史蒂芬·K·伯里
人员信息
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2020年–今天
2024 [公元23年] 大卫·S·古德塞尔 , 舒奇米塔·杜塔 , 布莱恩·哈德森 , 玛丽亚·沃伊格特 , 史蒂芬·K·伯里 , 克里斯汀·扎尔德基 :
用于推广和教育的生物结构折叠纸模型。 模式 5 ( 2 ) : 100931 ( 2024 ) 2023 [公元22年] 史蒂芬·K·伯里 , 查米·比卡迪亚 , 春晓碧 , 塞巴斯蒂安·比特里奇 , 亨利·赵 , 李晨 , 保罗·克雷格 , 格雷格·克莱克洛(Gregg V.Crichlow) , 肯尼思·戴伦伯格 , 何塞·M·杜阿尔特 , 舒奇米塔·杜塔 , 玛丽亚姆·法亚齐 , 祖康峰 , 贾斯汀·弗拉特 , 赛加尼桑 , 苏塔帕·戈什 , 大卫·S·古德塞尔 , 雷切尔·克莱默·格林 , 弗拉基米尔·古拉诺维奇 , 杰里米·亨利 , 布莱恩·哈德森 , 伊戈尔·科赫里亚科夫 , 凯瑟琳·劳森 , 梁玉禾 , 罗伯特·洛 , 以斯拉·佩萨 , 伊琳娜·佩西科娃 , 丹尼斯·W·皮尔 , 亚纳玫瑰 , 安德烈·萨利 , 琼·塞古拉 , 莫妮卡·塞哈兰 , 邵成华 , 布林达·瓦拉特 , 玛丽亚·沃伊格特 , 本·M·韦伯 , 约翰·韦斯特布鲁克 , 沙玛拉·惠斯通 , 茉莉花 , 亚瑟·O·扎列夫斯基 , 克里斯汀·扎尔德基 :
RCSB蛋白质数据库(RCSB.org):提供实验确定的PDB结构以及来自人工智能/机器学习的100万个蛋白质计算结构模型。 核酸研究。 51 ( 第1页 ) : 488-508 ( 2023 ) 2022 [公元21年] 瓦莱里·德·克莱西·拉加德(Valérie de Crécy-Lagard) , 罗西奥·阿莫林·德·赫格杜斯(Rocio Amorin de Hegedus) , 塞西莉亚·阿里吉 , 吉尔·巴伯 , 亚历克斯·贝特曼 , 伊恩·布拉比 , 克里斯汀·布拉比·哈斯 , 艾伦·J·布里奇 , 史蒂芬·K·伯里 , 斯泰西·克利夫兰 , 露西·科尔威尔 , 安娜·科内萨 , 克里斯蒂安·达拉戈 , 安托万·丹钦 , 安妮塔·德瓦德 , 亚当·德施鲍尔 , 拉奎尔·迪亚斯 , 丁友松 , 冈芳(Gang Fang) , 伊多·弗里德伯格 , 约翰·格尔特 , 约书亚·戈德福德 , 马克·戈雷利克 , 本杰明·居里 , 克里斯托弗·亨利 , 杰弗里·胡蒂内特 , 马歇尔·贾洛赫 , 彼得·D·卡普 , 刘德米拉·孔德拉托娃 , 卢志勇 , 阿伦·马什勒·鲍尔 , 玛丽亚·耶稣·马丁 , 克莱尔·麦克怀特 , 高拉夫·D·莫赫 , 莫纳安 , 安妮·莫尔加特 , 克里斯托弗·蒙格尔 , 达伦·纳塔莱 , 威廉·纳尔逊 , 塞恩·奥多诺休 , 克里斯汀·奥伦戈 , 凯瑟琳·奥图尔 , Predrag Radivojac公司 , 科尔比·里德 , 理察·罗伯茨 , 德米特里·罗迪奥诺夫 , 伊琳娜·罗迪奥诺娃 , 杰弗里·德庞斯 , 拉娜·萨利赫 , 格洛丽亚·谢因克曼 , 弗朗索瓦斯·蒂鲍德·尼森 , 保罗·D·托马斯 , 彼得·尤兹 , 大卫·瓦列内 , 艾丽卡·沃森·卡特 , 彼得·韦格勒 , 瓦莱丽·伍德 , 伊丽莎·伍德·查尔森 , 金旭 :
蛋白质家族功能注释的路线图:社区视角。 数据库J.Biol。 数据库管理 2022 ( 2022 ) ( 2022 ) [公元20年] 塞巴斯蒂安·比特里奇 , 亚纳玫瑰 , 琼·塞古拉 , 罗伯特·洛 , 约翰·韦斯特布鲁克 , 何塞·M·杜阿尔特 , 史蒂芬·K·伯里 :
RCSB蛋白质数据库:改进了PDB中存档的膜蛋白结构的注释、搜索和可视化。 生物信息。 38 ( 5 ) : 1452-1454 ( 2022 ) [公元19年] 琼·塞古拉 , 亚纳玫瑰 , 塞巴斯蒂安·比特里奇 , 史蒂芬·K·伯里 , 何塞·M·杜阿尔特 :
RCSB蛋白质数据库1D3D模块:显示大分子组件的位置特征。 生物信息。 38 ( 12 ) : 3304-3305 ( 2022 ) 2021 [公元18年] 琼·塞古拉 , 亚纳玫瑰 , 约翰·韦斯特布鲁克 , 史蒂芬·K·伯里 , 何塞·M·杜阿尔特 :
RCSB蛋白质数据库1D工具和服务。 生物信息。 36 ( 22-23 ) : 5526-5527 ( 2021 ) [公元17年] 史蒂芬·K·伯里 , 查米·比卡迪亚 , 春晓碧 , 塞巴斯蒂安·比特里奇 , 李晨 , 格雷格·克莱克洛(Gregg V.Crichlow) , 科尔·H·克里斯蒂 , 肯尼思·戴伦伯格 , 路易吉·迪·科斯坦佐 , 何塞·M·杜阿尔特 , 舒奇米塔·杜塔 , 祖康峰 , 赛加尼桑 , 大卫·S·古德塞尔 , 苏塔帕·戈什 , 雷切尔·克莱默·格林 , 弗拉基米尔·古拉诺维奇 , 德米特罗·古赞科 , 布莱恩·哈德森 , 凯瑟琳·劳森 , 梁玉禾 , 罗伯特·洛 , 哈里·南孔 , 以斯拉·佩萨 , 伊琳娜·佩西科娃 , 克里斯托弗·兰德尔 , 亚历山大·罗斯 , 亚纳玫瑰 , 安德烈·萨利 , 琼·塞古拉 , 莫妮卡·塞哈兰 , 邵成华 , 伊平涛 , 玛丽亚·沃伊格特 , 约翰·韦斯特布鲁克 , 茉莉花 , 克里斯汀·扎尔德基 , 玛丽娜·朱拉夫列娃 :
RCSB蛋白质数据库:用于探索生物大分子三维结构的强大新工具,用于基础生物学、生物医学、生物技术、生物工程和能源科学的基础和应用研究和教育。 核酸研究。 49 ( 发布数据库 ) : D437-D451号 ( 2021 ) [公元16年] 大卫·塞纳尔 , 塞巴斯蒂安·比特里奇 , 曼达尔·德什潘德 , Radka SvobodováVareková , 卡雷尔·贝卡 , 瓦茨拉夫·巴兹吉尔 , 萨米尔·维兰卡 , 史蒂芬·K·伯里 , 雅罗斯拉夫·科卡 , 亚历山大·罗斯 :
Mol*Viewer:用于大型生物分子结构的3D可视化和分析的现代网络应用程序。 核酸研究。 49 ( Web服务器-发布 ) : 431-437 ( 2021 ) 2020 [公元15年] 祖康峰 , 娜塔莉·威尔迪格尔 , 路易吉·迪·科斯坦佐 , 大卫·S·古德塞尔 , 约翰·韦斯特布鲁克 , 史蒂芬·K·伯里 , 克里斯汀·扎尔德基 :
蛋白质数据库对科学学科的影响。 数据科学。 J。 19 : 25 ( 2020 ) [公元14年] 康纳·D·帕克斯 , 齐德·盖布 , 迈克尔·邱 , 杨焕旺 , 邵成华 , W·帕特里克·沃尔特斯 , 约翰娜·詹森(Johanna M.Jansen) , 乔治亚·B·麦考基 , 理查德·刘易斯 , 斯科特·本内克 , 迈克尔·K·亚美利克斯 , 塔拉·米尔扎德根 , 史蒂芬·K·伯里 , 罗姆·E·阿玛罗 , 迈克尔·吉尔森 :
D3R大挑战4:蛋白质配体姿态、亲和力排名和相对结合自由能的盲预测。 J.计算。 辅助分子设计。 34 ( 2 ) : 99-119 ( 2020 ) [j13] 德米特罗·古赞科 , 史蒂芬·K·伯里 , 何塞·M·杜阿尔特 :
蛋白质数据库的实时结构搜索。 公共科学图书馆计算。 生物。 16 ( 7 ) ( 2020 ) [公元12年] 大卫·塞纳尔 , 塞巴斯蒂安·比特里奇 , 萨米尔·维兰卡 , 雅罗斯拉夫·科卡 , Radka SvobodováVareková , 史蒂芬·K·伯里 , 亚历山大·罗斯 :
BinaryCIF和CIFTools-轻量级、高效和可扩展的高分子数据管理。 公共科学图书馆计算。 生物。 16 ( 10 ) ( 2020 ) [公元11年] 塞巴斯蒂安·比特里奇 , 史蒂芬·K·伯里 , 亚历山大·罗斯 :
使用反向索引策略在蛋白质中实时搜索结构基序。 公共科学图书馆计算。 生物。 16 ( 12 ) ( 2020 )
2010 – 2019
2019 [公元10年] 齐德·盖布 , 康纳·D·帕克斯 , 迈克尔·邱 , 杨焕旺 , 邵成华 , W·帕特里克·沃尔特斯 , 米勒德·兰伯特 , 内萨·尼文斯 , 斯科特·本内克 , 迈克尔·K·亚美利克斯 , 塔拉·米尔扎德甘 , 史蒂芬·K·伯里 , 罗姆·E·阿玛罗 , 迈克尔·吉尔森 :
D3R大挑战3:蛋白质-甘露型的盲预测和亲和力排名。 J.计算。 辅助分子设计。 33 ( 1 ) : 1-18 ( 2019 ) [公元9年] 史蒂芬·K·伯里 , 海伦·M·伯曼 , 查米·比卡迪亚 , 春晓碧 , 李晨 , 路易吉·迪·科斯坦佐 , 科尔·H·克里斯蒂 , 肯尼思·戴伦伯格 , 何塞·M·杜阿尔特 , 舒奇米塔·杜塔 , 祖康峰 , 苏塔帕·戈什 , 大卫·S·古德塞尔 , 雷切尔·克莱默·格林 , 弗拉基米尔·古拉诺维奇 , 德米特罗·古赞科 , 布莱恩·哈德森 , 塔拉·卡尔罗 , 梁玉禾 , 罗伯特·洛 , 哈里·南孔 , 以斯拉·佩萨 , 伊琳娜·佩里斯科娃 , 安德烈亚斯·普里奇 , 克里斯托弗·兰德尔 , 亚历山大·罗斯 , 彼得·W·罗斯 , 劳尔·萨拉 , 莫妮卡·塞哈兰 , 邵成华 , 李华坦 , 伊平涛 , 亚娜·瓦拉萨塔娃 , 玛丽亚·沃伊格特 , 约翰·韦斯特布鲁克 , 杰西·吴 , 杨焕旺 , 茉莉花 , 玛丽娜·朱拉夫列娃 , 克里斯汀·扎尔德基 :
RCSB蛋白质数据库:支持基础生物学、生物医学、生物技术和能源研究和教育的生物大分子结构。 核酸研究。 47 ( 发布数据库 ) : D464-D474 ( 2019 ) [j8] 阿莱克斯·拉菲塔 , 斯宾塞·布利文 , 安德烈亚斯·普里奇 , 德米特罗·古赞科 , 彼得·W·罗斯 , 安东尼·R·布拉德利 , 保罗·帕凡 , 道格拉斯·迈尔斯-特恩布尔 , 亚娜·瓦拉萨塔娃 , 迈克尔·L·豪尔 , 网站行销经理拉尔森 , 史蒂芬·K·伯里 , 何塞·M·杜阿尔特 :
BioJava 5:一个社区驱动的开源生物信息学库。 公共科学图书馆计算。 生物。 15 ( 2 ) ( 2019 ) 2018 [j7] 茉莉花 , 约翰·韦斯特布鲁克 , 祖康峰 , 以斯拉·佩萨 , 伊琳娜·佩西科娃 , 劳尔·萨拉 , 桑查伊塔·森 , 约翰·贝里斯福德 , 贾瓦哈尔·斯瓦米纳坦 , 托马斯·奥尔德菲尔德 , 亚历山大·古特马纳斯 , 井上理子 , 大卫·R·阿姆斯特朗 , 库马兰·巴斯卡兰 , 李晨 , 陈敏宇 , 爱丽丝·克拉克 , 路易吉·迪·科斯坦佐 , 迪米特里斯·迪米特罗普洛斯 , 高光华 , 苏塔帕·戈什 , 斯旺德·P·戈尔 , 弗拉基米尔·古拉诺维奇 , 彼得·亨德里克斯 , 布莱恩·哈德森 , 池川康夫 , Yumiko Kengaku先生 , 凯瑟琳·劳森 , 梁玉禾 , 洛拉·马克 , 阿比克·穆霍帕迪亚 , Buvaneswari哥印拜陀Narayanan , Kayoko Nishiyama公司 , 阿丹·帕特沃德汉 , 高拉夫·萨赫尼 , 爱德华多·桑兹·加西亚 , 佐藤俊科 , 莫妮卡·塞哈兰 , 邵成华 , 奥利弗·S·斯马特 , 李华坦 , 格伦·范·金克尔 , 杨焕旺 , 玛丽娜·朱拉夫列娃 , 约翰·马克利 , 中村春树 , Genji Kurisu先生 , 杰拉德·克莱韦格特 , 萨米尔·维兰卡 , 海伦·M·伯曼 , 史蒂芬·K·伯里 :
支持开放获取高质量3D结构生物学数据的全球蛋白质数据库生物构建。 数据库J.Biol。 数据库管理 2018 : 托架002 ( 2018 ) [j6] 齐德·盖布 , 刘帅(Shuai Liu) , 西蒙·加蒂亚卡 , 迈克尔·邱 , 杨焕旺 , 邵成华 , 维多利亚·A·费赫 , W·帕特里克·沃尔特斯 , 伯恩德·库恩 , 马库斯·鲁道夫 , 史蒂芬·K·伯里 , 迈克尔·吉尔森 , 罗姆·E·阿玛罗 :
D3R大挑战2:蛋白质配体姿态、亲和力排名和相对结合自由能的盲预测。 J.计算。 辅助分子设计。 32 ( 1 ) : 1-20 ( 2018 ) 【c1】 大卫·塞纳尔 , 亚历山大·罗斯 , 雅罗斯拉夫·科卡 , 史蒂芬·K·伯里 , 萨米尔·维兰卡 :
Mol*:面向Web分子图形的通用库和工具。 EuroVis的MolVa 2018 : 29-33 2017 [j5] 彼得·W·罗斯 , 安德烈亚斯·普里奇 , 阿里·阿尔图卡亚 , 春晓碧 , 安东尼·布拉德利 , 科尔·H·克里斯蒂 , 路易吉·迪·科斯坦佐 , 何塞·M·杜阿尔特 , 舒奇米塔·杜塔 , 祖康峰 , 雷切尔·克莱默·格林 , 大卫·S·古德塞尔 , 布莱恩·哈德森 , 塔拉·卡尔罗 , 罗伯特·洛 , 以斯拉·佩萨 , 克里斯托弗·兰德尔 , 亚历山大·罗斯 , 邵成华 , 伊平涛 , 亚娜·瓦拉萨塔娃 , 玛丽亚·沃伊格特 , 约翰·韦斯特布鲁克 , 杰西·吴 , 杨焕旺 , 茉莉花 , 克里斯汀·扎尔德基 , 海伦·M·伯曼 , 史蒂芬·K·伯里 :
RCSB蛋白质数据库:蛋白质、基因和3D结构信息的综合视图。 核酸研究。 45 ( 发布数据库 ) : D271-D281型 ( 2017 ) 2016 【j4】 安德烈亚斯·普里奇 , 塔拉·卡尔罗 , 罗什尼·巴塔查里亚 , 科尔·H·克里斯蒂 , 史蒂芬·K·伯里 , 彼得·W·罗斯 :
将基因组信息与RCSB蛋白质数据库中的蛋白质序列和3D原子水平结构相结合。 生物信息。 32 ( 24 ) : 3833-3835 ( 2016 ) [j3] 西蒙·加蒂亚卡 , 刘帅(Shuai Liu) , 迈克尔·邱 , 杨焕旺 , 珍妮·斯塔基 , 尤娜康 , 吉姆·德尔普洛普斯托 , 生姜Kubish , 詹姆斯·邓巴(James B.Dunbar Jr.)。 , 希瑟·A·卡尔森 , 史蒂芬·K·伯里 , W·帕特里克·沃尔特斯 , 罗姆·E·阿玛罗 , 维多利亚·A·费赫 , 迈克尔·吉尔森 :
2015年D3R大挑战:评估蛋白质与亲和力预测。 J.计算。 辅助分子设计。 30 ( 9 ) : 651-668 ( 2016 ) 2015 [注2] 彼得·W·罗斯 , 安德烈亚斯·普里奇 , 春晓碧 , 沃尔夫冈·布卢姆 , 科尔·H·克里斯蒂 , 舒奇米塔·杜塔 , 雷切尔·克莱默·格林 , 大卫·S·古德塞尔 , 约翰·韦斯特布鲁克 , 杰西·吴 , 茉莉花 , 克里斯汀·扎尔德基 , 海伦·M·伯曼 , 菲利普·E·伯恩 , 史蒂芬·K·伯里 :
RCSB蛋白质数据库:基础和应用研究及教育的结构生物学观点。 核酸研究。 43 ( 发布数据库 ) : 345-356 ( 2015 ) 2011 [j1] 乌苏拉·皮埃尔 , 本杰明·韦伯 , 大卫·T·巴尔坎 , 迪娜·施奈德曼·杜霍夫尼 , 艾夫纳·施莱辛格 , 汉内斯·布拉伯格 , 郑阳 , 伊莱恩·孟 , 埃里克·彼得森 , 康拉德·C·黄 , 鲁奇拉·达塔 , Parthasarathy Sampathkumar公司 , Mallur S.Madhusudhan公司 , Kimmen Sjölander公司 , 托马斯·E·费林 , 史蒂芬·K·伯里 , 安德烈·萨利 :
ModBase是一个带有注释的比较蛋白质结构模型和相关资源的数据库。 核酸研究。 39 ( 发布数据库 ) : 465-474 ( 2011 )