清崎浅井
人员信息
优化列表
2020年–今天
2022 [公元62年] Masaki Tagashira先生 , 清崎浅井 :
ConsAlifold:考虑RNA结构比对可以提高RNA一致性二级结构的预测准确性。 生物信息。 38 ( 三 ) : 710-719 ( 2022 ) 2021 [公元61年] 小野幸吉 , 清崎浅井 , 滨田美治 :
PBSIM2:一个具有新颖的质量分数生成模型的长读序列器模拟器。 生物信息。 37 ( 5 ) : 589-595 ( 2021 ) 2020 [j60] Hiroki Takizawa公司 , 岩崎骏一 , 戈罗·特莱 , 清崎浅井 :
用任意能量模型寻找直接最优的RNA屏障能量并改进路径。 生物信息。 36 ( 补遗-1 ) : i227-第235页 ( 2020 ) [公元59年] Hiroki Takizawa公司 , 岩崎骏一 , 清崎浅井 :
RintC:使用扩展的logsumexp快速准确地分解RNA二级结构的分布。 BMC生物信息。 21 ( 1 ) : 210 ( 2020 )
2010 – 2019
2019 [约58] 西田新培 , 顺樱 , 清崎浅井 , 滨田美治 :
使用实验和计算数据估算RNA二级结构预测的能量参数。 IEEE ACM传输。 计算。 生物信息。 16 ( 5 ) : 1645-1655 ( 2019 ) 【r1】 岩崎骏一 , 清崎浅井 :
RNA结构预测。 生物信息学和计算生物学百科全书(2) 2019 : 575-584 2018 [公元57年] 阿尼什·曼辛格·什雷斯塔 , 奈木吉川 , 清崎浅井 :
将概率对齐与读对信息相结合可以提高拆分对齐的准确性。 生物信息。 34 ( 21 ) : 3631-3637 ( 2018 ) [公元56年] 太极馆 , 顺樱 , 岩崎骏一 , 森良田 , 清崎浅井 :
通过分解碱基点燃概率捕获RNA的替代二级结构。 BMC生物信息。 19-S型 ( 1 ) : 85-95 ( 2018 ) 【c21】 盛田喜昭 , Nuttapong Attrapadung公司 , Satsuya Ohata公司 , Koji Nuida公司 , 山田秀塔 , 神奈清水 , 花冈一郎 , 清崎浅井 :
保密奇偶检验的安全划分协议及其应用。 国际标准行业协会 2018 : 530-534 2017 [公元55年] 滨田美治 , 小野幸吉 , 浅井清吉 , 马丁·弗里斯 :
使用LAST-TRAIN训练任意序列器的对齐参数。 生物信息。 33 ( 6 ) : 926-928 ( 2017 ) [约54] 戈罗·特莱 , 佐佐希·卡梅盖(Satoshi Kamegai) , 田田昭仁 , 清崎浅井 :
编码同一蛋白质的多个基因的进化设计。 生物信息。 33 ( 11 ) : 1613-1620 ( 2017 ) 2016 [公元53年] 戈罗·特莱 , 佐佐希·卡梅盖(Satoshi Kamegai) , 清崎浅井 :
CDSfold:一种设计具有最稳定二级结构的蛋白质编码序列的算法。 生物信息。 32 ( 6 ) : 828-834 ( 2016 ) [公元52年] 戈罗·特莱 , 岩崎骏一 , Tomoshi Kameda先生 , 滨田美治 , 清崎浅井 :
人类转录组中lncRNA-RNA相互作用的综合预测。 BMC基因组。 17 ( S-1号机组 ) : 12 ( 2016 ) [公元51年] 滨田美治 , 小野幸吉 , 希萨诺里·基尔尤 , 佐藤贤吾 , 加藤由纪 , 福田重男(Tsukasa Fukunaga) , 森良田 , 清崎浅井 :
Rtools:对单个RNA序列进行各种二级结构分析的网络服务器。 核酸研究。 44 ( Web服务器问题 ) : W302-W307型 ( 2016 ) 2015 [约50] 高弘筑井 , 长野野佐美 , Myco Umemura公司 , 熊谷俊中(Toshitaka Kumagai) , 戈罗·特莱 , 町田正之 , 清崎浅井 :
Ustiloxins,真菌环状肽,是在 稻曲病 . 生物信息。 31 ( 7 ) : 981-985 ( 2015 ) [公元49年] 滨田美治 , 小野幸吉 , 藤木隆平 , 清崎浅井 :
使用因子化信息标准学习染色质状态。 生物信息。 31 ( 15 ) : 2426-2433 ( 2015 ) [公元48年] 神奈清水 , Koji Nuida公司 , Hiromi Arai公司 , 三井重雄 , Nuttapong Attrapadung公司 , 滨田美治 , Koji Tsuda公司 , Hirokawa高寿 , Jun Sakuma(佐久间俊) , 花冈一郎 , 清崎浅井 :
化学化合物数据库的隐私保护搜索。 BMC生物信息。 16 ( 第18节 ) : S6系列 ( 2015 ) [j47] Haruka Yonemoto公司 , 清崎浅井 , 滨田美昭 :
RNA二级结构预测的半监督学习方法。 计算。 生物化学。 57 : 72-79 ( 2015 ) [公元46年] 涉谷铁雄 , 川仪汤 , 保罗·霍顿 , 清崎浅井 :
第25届国际基因组信息学会议客座编辑(GIW/ISCB-Asia 2014)。 IEEE ACM传输。 计算。 生物信息。 12 ( 4 ) : 761-762 ( 2015 ) 2014 [j45] 爱德华·维贾亚 , 神奈清水 , 清崎浅井 , 滨田美治 :
重排断点读取的无引用预测。 生物信息。 30 ( 18 ) : 2559-2567 ( 2014 ) [公元44年] 涉谷铁雄 , 川仪汤 , 保罗·霍顿 , 清崎浅井 :
编辑。 J.生物信息。 计算。 生物。 12 ( 6 ) ( 2014 ) [公元43年] 山崎佐治 , Hirokawa高寿 , 清崎浅井 , 福井和彦 :
基于二级结构和片段的方法预测RNA-RNA复合物的三级结构。 化学杂志。 信息模型。 54 ( 2 ) : 672-682 ( 2014 ) 2013 [公元42年] 小野幸吉 , 清崎浅井 , 滨田美治 :
PBSIM:PacBio读取模拟器-实现精确的基因组组装。 生物信息。 29 ( 1 ) : 119-121 ( 2013 ) [公元41年] 岩崎骏一 , Tomoshi Kameda先生 , 清崎浅井 , 滨田美治 :
蛋白质-RNA相互作用中RNA分子的碱基点燃概率分析。 生物信息。 29 ( 20 ) : 2524-2528 ( 2013 ) [i2] 滨田美治 , 希萨诺里·基尔尤 , 岩崎和太郎 , 清崎浅井 :
生物信息学中的广义质心估计。 CoRR公司 abs/1305.4339 ( 2013 ) 2012 [j40] 雷蒙德·万 , Vo Ngoc Anh公司 , 清崎浅井 :
下一代测序数据的FASTQ质量分数压缩转换。 生物信息。 28 ( 5 ) : 628-635 ( 2012 ) [j39] 希萨诺里·基尔尤 , 清崎浅井 :
Rchange:计算RNA二级结构对碱基突变的能量变化的算法。 生物信息。 28 ( 8 ) : 1093-1101 ( 2012 ) [公元38年] 佐藤贤吾 , 加藤由纪 , 阿克苏Tatsuya Akutsu , 清崎浅井 , 坂原靖(Yasubumi Sakakibara) :
DAFS:通过双重分解同时对齐和折叠RNA序列。 生物信息。 28 ( 24 ) : 3218-3224 ( 2012 ) [公元37年] 滨田美昭 , 清崎浅井 :
从最大化预期准确度(MEA)的角度对生物信息学算法进行分类。 J.计算。 生物。 19 ( 5 ) : 532-549 ( 2012 ) [公元36年] 爱德华·维贾亚 , 马丁·弗里斯 , 清崎浅井 , 保罗·霍顿 :
RecountDB:映射和计数校正转录序列的数据库。 核酸研究。 40 ( 发布数据库 ) : 1089-1092 ( 2012 ) [j35] 加藤由纪 , 佐藤研吾 , 清崎浅井 , 阿克苏Tatsuya Akutsu :
提示:使用整数编程进行RNA 2D结构预测的快速准确工具。 核酸研究。 40 ( Web服务器发布 ) : 29-34 ( 2012 ) 2011 [公元34年] 佐藤贤吾 , 加藤由纪 , 滨田美昭 , 阿克苏Tatsuya Akutsu , 清崎浅井 :
IPknot:使用整数编程快速准确地预测带有伪结的RNA二级结构。 生物信息。 27 ( 13 ) : 85-93 ( 2011 ) [公元33年] 希萨诺里·基尔尤 , 戈罗·特莱 , Osamu Imamura村 , Hiroyuki Yoneyama公司 , 志·铃木 , 浅井清吉 :
详细调查siRNAs和miRNAs目标位点周围的可及性。 生物信息。 27 ( 13 ) : 1788-1797 ( 2011 ) [公元32年] 滨田美治 , 爱德华·维贾亚 , 马丁·弗里斯 , 清崎浅井 :
与质量分数的概率比对:应用于精确SNP/indel检测的短程映射。 生物信息。 27 ( 22 ) : 3085-3092 ( 2011 ) [公元31年] 滨田美治 , 佐藤贤吾 , 清崎浅井 :
提高预测对齐RNA序列二级结构的准确性。 核酸研究。 39 ( 2 ) : 393-402 ( 2011 ) 【j30】 滨田美治 , 山田光一郎 , 佐藤贤吾 , 马丁·弗里斯 , 清崎浅井 :
CentroidHomfold-LAST:使用自动收集的同源序列准确预测RNA二级结构。 核酸研究。 39 ( Web服务器发布 ) : 100-106 ( 2011 ) 2010 [公元29年] 加藤由纪 , 佐藤研吾 , 滨田美治 , 渡边吉喜 , 清崎浅井 , 阿克苏Tatsuya Akutsu :
RactIP:使用整数编程快速准确预测RNA-RNA相互作用。 生物信息。 26 ( 18 ) ( 2010 ) [公元28年] 片山俊一(Toshiaki Katayama) , 荒川县(Kazuharu Arakawa) , 中尾三郎 , 小野庆一郎 , 清子F.Aoki-Kinoshita , 山本雅素 , 山口敦子 , 水池川岛 , 洪宇春 , 詹·埃尔茨 , 布鲁诺·阿兰达 , H.Barboza勋爵 , 拉乌尔·让·皮埃尔·博纳尔 , 理查德·布鲁斯基(Richard M.Bruskiewich) , 简·克里斯蒂安·布莱恩 , 何塞·玛丽亚·费尔南德斯 , 阿基拉·福纳哈西 , 保罗·M·K·戈登 , Naohisa Goto先生 , 安德烈亚斯·格罗斯克思 , 亚历克斯·古特里奇 , 理查德·霍兰德 , 卡诺吉野 , 爱德华·卡瓦斯 , 阿诺德·科霍努 , 埃里·基布卡瓦 , 阿基拉·R·金珠 , 迈克尔库恩 , 希尔马尔·拉普 , 海基·莱瓦·斯莱霍 , 中村弘之 , 中村靖国 , 西泽达也 , Chikashi Nobata公司 , 野口达胜 , 托马斯·奥因 , 冈本信步 , 斯图亚特·欧文 , 埃文格洛斯·帕菲利斯 , 马修·波科克 , Pjotr普林斯 , 勒内·兰辛格 , 弗洛里安·赖辛格 , 卢卡斯·萨文斯基 , 马克·施赖伯 , 马丁·森格 , Yasumasa Shigemoto公司 , 达伦·斯坦德利 , 苏加瓦拉(Hideaki Sugawara) , Toshiyuki Tashiro先生 , 奥斯瓦尔多·特雷尔斯 , 罗格斯A.沃斯 , 马克·威尔金森 , 威廉·约克 , 克里斯蒂安·马塞克 , 清崎浅井 , Toshihisa Takagi先生 :
DBCLS生物黑客马拉松:生物信息学web服务和工作流的标准化和互操作性。 J.生物识别。 塞芒。 1 : 8 ( 2010 ) [公元27年] 滨田美治 , 佐藤贤吾 , 浅井清吉 :
通过最大化伪预期准确性预测RNA二级结构。 BMC生物信息。 11 : 586 ( 2010 ) [公元26年] 佐藤贤吾 , 滨田美治 , Toutai Mituyama公司 , 清崎浅井 , 坂原靖(Yasubumi Sakakibara) :
预测RNA二级结构的非参数贝叶斯方法。 J.生物信息。 计算。 生物。 8 ( 4 ) : 727-742 ( 2010 ) [公元25年] 加藤俊史(Tsuyoshi Kato) , Hisashi鹿岛 , 杉山正树 , 清崎浅井 :
用于多任务学习的圆锥规划。 IEEE传输。 知识。 数据工程。 22 ( 7 ) : 957-968 ( 2010 ) [公元20年] 爱德华·维贾亚 , 让-弗朗索瓦·佩西奥特 , 马丁·弗里斯 , 藤崎和太郎 , 清崎浅井 , 保罗·霍顿 :
寻找真实读数:下一代测序数据选择的分类方法。 BIBM研讨会 2010 : 561-566 [第19条] 雷蒙德·万 , 清崎浅井 :
对下一代测序数据进行排序可提高压缩效率。 BIBM研讨会 2010 : 567-572
2000 – 2009
2009 [公元24年] 滨田美治 , 希萨诺里·基尔尤 , 佐藤贤吾 , Toutai Mituyama公司 , 清崎浅井 :
使用广义质心估计量预测RNA二级结构。 生物信息。 25 ( 4 ) : 465-473 ( 2009 ) [公元23年] 滨田美治 , 佐藤贤吾 , 希萨诺里·基尔尤 , Toutai Mituyama公司 , 清崎浅井 :
通过结合同源序列信息预测RNA二级结构。 生物信息。 25 ( 12 ) ( 2009 ) [j22] 雅硕塔北 , 清崎浅井 :
一种检测非编码RNA序列的局部多重比对方法。 生物信息。 25 ( 12 ) : 1498-1505 ( 2009 ) [公元21年] 滨田美治 , 佐藤贤吾 , 希萨诺里·基尤 , Toutai Mituyama公司 , 清崎浅井 :
CentroidAlign:通过最大化预期的对合分数,快速准确地对结构化RNA进行比对。 生物信息。 25 ( 24 ) : 3236-3243 ( 2009 ) [公元20年] Toutai Mituyama公司 , 山田口一郎 , 埃米·哈特里 , Hiroaki Okida公司 , 小野幸吉 , 戈罗·特莱 , 阿亚·吉泽昭(Aya Yoshizawa) , 小森隆志 , 清崎浅井 :
功能RNA数据库3.0:支持功能RNA挖掘和注释的数据库。 核酸研究。 37 ( 发布数据库 ) : 89-92 ( 2009 ) [公元19年] 佐藤贤吾 , 滨田美治 , 清崎浅井 , Toutai Mituyama公司 :
CENTROIDFOLD:用于RNA二级结构预测的web服务器。 核酸研究。 37 ( Web服务器发布 ) : 277-280 ( 2009 ) [第18条] 佐藤贤吾 , 滨田美治 , Toutai Mituyama公司 , 清崎浅井 , 坂原靖(Yasubumi Sakakibara) :
一种预测RNA二级结构的非参数贝叶斯方法。 WABI公司 2009 : 286-297 2008 [公元18年] 希萨诺里·基尔尤 , 大信健 , 清崎浅井 :
Rfold:用于计算局部碱基配对概率的精确算法。 生物信息。 24 ( 三 ) : 367-373 ( 2008 ) [公元17年] 佐藤研吾 , Toutai Mituyama公司 , 清崎浅井 , 坂原靖(Yasubumi Sakakibara) :
用于结构RNA分析的有向非循环图核。 BMC生物信息。 9 ( 2008 ) [公元16年] 雅硕塔北 , 希萨诺里·基尔尤 , 大信健 , 清崎浅井 :
一种用于长RNA序列的快速结构多重比对方法。 BMC生物信息。 9 ( 2008 ) [公元15年] 清崎浅井 , 希萨诺里·基尔尤 , 滨田美治 , 雅硕塔北 , 佐藤贤吾 , 松井浩史 , 酒原康布 , 戈罗·特莱 , Toutai Mituyama公司 :
org:用于RNA序列分析的网络服务器。 核酸研究。 36 ( Web服务器发布 ) : 75-78 ( 2008 ) 2007 [公元14年] 希萨诺里·基尔尤 , 大信健 , 清崎浅井 :
使用平均基对概率矩阵对一致二级结构进行稳健预测。 生物信息。 23 ( 4 ) : 434-441 ( 2007 ) [j13] 希萨诺里·基尔尤 , 雅硕塔北 , 大信健 , 清崎浅井 :
Murlet:一种实用的结构RNA序列多重比对工具。 生物信息。 23 ( 13 ) : 1588-1598 ( 2007 ) [j12] 酒原康布 , 克里斯·波潘多夫 , 小川娜娜 , 清崎浅井 , 佐藤贤吾 :
用于RNA序列分析的茎核。 J.生物信息。 计算。 生物。 5 ( 5 ) : 1103-1122 ( 2007 ) [公元11年] 大信健 , 山田口一郎 , 寺井五郎 , Hiroaki Okida公司 , 吉井康彦 , 小野幸吉 , 小岛雅彦 , 木村由纪夫 , 小森隆志 , 清崎浅井 :
fRNAdb:从非编码RNA序列中挖掘/注释功能RNA候选的平台。 核酸研究。 35 ( 发布数据库 ) : 145-148 ( 2007 ) [第17条] 冈田健也 , 清崎浅井 , Masanori Arita公司 :
寻找可信相互作用的蛋白质相互作用网络流模型。 APBC公司 2007 : 317-326 [第16条] 坂原靖(Yasubumi Sakakibara) , 清崎浅井 , 佐藤贤吾 :
用于RNA序列分析的茎核。 鸟 2007 : 278-291 [第15条] 加藤俊史(Tsuyoshi Kato) , Hisashi鹿岛 , 杉山正树 , 浅井清吉 :
通过圆锥编程实现多任务学习。 NIPS公司 2007 : 737-744 2006 [公元10年] 田北康夫 , Koji Tsuda公司 , 大信健 , 清崎浅井 :
SCARNA:通过匹配固定长度的茎片段,快速准确地对RNA序列进行结构比对。 生物信息。 22 ( 14 ) : 1723-1729 ( 2006 ) [公元9年] 滨田美治 , Koji Tsuda公司 , Taku Kudo公司 , 大信健 , 清崎浅井 :
从未对齐的RNA序列中挖掘频繁的茎模式。 生物信息。 22 ( 20 ) : 2480-2487 ( 2006 ) [j8] 加藤俊史(Tsuyoshi Kato) , 村田由纪夫 , Koh Miura公司 , 清崎浅井 , 保罗·霍顿 , Koji Tsuda公司 , 藤崎和太郎 :
基于网络的去噪改进了微阵列数据的预测。 BMC生物信息。 7 ( S-1号机组 ) ( 2006 ) 2005 [j7] 希萨诺里·基尔尤 , 大岛Taku Oshima , 清崎浅井 :
从微阵列数据中提取启动子序列及其强度之间的关系。 生物信息。 21 ( 7 ) : 1062-1068 ( 2005 ) [j6] 冈田健也 , Shigehiko Kanaya先生 , 清崎浅井 :
基于共同作用伙伴和共同结构域准确提取蛋白质之间的功能关联。 生物信息。 21 ( 9 ) : 2043-2048 ( 2005 ) [j5] 加藤俊史(Tsuyoshi Kato) , Koji Tsuda公司 , 清崎浅井 :
用于监督网络推理的多个生物数据的选择性集成。 生物信息。 21 ( 10 ) : 2488-2495 ( 2005 ) 2004 【j4】 Koji Tsuda公司 , Shinsuke Uda公司 , 大信健 , 清崎浅井 :
混合异质生物数据核矩阵的交叉验证误差最小化。 神经过程。 莱特。 19 ( 1 ) : 63-72 ( 2004 ) [第14条] 加藤聪 , Koji Tsuda公司 , 肯塔罗·托米 , 清崎浅井 :
刚体对准的新变分框架。 SSPR/SPR公司 2004 : 171-179 2003 [j3] Koji Tsuda公司 , Shotaro Akaho公司 , 清崎浅井 :
带辅助数据的核矩阵补全的em算法。 J.马赫。 学习。 物件。 4 : 67-81 ( 2003 ) [第13条] Shusuke Saeki先生 , 清崎浅井 , Katsutoshi高桥 , 上野裕隆(Yutaka Ueno) , Katsunori Isono公司 , Hitoshi Iba先生 :
基于遗传算法的单粒子分析欧拉角推断。 GECCO公司 2003 : 2288-2300 2002 [第12条] Arita正诺丽 , Koji Tsuda公司 , 清崎浅井 :
利用两两相关性对剪接位点进行建模。 出口控制委员会 2002 : 27-34 [第11条] 津田晃二 , 大信健 , 清崎浅井 :
生物序列的边缘化核。 ISMB公司 2002 : 268-275 [i1] Koji Tsuda公司 , Shotaro Akaho公司 , 清崎浅井 :
用em算法逼近不完备核矩阵。 CoRR公司 反恐精英。 LG/0211007 ( 2002 ) 2000 [第10条] Masanori Arita公司 , 清崎浅井 , 西冈高崎 :
用新的酶分类法重建代谢途径。 德国生物信息学会议 2000 : 99-106
1990 – 1999
1998 [注2] Tetsushi Yada公司 , Totoki靖国 , 石川正人 , 清崎浅井 , 肯塔·纳凯 :
从许多DNA序列中自动提取隐马尔可夫模型中表示的基序。 生物信息。 14 ( 4 ) : 317-325 ( 1998 ) 1997 【c9】 上野裕中 , 清崎浅井 :
一种应用于便携式分子结构浏览器的新型插件软件体系结构。 ISMB公司 1997 : 329-332 1994 【c8】 Masayuki Akahoshi公司 , 肯塔罗·奥尼祖卡 , 石川正人 , 清崎浅井 :
蛋白质折叠模拟的三维动画系统。 HICSS(5) 1994 : 173-182 【c7】 肯塔罗·奥尼祖卡 , 津田浩史 , 石川正人 , 阿基拉·艾巴 , 清崎浅井 , 伊藤加图 :
基于多层次描述的蛋白质结构预测。 HICSS(5) 1994 : 355-364 【c6】 肯塔罗·奥尼祖卡 , Masayuki Akahoshi公司 , 石川正人 , 清崎浅井 :
反向蛋白质折叠蛋白的多尺度3D-1D相容性评分。 ISMB公司 1994 : 314-321 1993 [j1] 清崎浅井 , 佐托鲁·哈亚米祖 , Ken’ichi Handa公司 :
隐马尔可夫模型预测蛋白质二级结构。 计算。 申请。 Biosci公司。 9 ( 2 ) : 141-146 ( 1993 ) 【c5】 肯塔罗·奥尼祖卡 , 斯蒂芬·T·C·王 , 石川正人 , 清崎浅井 :
蛋白质构象的多层次描述方案。 ISMB公司 1993 : 301-309 [c4] 田中英寿 , 石川正人 , 浅井清吉 , 小奈明彦(Akihiko Konagaya) :
隐马尔可夫模型和迭代对齐器:它们的等价性和可能性研究。 ISMB公司 1993 : 395-401 1992 【c3】 清崎浅井 , 佐托鲁·哈亚米祖 , Ken’ichi Handa公司 :
语音识别中HMM和线性插值的分布划分。 ICASSP公司 1992 : 29-32 1990 【c2】 清崎浅井 , Shigeru千叶 :
使用加权距离度量的语音-发票分类。 ICSLP公司 1990 : 205-208 【c1】 Shigeru千叶 , 清崎浅井 :
一种利用神经网络进行辅音检测和分类的新方法。 ICSLP公司 1990 : 1065-1068