定量生物学>基因组学
标题: ENCODE门户上的数据导航
摘要: DNA元素百科全书(ENCODE)是一个跨20年的合作研究项目,旨在确定人类和小鼠基因组中的所有功能元素。 为了更好地为科学界服务,该联盟生成的所有数据都通过网络门户共享( 此https URL )没有访问限制。 该项目的第四阶段和最后阶段增加了一组不同的新样本(包括与人类疾病相关的样本),以及一系列旨在检测、表征和验证功能基因组元件的新分析。 ENCODE数据门户宿主来自23000多个功能基因组学实验、800多个功能元件表征实验(包括体内转基因增强子分析、报告者分析和CRISPR筛选)的结果 以及60000多个计算和综合分析结果(包括插补、预测和基因组注释)。 ENCODE数据协调中心(DCC)负责数据门户的开发和维护,以及ENCODE统一处理管道的实施和使用,以生成统一处理的数据。 这里我们报告数据门户的最新更新。 具体来说,我们已经彻底重新设计了主页,改进了搜索界面,增加了几个新页面,以突出生物相关数据的收集(深入剖析的细胞系、免疫细胞、阿尔茨海默病、RNA-蛋白相互作用、脱基因矩阵和人类捐赠者组织的实验矩阵), 增加了单细胞实验,并增强了购物车界面,以便可视化和下载用户选择的数据集。