接口的情况下进行更改。换句话说,对于来自不同版本GPflow的相同模型,TensorFlow图可能不同。

TensorFlow 1.x和GPflow 1.x

我们已经停止了基于TensorFlow 1的GPflow的开发和支持。支持TensorFlow 1的最新版本是第1.5.1节.文档教程将保持可用。

引用GPflow

要引用GPflow,请参考JMLR文件Biptex示例如下:

@条款{GPflow2017,author={Matthews、Alexander G.de G.和{van der Wilk}、Mark和Nickson、Tom和藤井庆介。和{布库瓦拉斯}、亚历克西斯和{勒{'o}n-Villagr{'a}}、巴勃罗和加赫拉马尼、邹宾和亨斯曼、詹姆斯},title=“{{GP}流:A{G} 澳大利亚的进程库使用{T} 传感器{F} 低}",journal={机器学习研究杂志},年份={2017年},月={apr},体积={18},数字={40},页数={1-6},url={http://jmlr.org/papers/v18/16-537.html}}

自从GPflow论文发表以来,该软件已经得到了显著的扩展使用域间近似和多输出先验的框架。我们审查了框架并在arXiv纸,用户可以引用。

@第{条GPflow2020多输出,author={{van der Wilk},Mark and Dutordoir,Vincent and John,ST and阿特梅夫、阿特姆和亚当、文森特和亨斯曼、詹姆斯},title={域间和多输出{G}aussian过程}的框架,年份={2020年},日志={arXiv:2003.01115},url={https://arxiv.org/abs/2003.01115}}