我们目前在地球上观察到的生物多样性模式在更长的时间内不断受到进化动力学的影响时间。因此，一个特定分支所经历的历史动态在其演变过程中，了解其当前模式至关重要其中许多重要的历史影响广泛分布并在现存的系统发育史上留下印记。或者，仅聚焦宏观进化动力学忽略了重要而复杂的模式由于生物地理过程而出现。例如，这些动态由于在时间，导致不同的系统发育历史存储在其中。然而，通过解剖系统发育来理解给定模式上不同深度的枝状发生事件到目前为止，由于缺乏现成的工具来提供这一点，因此具有挑战性信息类型。

的主要目标树片R是为了提供广泛的功能能够在任何进化深度切割系统发育（图1）。用户可以使用这些切割的系统发育图来探索不同的进化模式存储在不同的时间深度，如以及从这些修剪的系统发育中获得的任何其他信息。收件人确保有一个更容易访问和用户友好的流程来获得这些修剪的系统发育，树片R函数提供了多种标准根据用户需求制作切片。例如，它使用户以不同的方向切割系统发育，例如“根向”（从根到尖）和“tipwardly”（从尖到根），或者简单地在感兴趣的特定时间间隔内获取系统发育切片。或者，相同宽度的多个系统发育切片可以生成的，类似于时间序列，基于用户输入时间标准，可以用数百万年或术语表示系统发育多样性。

图1：此图提供了以下功能的示例树片R中可用的系统发育切片。红色虚线指示用户输入的假设时间阈值。

第二个目标树片R是提供以下功能促进对一个新家族的评估累积速率任何系统发育指数的通过时间（图2）。基本原理这些比率背后的原因是，目前大多数可用的指数都没有区分不同深度的血统对给定观测模式。这意味着特定系统发育指数可以通过不同的配置获得物种组成和树拓扑。例如，高在一个集合中观察到的系统发育多样性可能是由很少有深层血统，或者最近的血统非常丰富。因此，树片R提供了计算给定系统发育模式（例如PD、PE、Pβ…），通过时间来阐明负责生成它的主要血统深度。有关更多信息关于这些背后的数学过程的详细信息价格，请参考Araujo等人（根据评审）.

图2：此图提供了可用的示例计算系统发育指数累积率的函数，评估他们最节省的切片数以模拟这些速率（即敏感性分析），并展示其图形输出。该图显示了仅获取速率的函数例如，系统发育β多样性（Cpβ）的积累，但这些比率也可以应用于其他系统发育指数（更多信息详细信息，请参阅treesliceR CRAN）。

树片R是一个易于使用和开放存取的R包不断发展，目标是成为有兴趣暂时分析任何系统发育信息的用户。它努力不断开发创新方法来揭示之前隐藏的进化时期的系统发育模式。该软件包是根据用户友好的软件开发开发的实践，提供具有核心并行化、详细错误的函数出现故障时的消息，以及可以快速生成准备发布的图形。然而，树片R是在GitHub上自由维护，其用户社区可以直接与维护人员合作，报告错误，为我们的现有算法通过pull请求，甚至提出新的思想用于将来的功能。

如果您有兴趣使用树片R类中的工具或者进行研究，您可以安装CRAN（起重机）（综合RArchive Network）版本，只需键入：

安装.包("树片R")

或者，您可以安装的开发版本树片R从github通过键入：

开发工具::安装github("AraujoMat/treesliceR公司")

现在，您已经准备好暂时剖析兴趣！有关更多详细信息，请访问我们的CRAN（起重机）!

学习各种使用方法并使用解决问题树片R，您可以探索我们的一些小插曲：

• 简介树片R:本节提供了简单易学的内容应用程序中提供的工具的简单插图包装；
• 雀形目分布:在这里，您将找到我们的工具的一个应用示例，重点是澳大利亚雀形目鸟类，我们在那里比较物种丰富度较老世系和较新世系之间的分布；
• 雀形目多元化:在这个小插曲中，我们通过以下方式复制了案例研究Araujo等人（in审查）。它显示了针对单个系统发育和多个采样执行的工作流雀形目的系统发育。

遇到某些问题树片R功能计算机？请用最少的可复制示例报告这些错误在包裹上github第页。如果你有改进算法的建议，请随时提交你的想法通过拉请求。

如果你有探索系统发育信息的有趣想法暂时，请随时通过电子邮件联系我们：matheusaraujolima@live.com。您可以跟踪我们的提交更新并版本控制直接打开github.