山下义弘
人员信息
优化列表
![笔记](https://dblp.uni-trier.de/img/note-mark.dark.12x12.png)
2020年–今天
2024 [公元48年] Mamunur Rashid先生 , 滨野茂子 , Midori Iida公司 , 岩田美雄 , Toshiyuki Ko公司 , 野村正太郎 , Issei Komuro公司 , 山下义弘 :
通过整合多种组学数据,对诊断特异性跨组学生物标记物进行网络识别。 生物晶体。 236 : 105122 ( 2024 ) [公元47年] 松木由纪 , 山中千树 , 山下义弘 :
De Novo公司 通过基于变换的变分自动编码器和贝叶斯优化生成治疗靶蛋白的抑制剂和激活剂候选化学结构。 化学杂志。 信息模型。 64 ( 7 ) : 2345-2355 ( 2024 ) [第18条] 陈丽 , 山下义弘 :
GxVAEs:两个联合VAEs从基因表达谱生成命中分子。 AAAI公司 2024 : 13455-13463 [第17条] 陈丽 , 山下义弘 :
TenGAN:纯变压器编码器为新分子生成提供了高效的离散GAN。 AISTATS公司 2024 : 361-369 [i4] 会东堂 , 陈丽 , 龟井沙也 , 山下义弘 , 森本康彦 :
具有多属性优化的分子生成对抗网络。 CoRR公司 abs/2404.00081 ( 2024 ) 2023 [公元46年] 会东堂 , 陈丽 , 帅江 , 华冲余 , 龟井沙也 , 山下义弘 , 森本康彦 :
EarlGAN:用于从头开始药物设计的增强型actor-critic强化学习代理驱动的GAN。 模式识别。 莱特。 175 : 45-51 ( 2023 ) [第16条] 会东堂 , 陈丽 , 帅江 , 华冲余 , 早矢香龟井 , 山下义弘 , 森本康彦 :
MacGAN:分子生成的基于矩因子关键强化学习的生成对抗网络。 APWeb-WAIM(1) 2023 : 127-141 [第15条] 姜宗礼(Zongli Jiang) , 王振波 , 张金丽(Jinli Zhang) , 满武(Man Wu) , 陈丽 , 山下义弘 :
药物设计中基于强化学习的GAN的模式崩溃缓解。 BIBM公司 2023 : 3045-3052 [第14条] 陈丽 , 山下义弘 :
SpotGAN:反向变压器GAN通过性能优化生成支架约束分子。 ECML/PKDD(1) 2023 : 323-338 2022 [j45] Eguchi龙海 , 滨野茂子 , 岩田敏雄 , 仲村亨 , Shinya Oki(冈喜良) , 山下义弘 :
TRANSDIRE:由先驱因子引导的跨组织方法进行数据驱动的直接重编程。 生物信息。 38 ( 10 ) : 2839-2846 ( 2022 ) [公元44年] 邹朝南 , 岩田美雄 , 山下义弘 , Shinya Oki(冈喜良) :
通过大规模ChIP-seq数据分析揭示药物反应的表观遗传景观。 BMC生物信息。 23 ( 1 ) : 51 ( 2022 ) [公元43年] Kazuma Kaitoh公司 , 山下义弘 :
在任意化学空间中穷尽创造分子的支架保留结构生成器。 化学杂志。 信息模型。 62 ( 9 ) : 2212-2225 ( 2022 ) [公元42年] 岩田美雄 , Hiroaki Mutsumine公司 , 中山佑介 , Naomasa Suita公司 , 山下义弘 :
张量插补的通路轨迹分析揭示了药物诱导的单细胞转录组景观。 自然计算。 科学。 2 ( 11 ) : 758-770 ( 2022 ) [第13条] 陈丽 , 山中千树 , Kazuma Kaitoh公司 , 山下义弘 :
基于变换器的目标增强生成对抗网络生成所需分子。 国际JCAI 2022 : 3884-3890 2021 [公元41年] 弗朗索瓦·贝伦格 , 阿舒托什·库马尔 , Kam Y.J.Zhang先生 , 山下义弘 :
倾斜对接:利用配体的预测对接分数加速分子对接。 化学杂志。 信息模型。 61 ( 5 ) : 2341-2352 ( 2021 ) [j40] Kazuma Kaitoh公司 , 山下义弘 :
TRIOMPHE:基于转录组的推理和通过机器学习生成具有所需表型的分子。 化学杂志。 信息模型。 61 ( 9 ) : 4303-4320 ( 2021 ) 2020 [公元39年] 饭田美多里 , 岩田美雄 , 山下义弘 :
基于网络的药物和治疗靶点疾病关系表征。 生物信息。 36 ( 补遗-1 ) : i516-i524型 ( 2020 ) [公元38年] 原田昭介 , 秋田博香 , 津津正史 , Yukino巴布 , 高川一川 , 山下义弘 , Hisashi鹿岛 :
用于预测化学网络的对偶图卷积神经网络。 BMC生物信息。 21秒 ( 三 ) : 94 ( 2020 ) [公元37年] 雅硕塔北 , 山下义弘 , 拉斯穆斯·帕格 :
字符串对齐内核的空间效率特征映射。 数据科学。 工程师。 5 ( 2 ) : 168-179 ( 2020 ) [公元36年] 弗朗索瓦·贝伦格 , 山下义弘 :
具有消失核和单个参数的排名分子:包括主动适用域。 化学杂志。 信息模型。 60 ( 9 ) : 4376-4387 ( 2020 )
2010 – 2019
2019 [j35] 岩田美雄 , 龙豪苑 , 赵启斌 , 雅硕塔北 , 弗朗索瓦·贝伦格 , 柳素克·萨瓦达 , 早矢昭 , 滨野茂子 , 山下义弘 :
通过一种新的张量-应变分解算法预测多种人类细胞系的药物诱导转录组反应。 生物信息。 35 ( 14 ) : i191-i199型 ( 2019 ) [公元34年] 雅硕塔北 , Masaaki Kotera公司 , 柳素克·萨瓦达 , 山下义弘 :
基于网络的药物-蛋白质相互作用特征的空间效率方法。 BMC系统。 生物。 13-S型 ( 2 ) : 39:1-39:15 ( 2019 ) [公元33年] 弗朗索瓦·贝伦格 , Kam Y.J.Zhang先生 , 山下义弘 :
OCaml中的化学信息学和结构生物信息学。 J.化学信息学 11 ( 1 ) : 10:1-10:13 ( 2019 ) [公元32年] 弗朗索瓦·贝伦格 , 山下义弘 :
用于高通量筛选数据分类的基于距离的布尔适用域。 化学杂志。 信息模型。 59 ( 1 ) : 463-476 ( 2019 ) [公元31年] 山下义弘 , 坂原靖(Yasubumi Sakakibara) , 陈一平菲比 :
第16届亚太生物信息学会议客座编辑。 IEEE ACM传输。 计算。 生物信息。 16 ( 1 ) : 1-2 ( 2019 ) [第12条] 雅硕塔北 , 山下义弘 , 拉斯穆斯·帕格 :
字符串对齐内核的空间效率特征映射。 ICDM公司 2019 : 1312-1317 2018 [i3] 雅硕塔北 , 山下义弘 , 拉斯穆斯·帕格 :
通过节省空间的特征映射实现可缩放的对齐内核。 CoRR公司 abs/1802.06382 ( 2018 ) [i2] 原田昭介 , 秋田博孝 , 津津正史 , Yukino巴布 , 高川一川 , 山下义弘 , Hisashi鹿岛 :
图链接预测的对偶卷积神经网络。 CoRR公司 abs/1810.02080 ( 2018 ) 2016 [j30] 雅硕塔北 , 山下义弘 , Masaaki Kotera公司 :
根据化学转化模式同时预测 从头开始 代谢途径重建。 生物信息。 32 ( 12 ) : 278-287 ( 2016 ) [第11条] 雅硕塔北 , Hiroto Saigo先生 , 山下义弘 , 西蒙·普格利西 :
语法压缩数据矩阵上的可缩放偏最小二乘回归。 KDD公司 2016 : 1875-1884 [i1] 雅硕塔北 , Hiroto Saigo先生 , 山下义弘 , 西蒙·普格利西 :
语法压缩数据矩阵上的可缩放偏最小二乘回归。 CoRR公司 abs/1606.05031 ( 2016 ) 2015 [公元29年] 山下义弘 , 雅硕塔北 , Masaaki Kotera公司 :
代谢组标度 从头开始的 使用区域异构体敏感图比对进行路径重建。 生物信息。 31 ( 12 ) : 161-170 ( 2015 ) [公元28年] 岩田弘(Hiroaki Iwata) , 柳素克·萨瓦达 , 早矢美藏 , 山下义弘 :
综合分析表型和分子数据,对广泛疾病进行系统药物重新定位。 化学杂志。 信息模型。 55 ( 2 ) : 446-459 ( 2015 ) [公元27年] 郑绍 , 平山由雅 , 山下义弘 , 斋藤广人 :
从多标签图形数据中挖掘判别模式及其在定量结构-活动关系(QSAR)模型中的应用。 化学杂志。 信息模型。 55 ( 12 ) : 2519-2527 ( 2015 ) [公元26年] 岩田弘(Hiroaki Iwata) , 柳素克·萨瓦达 , 早矢美藏 , Masaaki Kotera公司 , 山下义弘 :
使用药物疗效和靶点特征对有益药物组合进行大规模预测。 化学杂志。 信息模型。 55 ( 12 ) : 2705-2716 ( 2015 ) [公元25年] 柳素克·萨瓦达 , 岩田弘(Hiroaki Iwata) , 早矢美藏 , 山下义弘 :
利用大规模化学-蛋白质相互作用数据进行靶向药物重新定位。 化学杂志。 信息模型。 55 ( 12 ) : 2717-2730 ( 2015 ) 2014 [公元24年] Masaaki Kotera公司 , 雅硕塔北 , 山下义弘 , 艾·穆托 , 森谷由纪 , Toshiaki Tokimatsu公司 , Susumu Goto公司 :
代谢组-用递归监督方法预测多步骤代谢途径中的中间化合物。 生物信息。 30 ( 12 ) : 165-174 ( 2014 ) [公元23年] 山下义弘 , Masaaki Kotera公司 , 森谷由纪 , 泽田龙介 , Minoru Kanehisa公司 , Susumu Goto公司 :
DINIES:基于监督分析的药物靶点交互网络推理引擎。 核酸研究。 42 ( Web服务器问题 ) : 39-45 ( 2014 ) 2013 [公元22年] Masaaki Kotera公司 , 雅硕塔北 , 山下义弘 , Toshiaki Tokimatsu公司 , Susumu Goto公司 :
被监督的 从头开始 代谢组代谢途径的重建。 生物信息。 29 ( 13 ) : 135-144 ( 2013 ) [公元21年] 岩田弘(Hiroaki Iwata) , 早矢美藏 , 雅硕塔北 , Masaaki Kotera公司 , Susumu Goto公司 , 山下义弘 :
基于药物-靶标相互作用网络推断与药物副作用相关的蛋白质结构域。 BMC系统。 生物。 7 ( S-6系列 ) : 第18节 ( 2013 ) [公元20年] Masaaki Kotera公司 , 雅硕塔北 , 山下义弘 , 森谷由纪 , Toshiaki Tokimatsu公司 , Minoru Kanehisa公司 , Susumu Goto公司 :
KCF-S:KEGG化学功能和子结构,用于改进化学生物信息学中的解释性和预测性。 BMC系统。 生物。 7 ( S-6系列 ) : S2系列 ( 2013 ) [公元19年] 雅硕塔北 , 山下义弘 :
使用minwise散列对化合物-蛋白质相互作用进行可扩展预测。 BMC系统。 生物。 7 ( S-6系列 ) : 第3章 ( 2013 ) [j18] 中山明弘 , 片山俊一 , 伊藤正美 , 平野和之 , 川岛水一 , 森谷由纪 , 大田修二郎 , 田中美弘 , Toshiaki Tokimatsu公司 , 山下义弘 , Akiyasu C.Yoshizawa公司 , Minoru Kanehisa公司 , Susumu Goto公司 :
KEGG OC:一种基于分类学的正交聚类的大规模自动构建。 核酸研究。 41 ( 发布数据库 ) : 353-357 ( 2013 ) [第10条] 雅硕塔北 , 岸本明弘 , Masaaki Kotera公司 , 山下义弘 :
简洁的区间分裂树用于具有属性约束的复合蛋白对的可伸缩相似性搜索。 KDD公司 2013 : 176-184 2012 [公元17年] 雅硕塔北 , 爱德华·鲍威尔 , Véronique Stoven公司 , 武本和弘 , 山下义弘 :
使用可解释分类器从药物靶点相互作用网络中识别化学基因组特征。 生物信息。 28 ( 18 ) : 487-494 ( 2012 ) [公元16年] 早矢美藏 , 爱德华·鲍威尔 , Véronique Stoven公司 , Susumu Goto公司 , 山下义弘 :
将药物-蛋白质相互作用网络与药物副作用联系起来。 生物信息。 28 ( 18 ) : 522-528 ( 2012 ) [公元15年] 高阿拉伯Masataka , Masaaki Kotera公司 , 西村义介 , Susumu Goto公司 , 山下义弘 :
使用不良事件报告系统进行药物靶点预测:一种药物基因组学方法。 生物信息。 28 ( 18 ) : 611-618 ( 2012 ) [公元14年] 山下义弘 , 爱德华·鲍威尔 , Masaaki Kotera公司 :
基于化学和生物空间整合的药物副作用预测。 化学杂志。 信息模型。 52 ( 12 ) : 3284-3292 ( 2012 ) [j13] Masaaki Kotera公司 , 山下义弘 , 森谷由纪 , Minoru Kanehisa公司 , Susumu Goto公司 :
GENIES:基于监督分析的基因网络推理引擎。 核酸研究。 40 ( Web服务器发布 ) : 162-167 ( 2012 ) 2011 [公元12年] 爱德华·鲍威尔 , Véronique Stoven公司 , 山下义弘 :
预测药物副作用:基于化学碎片的方法。 BMC生物信息。 12 : 169 ( 2011 ) [公元11年] 山下义弘 , 爱德华·鲍威尔 , Hiroto Saigo先生 , Véronique Stoven公司 :
提取控制药物-靶点相互作用的化学亚结构和蛋白质结构域集。 化学杂志。 信息模型。 51 ( 5 ) : 1183-1194 ( 2011 ) 2010 [公元10年] 山下义弘 , Masaaki Kotera公司 , Minoru Kanehisa公司 , Susumu Goto公司 :
在一个综合框架中,从化学、基因组和药理学数据预测药物与靶点的相互作用。 生物信息。 26 ( 12 ) : 246-254 ( 2010 ) [公元9年] Hisashi鹿岛 , 小山聪 , 山下义弘 , Koji Tsuda公司 :
笛卡尔核:配对核的有效替代。 IEICE传输。 信息系统。 93天 ( 10 ) : 2672-2679 ( 2010 )
2000 – 2009
2009 [j8] 山下义弘 , Masahiro Hattori公司 , Masaaki Kotera公司 , Susumu Goto公司 , Minoru Kanehisa公司 :
酶:根据底物-产物对的化学转化模式预测潜在EC数。 生物信息。 25 ( 12 ) ( 2009 ) [j7] 凯文·布莱克利 , 山下义弘 :
使用二部局部模型对药物-靶点相互作用进行监督预测。 生物信息。 25 ( 18 ) : 2397-2403 ( 2009 ) [j6] Hisashi鹿岛 , 山下义弘 , 加藤俊史(Tsuyoshi Kato) , 杉山正树 , Koji Tsuda公司 :
从全基因组数据和进化信息同时推断多个物种的生物网络:一种半监督方法。 生物信息。 25 ( 22 ) : 2962-2968 ( 2009 ) 【c9】 Hisashi鹿岛 , 小山佐治(Satoshi Oyama) , 山下义弘 , Koji Tsuda公司 :
关于成对核:一种有效的替代和推广分析。 PAKDD公司 2009 : 1030-1037 【c8】 Hisashi鹿岛 , 加藤俊史(Tsuyoshi Kato) , 山下义弘 , 杉山正树 , Koji Tsuda公司 :
链路传播:用于链路预测的快速半监督学习算法。 传感和诊断模块 2009 : 1100-1111 2008 [j5] Minoru Kanehisa公司 , 荒木敏弘 , Susumu Goto公司 , Masahiro Hattori公司 , 米卡·平川 , 伊藤正美 , 片山俊一 , 川岛水一 , 大田修二郎 , Toshiaki Tokimatsu公司 , 山下义弘 :
KEGG将基因组与生命和环境联系起来。 核酸研究。 36 ( 发布数据库 ) : 480-484 ( 2008 ) 【c7】 山下义弘 , 荒木敏弘 , 亚历克斯·古特里奇 , 本田Wataru , Minoru Kanehisa公司 :
从化学空间和基因组空间的整合预测药物靶点相互作用网络。 ISMB公司 2008 : 232-240 【c6】 山下义弘 :
监督二部图推理。 NIPS公司 2008 : 1841-1848 2007 【j4】 山下义弘 , 弗朗西斯·巴赫 , 垂直Jean-Philippe :
用树核进行聚糖分类。 生物信息。 23 ( 10 ) : 1211-1216 ( 2007 ) 【c5】 佐藤忠雄 , 山下义弘 , Katsuhisa Horimoto公司 , Minoru Kanehisa公司 , Hiroyuki Toh先生 :
利用协同进化信息推断蛋白质相互作用。 AB公司 2007 : 322-333 2006 [j3] 佐藤忠雄 , 山下义弘 , Katsuhisa Horimoto公司 , Minoru Kanehisa公司 , Hiroyuki Toh先生 :
距离矩阵之间的偏相关系数作为蛋白质相互作用的新指标。 生物信息。 22 ( 20 ) : 2488-2492 ( 2006 ) 2005 [注2] 佐藤忠雄 , 山下义弘 , Minoru Kanehisa公司 , Hiroyuki Toh先生 :
通过排除系统发育关系的信息,改进了协同进化分析对蛋白质相互作用的推断。 生物信息。 21 ( 17 ) : 3482-3489 ( 2005 ) [j1] 山下义弘 , 田中裕隆 :
功能主成分分析中的灵敏度分析。 计算。 斯达。 20 ( 2 ) : 311-326 ( 2005 ) 【c4】 山下义弘 , 垂直Jean-Philippe , Minoru Kanehisa公司 :
从基因组数据和化学信息的整合中监督酶网络推断。 ISMB(生物信息学补充) 2005 : 468-477 2004 【c3】 山下义弘 , 垂直Jean-Philippe , Minoru Kanehisa公司 :
从多基因组数据推断蛋白质网络:一种有监督的方法。 ISMB/ECCB(生物信息学补充) 2004 : 363-370 【c2】 垂直Jean-Philippe , 山下义弘 :
监督图推理。 NIPS公司 2004 : 1433-1440 2003 【c1】 山下义弘 , 垂直Jean-Philippe , 中谷明弘 , Minoru Kanehisa公司 :
通过广义核典型相关分析从多基因组数据中提取相关基因簇。 ISMB(生物信息学补充) 2003 : 323-330
合著者索引
![](https://dblp.uni-trier.de/img/cog.dark.24x24.png)