FormatTranscribe模块旨在方便翻译标准格式（GTF、GFF3、Fasta），过滤字段和可变它们基于回调函数。该工具使用JSON进行配置块指定如何处理每个列以及哪些筛选器或回调以应用。

对于每个记录，应用一组过滤器，默认称为input_filter，处理和output_filter。然而，要应用的确切过滤器可以是在命令行中指定。

在每个过滤器中，每个字段的规则按顺序应用为该格式定义。在应用每个筛选器之前，“_pre”规则是应用所有基于字段的规则后，运行“post”规则。此外，可以添加快捷方式“_all”规则，其中关联的过滤器将按顺序对每个字段运行，即“all”宏在应用所有命名字段规则后运行。所有过滤器和字段基于的规则是可选的，如果在JSON中没有定义，将跳过这些规则配置文件。

目前有两种类型的规则，一种是基于散列的简单替换，其中查找哈希也在JSON配置中指定。这个第二种规则是回调，用户在回调中指定perl要加载的模块、回调函数名称和参数调用时替换（字段值、正在处理的字段名、，正在处理的过滤器等）。

JSON配置文件可以从多个来源合并。底座配置和任何包含的块都可以有一个或多个“包含”字段以拉入更多配置片段或映射/查找。这个允许在中不重复大型查找表多个配置文件，但在一个位置进行维护。

包括的配置部分按中所示的顺序应用块和嵌套的配置节被添加到post-order中树遍历。合并节时，可以指定合并规则如Hash:：Union模块中定义的那样。

配置文件和包含的部分可以通过file://提取，http://和ftp://uri格式。

还存在用于验证配置的命令行工具。A给定配置将被加载并合并。之后，所有指定的将计算过滤器（或默认的三个）以确保查找替换类型规则中存在表。而且那个可以加载回调模块，回调函数存在，并且替换的参数有效。

配置文件由两部分组成，过滤规则和单个字段的映射，以及到的任何子配置集合并。

过滤器是应用于文件中每个字段的一组规则处理。规则是映射（直接替换）或回调返回要替换的值的模块。的配置回调和映射表位于配置。

配置文件的基本框架如下所示：

{“输入过滤器”：{“field1”：“my_mappingtable”，“field2”：“my_callback”，“field3”：“large_lookup”},“映射”：{“my_mappingtable”：{…}，“my_callback”：{…}},“包括”：[“http://ensembl.org/my_large_lookup.conf"]}

在上述配置中，循环表“my_mappingtable”将为用于直接替换字段1中的值。字段2的值将传递给“my_callback”定义的回调函数，并且字段3将通过从远程文件检索的查找表进行替换称为my_large_lookup.conf。

默认情况下，每个记录/行都通过三个过滤器运行，即input_filter、，处理和output_filter。所有字段都通过特定在处理下一个过滤器之前，先过滤一个记录/行。

如果字段的更改方式取决于所做的更改，则这可能很有用到另一个字段。这些过滤器在配置中都是可选的文件，并且可以在命令行上覆盖运行的过滤器。

回调函数可以应用于单个字段，这些字段由要加载的模块、实例化期间要传递的参数、回调函数和传递给回调函数的参数。一回调函数应将要替换的值返回到字段中正在处理中。基本格式如下：

“回调”：{“一般回调”：{“回调”：，“模块（_M）”：“”，“_init”：，“参数（_P）”：}}

实例化（_init）和回调（_Parameters）的参数可以是标量、数组或散列。对参数字符串进行变量替换在传递给回调模块之前。即。

{“字段”：“{{field}}”，“值”：“}{value}}，”过滤器“：”{{filter}}“}”

将向函数传递一个匿名散列，替换正在处理的字段/列、字段的值以及哪个筛选器当时正在运行。

模块初始化期间允许的替换为：{{field}}-回调正在处理的字段的名称{{attr_path}}-如果字段是嵌套的，例如GFF3中的属性，则处理子字段{{format}}-正在处理的文件的格式

在处理文件中的值时，允许的替换是上述所有内容加上：{{value}}-此时正在处理的字段的值{{filter}}-正在运行的筛选器{{record}}-映射到匿名散列的完整记录（即正在处理的GFF3格式的完整行）

除处理值外，还可以使用[[some_mapping]]来替换配置映射部分的块。即[[sequence_lookup|my_mapping]]会替换中sequencelookup->mymapping元素的全部内容配置文件的映射部分。

基本配置使用映射部分中的过滤器染色体->homo_sapiens_ensembl_to_ucsc，表示为嵌套对象（请参见examples/chromosomepluscallback.conf），用于字段“source”

GFF3中的字段属性基于；允许多个字符值，在本例中，属性字段中的子字段ID也是基于染色体->homosapiensensemembltoucsc过滤器重新映射。

最后，映射部分回调“callback”和“seq_callback”用于字段seqname和sequence。

{“input_filter”：{“source”：“染色体|homo_sapiens|ensembl_to_ucsc”，“seqname”：“回调”，“属性”：{“ID”：“染色体|homo_sapiens|ensembl_to_ucsc”}，“sequence”：“seq_callback”}，“包括”：[“文件：//examples/chromosome_plus_callback.conf"]}

完成的回调可能如下所示：

“回调”：{“_callback”：“运行”，“_module”：“Bio:：FormatTranscriber:：Callback”，“_init”：[“{{Field}}”，“{{Format}}“]，“_parameters”：{“field”：“{{field}}”，“value”：“}{value}}“，”filter“：”{{filter}}}

读取FASTA文件并在其上运行一些简单的转换（将序列修剪为20bp长），将结果发送到STDOUT：

bin/format_transciber.pl-格式fasta-c文件：//examples/base.conf-it/data/data.faa

同上，但对抑制示例回调函数输出的输出进行降噪：

bin/format_transciber.pl-格式fasta-c文件：//examples/base.conf-i t/data/data.faa 2>/dev/null

读取GFF3文件并翻译一些列：

bin/format_transciber.pl-格式gff3-c文件：//examples/base.conf-i t/data/data_with_fasta.gff3 2>/dev/null

GFF3文件中开始>20000bp的过滤记录属于基因类型，序列名不是“X”或“1？”：

bin/format_transciber.pl-格式gff3-c文件：//examples/gff3_filter.conf-i你的_gff3_file.gff3

筛选来自大于70000bp的GFF3文件的记录，以及该记录的所有子记录：

bin/format_transciber.pl-格式gff3-c文件：//examples/gff3_filter_large.conf-i t/data/patch_data.gff3

验证配置，确保可以加载回调并且存在映射：

bin/validate_filter.pl-格式gff3-c文件：//examples/base.conf

合并配置文件中的所有包含项并输出统一配置，这有助于测试合并规则是否按预期工作：

bin/merge_config.pl-c文件文件：//examples/merge.conf