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职务: 生物-PEPA中具有时滞的生物系统建模
摘要: 生物系统中的延迟可用于对无法精确观察到潜在动力学的事件进行建模,或提供系统某些行为的抽象,从而生成更紧凑的模型。 在本文中,我们丰富了随机过程代数Bio-PEPA,并可能为动作分配延迟,从而产生了一个新的非马尔科夫过程代数:Bio-PEPAd。 这是一个保守的扩展,意味着保留了Bio-PEPA的原始语法,现在可以与动作相关联的延迟规范可以添加到现有的Bio-EPA模型中。 延迟动作触发的语义是延迟时间方法,早先在关于延迟生物系统随机模拟的论文中提出。 代数的这些语义以“开始-结束”样式给出,这意味着按照延迟的要求,将操作的状态和完成作为两个独立的事件进行观察。 此外,我们概述了如何对Bio-PEPAd系统进行随机模拟,以及如何将Bio-PEPA系统自动转换为一组延迟微分方程,这是对具有延迟的生物系统进行建模的确定性框架。 最后,我们用两个时滞生物系统的示例模型来说明该方法。