孙焕乔
人员信息
优化列表
2020年–今天
2023 [公元21年] 赵明田 , Abhishek A.Kognole公司 , 孙焕乔 , 奥祥涛 , 安东尼·黑泽尔 , 亚历山大·麦克雷尔。 :
巨正则蒙特卡罗模拟中改进溶质采样的GPU特定算法。 J.计算。 化学。 44 ( 20 ) : 1719-1732 ( 2023 ) 2022 [公元20年] Abhishek A.Kognole公司 , 朱敏·李 , 桑骏公园 , 孙焕乔 , 帕亚尔·查特吉 , 贾斯汀·伦库尔 , 黄晶 , 亚历山大·麦克雷尔。 , Wonpil进口 :
CHARMM-GUI-Drude为使用经典的Drude极化力场进行分子动力学模拟做准备。 J.计算。 化学。 43 ( 5 ) : 359-375 ( 2022 )
2010 – 2019
2019 [公元19年] 文森特·乌斯塔奇 , Sirish Kaushik Lakkaraju公司 , 孙焕乔 , 余文波 , 姜文娟 , 亚历山大·麦克雷尔。 :
通过配体竞争饱和度(SILCS)优化和评估位点识别,作为基于靶向配体优化的工具。 化学杂志。 信息模型。 59 ( 6 ) : 3018-3035 ( 2019 ) 2017 [公元18年] 桑骏公园 , 朱敏·李 , 迪龙·S·帕特尔 , 马红晶 , 李惠孙 , 孙焕乔 , Wonpil Im公司 :
改进了聚糖阅读器,以识别蛋白质数据库中的大多数糖类型和化学修饰。 生物信息。 33 ( 19 ) : 3051-3057 ( 2017 ) [公元17年] 孙焕乔 , 席成 , 朱敏·李 , Seonghoon Kim先生 , 桑君公园 , 迪龙·S·帕特尔 , 安德鲁·比文 , Kyu Il Lee先生 , 桓瑞 , Soohyung公园 , 李惠孙 , 贝诺·特鲁克斯 , 亚历山大·麦克雷尔。 , 杰弗里·B·克劳达 , 伊菲奇 , Wonpil Im公司 :
CHARMM-GUI生物分子建模和模拟10年。 J.计算。 化学。 38 ( 15 ) : 1114-1124 ( 2017 ) [公元16年] Seonghoon Kim先生 , 朱敏·李 , 孙焕乔 , 查尔斯·布鲁克斯三世 , 李惠孙 , Wonpil进口 :
CHARMM-GUI配体读取器和建模器,用于小分子CHARMM力场生成。 J.计算。 化学。 38 ( 21 ) : 1879-1886 ( 2017 ) 2015 [公元15年] 李惠孙 , 孙焕乔 , 斯拉扬塔·穆克吉 , 桑骏公园 , 杰弗里·斯科尔尼克 , Jooyoung Lee(李俊英) , Wonpil进口 :
用于聚糖结构比对和相似性测量的GS比对。 生物信息。 31 ( 16 ) : 2653-2659 ( 2015 ) [公元14年] 孙焕乔 , 魏江 :
用于复杂生物物理模拟的NAMD中副本交换与溶质回火(REST2)算法的通用实现。 计算。 物理学。 Commun公司。 197 : 304-311 ( 2015 ) 2014 [j13] 郑卓贞(Jong Cheol Jeong) , 孙焕乔 , 艾米莉亚·吴丽君(Emilia L.Wu) , 伊菲奇 , 维维亚娜·蒙杰·加尔文 , 闵孙尧 , 列夫·戈伦斯坦 , 冯晨 , 杰弗瑞·B·克劳达 , Wonpil进口 :
ST-analyzer:用于仿真轨迹分析的基于web的用户界面。 J.计算。 化学。 35 ( 12 ) : 957-963 ( 2014 ) [公元12年] 艾米莉亚·吴丽君(Emilia L.Wu) , 西城 , 孙焕乔 , 桓瑞 , 凯文·C·宋 , 埃德尔·达维拉·孔特雷拉斯 , 伊菲奇 , 朱敏·李 , 维维亚娜·蒙杰·加尔文 , 理查德·维纳布尔 , 杰弗瑞·B·克劳达 , Wonpil进口 :
GUI装饰 膜生成器 朝向真实的生物膜模拟。 J.计算。 化学。 35 ( 27 ) : 1997-2004 ( 2014 ) [j11] 伊菲奇 , 席成 , 魏翰 , 孙焕乔 , 克劳斯·舒尔滕 , Wonpil进口 :
CHARMM-GUI PACE解决方案、Micelle和Bilayer粗训练模拟的CG生成器。 化学杂志。 信息模型。 54 ( 三 ) : 1003-1009年 ( 2014 ) [公元10年] 阿维塞克·达斯 , 默特·古尔 , 玛丽·红英(Mary Hongying Cheng) , 孙焕乔 , 伊维特·巴哈尔 , 贝诺·特鲁克斯 :
使用简单的两态各向异性网络模型探索生物分子系统的构象转变。 公共科学图书馆计算。 生物。 10 ( 4 ) ( 2014 ) 2013 [公元9年] 孙焕乔 , 魏江 , 李惠孙 , 贝诺·特鲁克斯 , Wonpil Im公司 :
用于绝对结合自由能计算的CHARMM-GUI配体粘合剂及其应用。 化学杂志。 信息模型。 53 ( 1 ) : 267-277 ( 2013 ) [j8] 西城 , 孙焕Jo , 李惠孙 , 杰弗瑞·B·克劳达 , Wonpil Im公司 :
纯/混合胶束和蛋白质/胶束复合系统的CHARMM-GUI胶束生成器。 化学杂志。 信息模型。 53 ( 8 ) : 2171-2180 ( 2013 ) [j7] 孙焕乔 , Wonpil进口 :
聚糖片段数据库:基于PDB的聚糖3D结构数据库。 核酸研究。 41 ( 发布数据库 ) : 470-474 ( 2013 ) [j6] 孙焕乔 , 李惠孙 , 杰弗里·斯科尔尼克 , Wonpil Im公司 :
PDB中受限的N-聚糖构象空间及其在聚糖结构建模中的意义。 公共科学图书馆计算。 生物。 9 ( 三 ) ( 2013 ) 2012 [j5] Kyu Il Lee先生 , 孙焕乔 , 桓瑞 , 伯恩哈德·埃格沃尔夫 , 贝诺·特鲁克斯 , 理查德·帕斯特 , Wonpil进口 :
用于离子传输的布朗动力学模拟的Web界面及其在β-桶孔中的应用。 J.计算。 化学。 33 ( 三 ) : 331-339 ( 2012 ) 【j4】 李惠孙 , 孙焕乔 , 林贤淑 , Wonpil进口 :
结合自由能计算在预测MDM2和MDMX抑制剂的结合模式和亲和力中的应用。 化学杂志。 信息模型。 52 ( 7 ) : 1821-1832 ( 2012 ) 2011 [j3] 孙焕Jo , 凯文·C·宋 , 希瑟·德赛尔 , 亚历山大·麦克雷尔。 , Wonpil进口 :
甘氨酸阅读器:碳水化合物和糖蛋白的自动糖识别和模拟制备。 J.计算。 化学。 32 ( 14 ) : 3135-3141 ( 2011 )
2000 – 2009
2008 [注2] 孙焕Jo , Taehoon Kim公司 , 维迪亚桑卡拉·伊耶 , Wonpil进口 :
CHARMM-GUI:一个基于web的CHARMM图形用户界面。 J.计算。 化学。 29 ( 11 ) : 1859-1865 ( 2008 ) [j1] 孙焕乔 , 米克洛斯·瓦尔吉亚斯 , 朱迪特·瓦斯科·塞德拉尔 , 贝诺·特鲁克斯 , Wonpil进口 :
PBEQ-生物分子静电势在线可视化解决方案。 核酸研究。 36 ( Web服务器问题 ) : 270至275 ( 2008 )