菲利普·巴克尔
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2020年–今天
2021 [公元51年] 雷内·德雷奥斯 , 安娜·斯劳特斯金 , 纳蒂·马拉奇 , 戴安娜·艾德斯 , 菲利普·巴克尔 , 塔马尔·尤文·格尔森 :
人类核心启动子中首选下游位置的计算识别和实验表征。 公共科学图书馆计算。 生物。 17 ( 8 ) ( 2021 ) 2020 [约50] 帕特里克·梅兰 , 雷内·德雷奥斯 , 乔瓦娜·安布罗西尼 , 罗曼·格鲁 , 菲利普·巴克尔 :
2020年EPD:增强数据可视化并扩展到ncRNA启动子。 核酸研究。 48 ( 发布数据库 ) : D65-D69型 ( 2020 )
2010 – 2019
2019 [公元49年] 罗曼·格鲁 , 菲利普·巴克尔 :
SPar-K:一种划分NGS信号数据的方法。 生物信息。 35 ( 21 ) : 4440-4441 ( 2019 ) 2018 [公元48年] 乔瓦娜·安布罗西尼 , 罗曼·格鲁 , 菲利普·巴克尔 :
PWMScan:一种快速工具,用于扫描具有特定位置权重矩阵的整个基因组。 生物信息。 34 ( 14 ) : 2483-2484 ( 2018 ) [公元47年] 雷内·德雷奥斯 , 乔瓦娜·安布罗西尼 , 罗曼·格鲁 , 鲁阿伊达·卡文·佩里尔 , 菲利普·巴克尔 :
MGA存储库:ChIP-seq和其他基因组注释数据的精选数据资源。 核酸研究。 46 ( 发布数据库 ) : D175-D180型 ( 2018 ) 2017 [公元46年] 苏尼尔·库马尔 , 乔瓦娜·安布罗西尼 , 菲利普·巴克尔 :
SNP2TFBS-影响预测转录因子结合位点亲和力的调节性SNP数据库。 核酸研究。 45 ( 发布数据库 ) : D139至D144 ( 2017 ) [j45] 雷内·德雷奥斯 , 乔瓦娜·安布罗西尼 , 罗曼·格鲁 , 鲁阿伊达·卡文·佩里尔 , 菲利普·巴克尔 :
真核生物启动子数据库30年:关注非脊椎动物生物。 核酸研究。 45 ( 发布数据库 ) : D51-D55型 ( 2017 ) 2016 [公元44年] 苏尼尔·库马尔 , 菲利普·巴克尔 :
利用DNA序列内在和细胞类型特异性染色质特征预测转录因子位点占有率。 BMC生物信息。 17 ( S-1号机组 ) : 4 ( 2016 ) [公元43年] Nishanth Ulhas Nair公司 , 劳拉亨特 , 邵明福 , 保丽娜·格纳洛娃 , 于林 , 菲利普·巴克尔 , 伯纳德·莫雷特 :
通过提升构建细胞型树的最大似然方法。 BMC基因组。 17 ( S-1号机组 ) : 14 ( 2016 ) [公元42年] 雷内·德雷奥斯 , 乔瓦娜·安布罗西尼 , 菲利普·巴克尔 :
旋转核小体定位对动物启动子转录起始位点选择的影响。 公共科学图书馆计算。 生物。 12 ( 10 ) ( 2016 ) 2015 [公元41年] 勒内·德罗斯 , 乔万娜·安布罗西尼 , 鲁阿伊达·卡文·佩里尔 , 菲利普·巴克尔 :
真核启动子数据库:扩展EPD新的和新的启动子分析工具。 核酸研究。 43 ( 发布数据库 ) : 92-96 ( 2015 ) 2014 [j40] Nishanth Ulhas Nair公司 , 苏尼尔·库马尔 , 伯纳德·莫雷特 , 菲利普·巴克尔 :
在ChIP-Seq数据中发现重要模式的概率划分方法。 生物信息。 30 ( 17 ) : 2406-2413 ( 2014 ) [公元39年] Nishanth Ulhas Nair公司 , 于林 , 安娜·马纳索夫斯卡 , 杰琳娜·安提克 , 保丽娜·格纳洛娃 , 阿维纳什·达斯·萨胡 , 菲利普·巴克尔 , 伯纳德·莫雷特 :
利用组蛋白修饰数据通过系统发育分析研究细胞分化。 BMC生物信息。 15 : 269 ( 2014 ) [公元38年] 海因茨·斯托金格 , 阿德里安·奥尔登霍夫 , 康斯坦丁·阿诺德 , 阿莫斯·拜洛赫 , 弗雷德里克·巴斯蒂安 , 斯文·伯格曼 , 莱迪·布格勒特 , 菲利普·巴克尔 , 毛罗·德罗伦齐 , 莱迪巷 , 菲利普·勒梅西耶 , 里萨切克(Frédérique Lisacek) , 奥利维尔·米奇林 , 帕特里夏·M·帕拉吉 , 雅克·罗杰蒙特 , 托尔斯滕·施韦德 , 克里斯蒂安·冯·梅林 , 埃里克·范·尼姆维根 , 丹尼尔·沃尔特 , Ioannis Xenarios公司 , 米哈拉·扎沃兰 , 叶夫根尼·兹多布诺夫 , 文森特·佐特 , 罗恩·阿佩尔 :
15年的SIB瑞士生物信息学研究所:生命科学数据库、工具和支持。 核酸研究。 42 ( Web服务器问题 ) : 436-441 ( 2014 ) 【c8】 乔万娜·安布罗西尼 , 雷内·德雷奥斯 , 菲利普·巴克尔 :
ChIP-seq数据分析原理举例说明。 IWBBIO公司 2014 : 682-694 【c7】 雷内·德雷奥斯 , 乔瓦娜·安布罗西尼 , 菲利普·巴克尔 :
转录因子结合和核小体定位是真核生物启动子转录起始位点选择的替代途径。 IWBBIO公司 2014 : 695-706 2013 [公元37年] 斯拉维卡·迪米特里耶娃 , 菲利普·巴克尔 :
UCNEbase-超保守非编码元件和基因组调控块的数据库。 核酸研究。 41 ( 发布数据库 ) : 101-109 ( 2013 ) [公元36年] 雷内·德雷奥斯 , 乔瓦娜·安布罗西尼 , 鲁阿伊达·卡文·佩里尔 , 菲利普·巴克尔 :
EPD和EPD新一代测序时代的优质启动子资源。 核酸研究。 41 ( 发布数据库 ) : 157-164 ( 2013 ) 【c6】 Nishanth Ulhas Nair公司 , 于林 , 菲利普·巴克尔 , 伯纳德·莫雷特 :
利用组蛋白修饰进行细胞类型的系统发育分析。 WABI公司 2013 : 326-337 2012 [j35] 斯拉维卡·迪米特里耶娃 , 菲利普·巴克尔 :
基因组背景分析揭示了脊椎动物超保守非编码元件之间紧密的相互作用网络。 生物信息。 28 ( 18 ) : 395-401 ( 2012 ) [j34] 斯拉维卡·迪米特里耶娃 , 菲利普·巴克尔 :
稀疏RNA折叠算法的实用性和时间复杂性。 J.生物信息。 计算。 生物。 10 ( 2 ) ( 2012 ) 2011 [公元33年] 托马斯·克雷迪克 , 乔瓦娜·安布罗西尼 , 克里斯蒂安·伊塞利 , 菲利普·巴克尔 , 安东·麦卡弗里 :
ZFN位点在基因组中搜索锌指核酸酶靶位点和脱靶位点。 BMC生物信息。 12 : 152 ( 2011 )
2000 – 2009
2009 [公元32年] 薇薇安·普拉斯 , 菲利普·巴克尔 :
CleanEx:基于MeSH术语注释的新数据提取和合并工具。 核酸研究。 37 ( 发布数据库 ) : 880-884 ( 2009 ) 2007 [公元31年] 戴维德·兰巴迪 , 芭芭拉·菲利斯 , 薇薇安·普拉斯 , 菲利普·巴克尔 , 大卫·西塔罗 , 亚历山德罗·古凡提 :
拼接:一种基于网络的工具,用于从Affymetrix探测数据中预测可能的替代拼接事件。 BMC生物信息。 8 ( S-1号机组 ) ( 2007 ) 【j30】 克里斯托夫·施密德 , 蒂埃里·森斯塔格 , 菲利普·巴克尔 , 毛罗·德罗伦齐 :
MADAP是一种灵活的聚类工具,用于解释一维基因组注释数据。 核酸研究。 35 ( Web服务器发布 ) : 201-205 ( 2007 ) 2006 [公元29年] 克里斯托夫·施密德 , 鲁阿伊达·佩里尔 , 薇薇安·普拉斯 , 菲利普·巴克尔 :
EPD第二十年:实现选定模式生物的完整启动子覆盖。 核酸研究。 34 ( 发布数据库 ) : 82-85 ( 2006 ) [公元28年] 维迪亚·贾甘纳森 , 埃马纽埃勒·鲁莱特 , 毛罗·德罗伦齐 , 菲利普·巴克尔 :
HTPSELEX-转录因子结合位点的高通量SELEX库数据库。 核酸研究。 34 ( 发布数据库 ) : 90-94 ( 2006 ) [电子1] 菲利普·巴克尔 , 伯纳德·莫雷特 :
生物信息学中的算法,第六届国际研讨会,2006年WABI,瑞士苏黎世,2006年9月11-13日,会议记录。 计算机科学课堂讲稿 4175, 施普林格 2006 ,国际标准图书编号 3-540-39583-0 [目录] 2005 [公元27年] 弗洛伦斯·阿尔芒 , 菲利普·巴克尔 , C.维克托·琼内尔 , 爱德华·法默 :
用离心机快速选择性监测拟南芥基因组注释。 生物信息。 21 ( 12 ) : 2906-2908 ( 2005 ) [公元26年] 彼得·斯佩罗斯 , 克里斯托夫·施密德 , 菲利普·巴克尔 , 奥拉夫·齐利安 :
隐形蛋白质:在硅胶中鉴定一个新的蛋白质家族,使细菌病原菌对宿主免疫防御不可见。 公共科学图书馆计算。 生物。 1 ( 6 ) ( 2005 ) 2004 [公元25年] 克里斯托夫·施密德 , 薇薇安·普拉斯 , 毛罗·德罗伦齐 , 鲁阿伊达·佩里尔 , 菲利普·巴克尔 :
真核启动子数据库EPD:计算机引物扩展的影响。 核酸研究。 32 ( 发布数据库 ) : 82-85 ( 2004 ) [公元24年] 尼古拉斯·胡洛 , 克里斯蒂安·J·A·西格利斯特 , 弗吉尼亚勒索 , 佩特拉·S·朗根迪jk-Genevaux , 洛伦扎·博多利 , 亚历山大·盖蒂克 , 爱德华·德卡斯特罗 , 菲利普·巴克尔 , 阿莫斯·拜洛赫 :
PROSITE数据库的最新改进。 核酸研究。 32 ( 发布数据库 ) : 134-137 ( 2004 ) [公元23年] 彼得·斯佩瑞斯 , 克里斯蒂安·伊塞利 , 马尔科·帕格尼 , 布莱恩·史蒂文森 , 菲利普·巴克尔 , C.维克托·琼内尔 :
trome、trEST和trGEN:预测蛋白质序列的数据库。 核酸研究。 32 ( 发布数据库 ) : 509-511 ( 2004 ) [公元22年] 薇薇安·普拉斯 , 维迪亚·贾甘纳森 , 菲利普·巴克尔 :
CleanEx:一个基于一致基因命名法的异质基因表达数据数据库。 核酸研究。 32 ( 发布数据库 ) : 542-547 ( 2004 ) 2003 [公元21年] 尼古拉·穆德 , 罗尔夫·阿普韦勒 , 特丽·K·阿特伍德 , 阿莫斯·拜洛赫 , 丹尼尔·巴雷尔 , 亚历克斯·贝特曼 , 大卫·宾斯 , 玛格丽特·比斯沃斯 , 保罗布拉德利 , 而参与研究的伯克 , 菲利普·巴克尔 , 理查德·科普利 , 埃曼纽尔·库塞尔 , 乌杰瓦尔·达斯 , 德宾 , 劳伦特·福尔凯 , 沃尔夫冈·弗利什曼 , 萨姆·格里菲斯·琼斯 , 丹尼尔·哈夫特 , 尼古拉·哈特 , 尼古拉斯·胡洛 , 丹尼尔·卡恩 , 亚历山大·卡纳平 , 玛丽亚·克雷斯塔尼诺娃 , 罗德里格罗裴兹 , Ivica Letunic公司 , 大卫隆司戴尔 , 维尔·西尔文泰宁 , 桑德拉·E·果园 , 马尔科·帕格尼 , 大卫·佩鲁克 , 克里斯·蓬廷(Chris P.Ponting) , 杰里米·塞林古特 , 佛罗伦萨仆人 , 克里斯蒂安·J·A·西格利斯特 , 罗伯特·沃恩 , 叶夫根尼·兹多布诺夫 :
InterPro Database,2003带来了更多的覆盖面和新功能。 核酸研究。 31 ( 1 ) : 315-318 ( 2003 ) [公元20年] 乔瓦娜·安布罗西尼 , 薇薇安·普拉斯 , 维迪亚·贾甘纳森 , 菲利普·巴克尔 :
信号搜索分析服务器。 核酸研究。 31 ( 13 ) : 3618-3620 ( 2003 ) 【c5】 克劳迪奥·洛塔兹 , 克里斯蒂安·伊塞利 , C.维克托·琼内尔 , 菲利普·巴克尔 :
通过组合隐马尔可夫模型对排序错误进行建模。 出口控制委员会 2003 : 103-112 【c4】 奥拉·奥沙利文 , 马克·森德 , 德斯蒙德·希金斯 , 菲利普·巴克尔 , 奥雷连·格罗斯迪耶 , Cédric Notredame公司 :
APDB:一种新的无参考比对的基准序列比对方法。 ISMB(生物信息学补充) 2003 : 215-221 2002 [公元19年] 尼古拉·穆德 , 罗尔夫·阿普韦勒 , 特丽·K·阿特伍德 , 阿莫斯·拜洛赫 , 亚历克斯·贝特曼 , 大卫·宾斯 , 玛格丽特·比斯沃斯 , 保罗布拉德利 , 而参与研究的伯克 , 菲利普·巴克尔 , 理查德·科普利 , 埃曼纽尔·库塞尔 , 德宾 , 劳伦特·福尔凯 , 沃尔夫冈·弗利什曼 , 杰罗姆·古奇 , 萨姆·格里菲斯·琼斯 , 丹尼尔·哈夫特 , 亨宁·赫姆贾科布 , 尼古拉斯·胡洛 , 丹尼尔·卡恩 , 亚历山大·卡纳平 , 玛丽亚·克雷斯塔尼诺娃 , 罗德里格罗裴兹 , Ivica Letunic公司 , 苏·奥查德 , 马尔科·帕格尼 , 大卫·佩鲁克 , 克里斯·蓬廷(Chris P.Ponting) , 佛罗伦萨仆人 , 克里斯蒂安·J·A·西格利斯特 :
InterPro:蛋白质家族、结构域和功能位点的集成文档资源。 生物信息简报。 三 ( 三 ) : 225-235 ( 2002 ) [公元18年] 克里斯蒂安·J·A·西格利斯特 , 洛伦佐·塞鲁蒂 , 尼古拉斯·胡洛 , 亚历山大·盖蒂克 , 劳伦特·福尔凯 , 马尔科·帕格尼 , 阿莫斯·拜洛赫 , 菲利普·巴克尔 :
PROSITE:使用模式和配置文件作为主题描述符的文档化数据库。 生物信息简报。 三 ( 三 ) : 265-274 ( 2002 ) [公元17年] 劳伦特·福尔凯 , 马尔科·帕格尼 , 菲利普·巴克尔 , 尼古拉斯·胡洛 , 克里斯蒂安·J·A·西格利斯特 , 凯·霍夫曼 , 阿莫斯·拜洛赫 :
PROSITE数据库,2002年状况。 核酸研究。 30 ( 1 ) : 235-238 ( 2002 ) [公元16年] 薇薇安·普拉斯 , 鲁阿伊达·佩里尔 , 克劳德·博纳尔 , 菲利普·巴克尔 :
真核启动子数据库,EPD:新的条目类型和与基因表达数据的链接。 核酸研究。 30 ( 1 ) : 322-324 ( 2002 ) 2001 [j15] 托马斯·朱尼尔 , 马尔科·帕格尼 , 菲利普·巴克尔 :
mmsearch:一个主题排列语言和搜索程序。 生物信息。 17 ( 12 ) : 1234-1235 ( 2001 ) [公元14年] 罗尔夫·阿普韦勒 , 特丽·K·阿特伍德 , 阿莫斯·拜洛赫 , 亚历克斯·贝特曼 , 伊万·伯尼 , 玛格丽特·比斯沃斯 , 菲利普·巴克尔 , 洛伦佐·塞鲁蒂 , 弗洛伦斯·科佩 , 迈克尔·D·R·克罗宁 , 德宾 , 劳伦特·福尔凯 , 沃尔夫冈·弗利什曼 , 杰罗姆·古奇 , 亨宁·赫姆贾科布 , 尼古拉斯·胡洛 , 英格·乔纳森 , 丹尼尔·卡恩 , 亚历山大·卡纳平 , 尤拉·卡拉维多普鲁 , 罗德里格罗裴兹 , 击败马克思 , 尼古拉·穆德 , 托马斯·M·奥恩 , 马尔科·帕格尼 , 佛罗伦萨仆人 , 克里斯蒂安·J·A·西格利斯特 , 叶夫根尼·兹多布诺夫 :
InterPro数据库是蛋白质家族、域和功能位点的集成文档资源。 核酸研究。 29 ( 1 ) : 37-40 ( 2001 ) [j13] 马尔科·帕格尼 , 克里斯蒂安·伊塞利 , 托马斯·朱尼尔 , 劳伦特·福尔凯 , C.维克托·琼内尔 , 菲利普·巴克尔 :
trEST、trGEN和Hits:访问预测蛋白质序列的数据库。 核酸研究。 29 ( 1 ) : 148-151 ( 2001 ) 2000 [公元12年] 罗尔夫·阿普韦勒 , 特丽·K·阿特伍德 , 阿莫斯·拜洛赫 , 亚历克斯·贝特曼 , 伊万·伯尼 , 玛格丽特·比斯沃斯 , 菲利普·巴克尔 , 洛伦佐·塞鲁蒂 , 弗洛伦斯·科佩 , 迈克尔·D·R·克罗宁 , 德宾 , 劳伦特·福尔凯 , 沃尔夫冈·弗利什曼 , 杰罗姆·古兹 , 亨宁·赫姆贾科布 , 尼古拉斯·胡洛 , 英格·乔纳森 , 丹尼尔·卡恩 , 亚历山大·卡纳平 , 尤拉·卡拉维多普鲁 , 罗德里格罗裴兹 , 击败马克思 , 尼古拉·穆德 , 托马斯·奥因 , 马尔科·帕格尼 , 佛罗伦萨仆人 , 克里斯蒂安·J·A·西格利斯特 , 叶夫根尼·兹多布诺夫 :
InterPro-蛋白质家族、域和功能位点的集成文档资源。 生物信息。 16 ( 12 ) : 1145-1150 ( 2000 ) [j11] 鲁阿伊达·卡文·佩里尔 , 薇薇安·普拉斯 , 托马斯·朱尼尔 , 克劳德·博纳尔 , 菲利普·巴克尔 :
真核启动子数据库(EPD)。 核酸研究。 28 ( 1 ) : 302-303 ( 2000 )
1990 – 1999
1999 [j10] 凯·霍夫曼 , 菲利普·巴克尔 , 劳伦特·福尔凯 , 阿莫斯·拜洛赫 :
PROSITE数据库,1999年的状况。 核酸研究。 27 ( 1 ) : 215-219 ( 1999 ) [公元9年] 鲁阿伊达·佩里尔 , 托马斯·朱尼尔 , 克劳德·博纳尔 , 菲利普·巴克尔 :
真核启动子数据库(EPD):最新发展。 核酸研究。 27 ( 1 ) : 307-309 ( 1999 ) 【c3】 克里斯蒂安·伊塞利 , C.维克托·琼内尔 , 菲利普·巴克尔 :
ESTScan:检测、评估和重建EST序列中潜在编码区域的程序。 ISMB公司 1999 : 138-148 1998 [j8] 托马斯·朱尼尔 , 菲利普·巴克尔 :
SEView:用于浏览分子序列数据的Java小程序。 硅生物。 1 ( 1 ) : 13-20 ( 1998 ) [j7] 埃马纽埃勒·鲁莱特 , 伊戈尔·菲什 , 托马斯·朱尼尔 , 菲利普·巴克尔 , 尼古拉斯·默莫德 :
评估用于预测基因组DNA上转录因子结合位点的计算机工具。 硅生物。 1 ( 1 ) : 21-28 ( 1998 ) [j6] 鲁阿伊达·佩里尔 , 托马斯·朱尼尔 , 菲利普·巴克尔 :
真核启动子数据库EPD。 核酸研究。 26 ( 1 ) : 353-357 ( 1998 ) 1997 [j5] 阿莫斯·拜洛赫 , 菲利普·巴克尔 , 凯·霍夫曼 :
PROSITE数据库,1997年的状态。 核酸研究。 25 ( 1 ) : 217-221 ( 1997 ) 1996 【j4】 菲利普·巴克尔 , 詹姆斯·菲科特 , 阿尔特米斯·G·哈齐格奥尔古 :
转录调控元件的计算分析:一个流动的领域。 计算。 申请。 Biosci公司。 12 ( 5 ) : 361-362 ( 1996 ) [j3] 菲利普·巴克尔 , 凯文·卡普拉斯 , 尼古拉斯·莫埃里 , 凯·霍夫曼 :
基于广义轮廓的柔性Motif搜索技术。 计算。 化学。 20 ( 1 ) : 3-23 ( 1996 ) [注2] 阿莫斯·拜洛赫 , 菲利普·巴克尔 , 凯·霍夫曼 :
PROSITE数据库,1995年的状态。 核酸研究。 24 ( 1 ) : 189-196 ( 1996 ) 【c2】 菲利普·巴克尔 , 凯·霍夫曼 :
基于对准评分系统概率解释的序列相似性搜索算法。 ISMB公司 1996 : 44-51 1994 [c1] 菲利普·巴克尔 , 阿莫斯·拜洛赫 :
生物分子序列基序的广义剖面句法及其在自动序列解释中的作用。 ISMB公司 1994 : 53-61
1980 – 1989
1984 [j1] 菲利普·巴克尔 , B.布莱恩 :
信号搜索分析:一种定位和表征具有重要功能的DNA序列的新方法。 核酸研究。 12 ( 1 ) : 287-305 ( 1984 )
合著者索引
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