定量生物学>生物分子
职务: 通过聚类预测新旧代谢产物的途径
摘要: 不同的代谢途径对所有生物都至关重要,因为它们收集能量,合成生物量成分,产生与微环境相互作用的分子,并中和毒素。 虽然新代谢产物和途径的发现仍在继续,但预测新代谢产物的途径可能具有挑战性。 阐明新代谢产物的途径可能需要大量时间; 因此,根据HMDB,只有60%的代谢物分配给路径。 在这里,我们提出了一种基于代谢产物结构识别途径的方法。 我们从SMILES注释中提取了201个特征,并从PubMed摘要和HMDB中确定了新的代谢物。 将聚类算法应用于两组特征后,我们量化了代谢物之间的相关性,发现聚类准确地将92%的已知代谢物与其各自的路径联系起来。 因此,这种方法对于预测新代谢物的代谢途径很有价值。