拉马纳森·索德哈米尼
人员信息
优化列表
2020年–今天
2022 
[公元48年] 蒂尔娜·巴塔查里亚 
, Soumya Nayak公司 , 斯米特·戈斯瓦米 , Vasundhara Gadiyaram公司 , Oommen K.马修 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
PASS2.7：包含SCOPe蛋白质域超家族基于结构的序列比对和相关特征的数据库。 数据库J.Biol。 数据库管理 2022 ( 2022 ) ( 2022 ) [公元47年] 内哈·V·卡尔曼卡尔 , Murugavel Pavalam公司 , Sowmya Indrakumar公司 , 纳拉亚纳斯瓦米·斯里尼瓦桑 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
DSDBASE 2.0：二硫化物数据库的更新版本，一个关于蛋白质中二硫键的数据库。 数据库J.Biol。 数据库管理 2022 ( 2022 ) ( 2022 ) [公元46年] 迈克尔·格罗米哈 , 克里斯汀·奥伦戈 , 拉马纳森·索德哈米尼 , 珍妮特·桑顿 :
Srinivasan（1962-2021），生物信息学及其他。 生物信息。 38 ( 8 ) : 2377-2379 ( 2022 )
2010 – 2019
2019 [j45] 普里塔·戈什 , 蒂尔娜·巴塔查里亚 , Oommen K.马修 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
PASS2第6版：根据SCOPe建立的蛋白质结构域超家族基于结构的序列比对数据库。 数据库J.Biol。 数据库管理 2019 : 巴兹028 ( 2019 ) [公元44年] Meenakshi S.Iyer公司 , 卡尔提克·巴尔加瓦 , Murugavel Pavalam公司 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
使用改进的方法和特征更新GenDiS数据库，以识别蛋白质结构域超家族的同源序列。 数据库J.Biol。 数据库管理 2019 : 巴兹042 ( 2019 ) 2016 [公元43年] 卡德·沙米尔 , 洛克什·P·特里帕西 , 克里希纳·R·卡拉里 , 乔尔·达德利 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
解读编码变体的功能效应：蛋白质组尺度预测、注释和评估的挑战。 生物信息简报。 17 ( 5 ) : 841-862 ( 2016 ) [公元42年] 斯瓦蒂·考希克 , Anu G.Nair公司 , 埃希塔羊肉 , Hari Prasanna Subramanian公司 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
通过在序列空间中级联隐马尔可夫模型搜索快速增强的远程同源性检测。 生物信息。 32 ( 三 ) : 338-344 ( 2016 ) [公元41年] 普里塔·戈什 , Oommen K.马修 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
RStructFam：一个网络服务器，用于从序列信息中关联RNA-结合蛋白的结构和同源RNA。 BMC生物信息。 17 : 411 ( 2016 ) [j40] 阿鲁穆加姆·甘迪马蒂 , 普里塔·戈什 , 斯里达尔·哈里哈拉普特兰 , Oommen K.马修 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
用于远距离相关SCOP域超家族基于结构的序列比对的PASS2数据库：更新至版本5并添加功能。 核酸研究。 44 ( 发布数据库 ) : 410-414 ( 2016 ) 2015 [公元39年] 帕特里夏·C·巴比特 , 潘泰利斯·G·巴戈斯 , 阿莫斯·拜洛赫 , 亚历克斯·贝特曼 , 阿尔诺·查托内 , 马克·济南·陈 , 大卫·J·克里克 , 罗伯特·D·芬恩 , 大卫·E·格洛里亚姆 , 丹尼尔·哈夫特 , 伯纳德·亨利萨特 , 杰玛·L·霍利迪 , 维格尼尔斯伯格 , 昆廷·卡斯 , 大卫·兰德斯曼 , 尼古拉斯·伦芬特 , 杰拉德·曼宁 , 长野野佐美 , 纳拉亚纳斯瓦米·斯里尼瓦桑 , 克莱尔·奥多诺万 , 金·D·普鲁特 , 拉马纳森·索德哈米尼 , 尼尔·D·罗林斯 , 小米尔顿·H·赛尔。 , 乔安娜·L·沙曼 , 迈克尔·斯佩丁 , Konstantinos D.Tsirigos公司 , 奥克瓦斯特马克 , 杰里特·弗里德 :
创建专业蛋白质资源网络：蛋白质生物信息学和社区资源务虚会的会议报告。 数据库J.Biol。 数据库管理 2015 ( 2015 ) [j38] 拉胡尔·梅特里 , 斯里达尔·哈里哈拉普特兰 , 加亚特里·拉马克里希南 , 普拉文·阿南德 , Upadhyayula S.Raghavender公司 , 伯纳多·奥乔亚·蒙塔诺 , 艾丽西娅·希格鲁埃洛 , 拉马纳森·索德哈米尼 , Nagasuma R.Chandra公司 , 汤姆·布伦德尔 , 纳拉亚纳斯瓦米·斯里尼瓦桑 :
SInCRe-结构化交互组计算资源 结核分枝杆菌 . 数据库J.Biol。 数据库管理 2015 ( 2015 ) [公元37年] 索尼Malhotra , Oommen K.马修 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
DOCKSCORE：一个对蛋白质停靠姿势进行排名的网络服务器。 BMC生物信息。 16 : 127:1-127:6 ( 2015 ) [公元36年] 里查·穆加尔 , 桑卡兰·桑迪亚 , 加亚特里·库马尔 , 拉马纳森·索德哈米尼 , Nagasuma R.Chandra公司 , 纳拉亚纳斯瓦米·斯里尼瓦桑 :
NrichD数据库：富含计算设计的蛋白质样序列的序列数据库有助于远程同源性检测。 核酸研究。 43 ( 发布数据库 ) : 300-305 ( 2015 ) 2014 [j35] 阿格内尔·普拉文·约瑟夫 , Prashant Shingate公司 , 阿图尔·库马尔·乌帕迪亚伊 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
3PFDB+：用于鉴定蛋白质序列结构域家族代表的改进搜索协议和更新。 数据库J.Biol。 数据库管理 2014 ( 2014 ) [公元34年] Prashant Shingate公司 , 马利尼·马诺哈兰 , 安舒尔·苏克瓦尔 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
ECMIS：识别蛋白质界面热点的计算方法。 BMC生物信息。 15 : 303 ( 2014 ) [公元33年] 埃希塔羊肉 , Oommen K.马修 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
LenVarDB：长度变异蛋白质结构域数据库。 核酸研究。 42 ( 发布数据库 ) : 246-250 ( 2014 ) 2013 [公元32年] 埃希塔羊肉 , 苏达·拉尼 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
蛋白质结构域比对的结构更新以及对结构域超家族进化模型的影响。 生物数据最小值。 6 : 20 ( 2013 ) 2012 [公元31年] 索尼Malhotra , 拉马纳森·索德哈米尼 :
现有DNA-蛋白质复合物的以蛋白质为中心的二级分类。 BMC生物信息。 13 : 165 ( 2012 ) 【j30】 卡德·沙米尔 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
与人类蛋白质组中3D结构域交换相关的功能库、分子途径和疾病。 临床杂志。 生物信息。 2 : 8 ( 2012 ) [公元29年] 阿鲁穆加姆·甘迪马蒂 , Anu G.Nair公司 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
PASS2版本4：结构域超家族基于结构的序列比对数据库的更新。 核酸研究。 40 ( 发布数据库 ) : 531-534 ( 2012 ) 2011 [公元28年] Singaravelu Kalaimathy公司 , 拉马纳森·索德哈米尼 , 卡鲁皮亚·卡纳加拉贾杜赖 :
远距离关系下基于结构的序列比对方法的关键评估。 生物信息简报。 12 ( 2 ) : 163-175 ( 2011 ) [公元27年] 卡德·沙米尔 , Prashant Shingate公司 , S.C.P.Manjunath公司 , M.卡提卡 , 甘尼桑·普盖伦西 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
3DSwap：涉及3D域交换的蛋白质的精选知识库。 数据库J.Biol。 数据库管理 2011 ( 2011 ) [公元26年] 埃希塔羊肉 , 阿比吉特·米特拉 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
搜索显示相当大的结构域长度变化的蛋白质序列同源序列。 国际J·诺尔。 发现。 生物信息。 2 ( 2 ) : 55-77 ( 2011 ) [公元25年] 卡鲁皮亚·卡纳加拉贾杜赖 , Singaravelu Kalaimathy公司 , Paramasivam Nagarajan公司 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
PASS2：蛋白质结构域超家族基于结构的序列比对数据库。 国际J·诺尔。 发现。 生物信息。 2 ( 4 ) : 53-66 ( 2011 ) 【c4】 潘杜拉甘·桑达拉穆蒂（Pandurangan Sundaramurthy） , 拉希·斯列尼瓦桑 , 卡德·沙米尔 , 苏尼塔·加哈尔 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
海报：HORIBALFRE：基于高阶剩余相互作用的折叠重新认知算法。 ICCABS公司 2011 : 262 【c3】 埃希塔羊肉 , 阿比吉特·米特拉 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
挖掘可显示相当大的结构域长度变化的远程同源序列的蛋白质序列数据库。 ICDM研讨会 2011 : 1050-1057 【c2】 迪维亚·P·赛马拉德维 , Singaravelu Kalaimathy公司 , 纳西尔·帕夏 , S.Subramonian公司 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
在对肌球蛋白家族成员进行全基因组数据挖掘之后进行三步验证可以提高搜索效率。 ICDM研讨会 2011 : 1071-1074 2010 [公元24年] 潘杜拉甘·桑达拉穆蒂（Pandurangan Sundaramurthy） , 卡德·沙米尔 , 拉希·斯列尼瓦桑 , 苏尼塔·加哈尔 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
HORI：计算蛋白质结构中高阶残基相互作用的网络服务器。 BMC生物信息。 11 ( S-1号机组 ) : 24 ( 2010 ) [公元23年] 卡德·沙米尔 , 拉利马·L·马丹 , Shivamurthy Veeranna公司 , Balasubramanian戈帕尔 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
PeptideMine-一个网络服务器，用于设计从蛋白质相互作用体衍生的蛋白质-肽结合研究的肽。 BMC生物信息。 11 : 473 ( 2010 ) 【c1】 V.S.戈瑞 , 卡德·沙米尔 , Chilamakuri Chandra Sekhar Reddy公司 , Prashant Shingate公司 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
一种用于识别蛋白质结构域家族的最佳代表性序列的序列数据挖掘协议。 ICDM研讨会 2010 : 703-710
2000 – 2009
2009 [公元22年] 卡德·沙米尔 , Paramasivam Nagarajan公司 , 库马尔·高拉夫 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
3PFDB-一个使用新型数据挖掘方法生成的蛋白质家族最佳代表性PSSM图谱（BRP）数据库。 生物数据最小值。 2 : 8 ( 2009 ) 2008 [公元21年] Chilamakuri Chandra Sekhar Reddy公司 , 卡德·沙米尔 , 伯纳德·奥夫曼 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
PURE：用于预测蛋白质中未分配区域的域的网络服务器。 BMC生物信息。 9 ( 2008 ) [公元20年] 卡鲁皮亚·卡纳加拉贾杜赖 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
白细胞介素-8样趋化因子超家族的序列和结构分析。 硅生物。 8 ( 3-4 ) : 307-330 ( 2008 ) [公元19年] 甘尼桑·普盖伦西 , Ponnuthurai N.Suganthan公司 , 拉马纳森·索德哈米尼 , 赛卡特·查克拉巴蒂 :
MegaMotifBase：蛋白质家族和超家族中结构基序的数据库。 核酸研究。 36 ( 发布数据库 ) : 218-221 ( 2008 ) 2007 [公元18年] 甘尼桑·普盖伦西 , Ponnuthurai N.Suganthan公司 , 拉马纳森·索德哈米尼 , 赛卡特·查克拉巴蒂 :
SMotif：蛋白质结构基序的服务器。 生物信息。 23 ( 5 ) : 637-638 ( 2007 ) [j17] 甘尼桑·普盖伦西 , E.可堂 , Ponnuthurai N.Suganthan公司 , 戈文达拉朱弧湖南 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
一种机器学习方法，用于从序列衍生属性中识别气味结合蛋白。 BMC生物信息。 8 ( 2007 ) 2006 [公元16年] 赛卡特·查克拉巴蒂 , 戈瑞·马诺哈里 , 甘尼桑·普盖伦西 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
SSToSS-单成员超族的序列结构模板。 硅生物。 6 ( 4 ) : 311-319 ( 2006 ) [公元15年] 钱德拉谢卡尔·雷迪 , 阿鲁纳查拉姆·马诺马尼 , Meenakshi巴布 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
含有III类腺苷酸环化酶结构域的基因产物的增强结构预测。 硅生物。 6 ( 5 ) : 351-362 ( 2006 ) [公元14年] 甘尼桑·普盖伦西 , 阿尼尔班·巴杜里 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
iMOTdb-蛋白质中空间相互作用基序的综合集合。 核酸研究。 34 ( 发布数据库 ) : 285-286 ( 2006 ) [j13] 拉娜·巴德拉 , 桑卡兰·桑提亚 , K.R.阿比南丹 , 赛卡特·查克拉巴蒂 , 拉马纳森·索德哈米尼 , 纳拉亚纳斯瓦米·斯里尼瓦桑 :
级联PSI-BLAST网络服务器：用于相关蛋白质域的远程同源搜索工具。 核酸研究。 34 ( Web服务器发布 ) : 143-146 ( 2006 ) [公元12年] 甘尼桑·普盖伦西 , 卡德·沙米尔 , 纳拉亚纳斯瓦米·斯里尼瓦桑 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
和谐：用于评估蛋白质结构的服务器。 核酸研究。 34 ( Web服务器发布 ) : 231-234 ( 2006 ) 2005 [公元11年] 库马尔·高拉夫 , 尼廷·古普塔 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
FASSM：使用序列和结构模式在全基因组分析中增强功能关联。 硅生物。 5 ( 5-6 ) : 425-438 ( 2005 ) [公元10年] 甘尼桑·普盖伦西 , 阿尼尔班·巴杜里 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
GenDiS：蛋白质结构域超家族的基因组分布。 核酸研究。 33 ( 发布数据库 ) : 252-255 ( 2005 ) [公元9年] 甘尼桑·普盖伦西 , Govindaraju Archunan公司 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
DIAL：一个基于网络的服务器，用于自动识别蛋白质中的结构域。 核酸研究。 33 ( Web服务器发布 ) : 130-132 ( 2005 ) [j8] 赛卡特·查克拉巴蒂 , 普雷姆·A·阿南德 , 尼丁·巴德瓦吉 , 甘尼桑·普盖伦西 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
SCANMOT：通过同时扫描多个序列基序来搜索相似的序列。 核酸研究。 33 ( Web服务器发布 ) : 274-276 ( 2005 ) 2004 [j7] 阿尼尔班·巴杜里 , 甘尼桑·普盖伦西 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
PASS2：作为结构超家族组织的蛋白质比对的自动化数据库。 BMC生物信息。 5 : 35 ( 2004 ) [j6] 赛卡特·查克拉巴蒂 , 尼丁·巴德瓦吉 , 普雷姆·A·阿南德 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
利用顺序保守的图案提高对准精度。 BMC生物信息。 5 : 167 ( 2004 ) [j5] A.维纳亚加姆 , 甘尼桑·普盖伦西 , R.拉杰什 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
SDBASE：蛋白质中天然和模拟二硫键的联合体。 核酸研究。 32 ( 发布数据库 ) : 200-202 ( 2004 ) 【j4】 阿尼尔班·巴杜里 , 甘尼桑·普盖伦西 , 尼廷·古普塔 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
iMOT：用于选择空间交互图案的交互式软件包。 核酸研究。 32 ( Web服务器发布 ) : 602-605 ( 2004 ) 2003 [j3] A.维纳亚加姆 , 基业市 , 甘尼桑·普盖伦西 , B.梅纳克西 , 汤姆·布伦德尔 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
DDBASE2.0：更新了域数据库，改进了结构域的标识。 生物信息。 19 ( 14 ) : 1760-1764 ( 2003 ) 2002 [注2] V.马利卡 , 阿尼尔班·巴杜里 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
PASS2：作为结构超家族组织的蛋白质比对的半自动化数据库。 核酸研究。 30 ( 1 ) : 284-288 ( 2002 ) [j1] 沙希·潘迪特 , 迪利普·戈萨 , S.Abhiman公司 , S.Sujatha公司 , 萨亚利·迪克西特 , 娜塔莎·姆哈特雷 , 拉马纳森·索德哈米尼 , 纳拉亚纳斯瓦米·斯里尼瓦桑 :
SUPFAM-通过比较基于序列和基于结构的家族获得的潜在蛋白质超家族关系数据库：对基因组中结构基因组学和功能注释的影响。 核酸研究。 30 ( 1 ) : 289-293 ( 2002 )
合著者索引
