Emad Tajkhorshid公司
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2020年–今天
2023 [公元11年] 玛丽亚诺·斯皮瓦克 , 约翰·E·斯通 , 若昂·里贝罗 , 扬·萨姆 , 彼得·弗雷多利诺 , 拉斐尔·贝尔纳迪 , Emad Tajkhorshid公司 :
VMD是量子和经典模拟中交互式小分子制备和可视化的平台。 化学杂志。 信息模型。 63 ( 15 ) : 4664-4678 ( 2023 ) 【c3】 苏雷什·马鲁 , 马龙·E·皮尔斯 , 贝斯·普拉尔 , 苏哈卡尔·帕米迪甘塔姆 , Dimuthu Wannipurage公司 , 马库斯·克里斯蒂 , 伊苏鲁·拉纳瓦卡 , 埃罗马·阿贝辛格 , 罗伯·奎克 , Emad Tajkhorshid公司 , 赛义德·科里奇 , 吉姆·巴斯尼 , 马里亚诺·斯皮瓦克 , 巴里·伊斯拉莱维茨 , 拉斐尔·贝尔纳迪 , 迭戈·戈麦斯 , Giri P.Krishnan女士 , 马克西姆·巴热诺夫 , 沙瓦·斯莫伦 , 阿米特·马朱姆达尔 , 安东·阿尔基波夫 , Kael Dai公司 , 刘晓平 , Kenneth Yoshimoto先生 :
赛博航天飞机:一个端到端的网络基础设施,以加速科学和工程领域的发现。 南盟 2023 : 26日至34日 [i3] Hyun Park公司 , 闫晓丽(Xiaoli Yan) , 朱瑞杰 , E.A.韦尔塔 , 桑塔努·乔杜里 , 唐尼·库珀 , 伊恩·福斯特 , Emad Tajkhorshid公司 :
GHP-MOF组装:扩散建模、高通量筛选和分子动力学,用于合理发现用于大规模碳捕获的新型金属-有机框架。 CoRR公司 abs/2306.08695 ( 2023 ) [i2] Hyun Park公司 , 俞伯元 , 聚海公园 , 葛荪 , Emad Tajkhorshid公司 , 胡安·德巴勃罗 , 路德维希·施耐德 :
通过机器学习预测二嵌段共聚物的形态。 CoRR公司 abs/2308.16886 ( 2023 ) 2022 [公元10年] 安达·特里凡 , Defne Gorgun公司 , 迈克尔·萨利姆 , 李宗义 , 亚历山大·布雷斯 , 马克西姆·兹维亚金 , Heng Ma公司 , 奥斯汀·克莱德 , 克拉克 , 大卫·J·哈迪 , 汤姆·伯恩利 , 雷黄(Lei Huang) , 约翰·麦卡宾 , 穆拉利·埃马尼 , Hyenseung Yoo公司 , 尹俊奇 , 阿里斯泰迪斯 , 维沙尔·苏比亚 , 坦维尔·拉扎 , 刘芷绚 , 诺亚·特雷贝什 , 杰弗里·威尔斯 , Venkatesh迈索尔 , 汤姆·吉布斯 , 詹姆斯·C·菲利普斯 , S.查克拉·钦努霍特拉 , 伊恩·福斯特 , 里克史蒂文斯 , 阿尼玛·阿南德库玛 , 文卡特拉姆·维什瓦纳 , 约翰·E·斯通 , Emad Tajkhorshid公司 , 莎拉·哈里斯 , 阿尔文德·拉马纳森 :
智能分辨率:将Cryo-EM与AI驱动的多分辨率模拟相结合,观察严重急性呼吸综合征冠状病毒-2复制转录机制的作用。 Int.J.高性能计算。 申请。 36 ( 5-6 ) : 603-623 ( 2022 ) [公元9年] 乔什·文森特·维尔马斯 , 克里斯托弗·梅恩 , 埃里克·希恩 , Emad Tajkhorshid公司 :
细胞级膜封套的组装和分析。 化学杂志。 信息模型。 62 ( 三 ) : 602-617 ( 2022 ) [j8] 朱塞佩·利卡里 , Sepehr Dehghani-Ghahnaviyeh公司 , Emad Tajkhorshid公司 :
膜混合器:一种高效去除异质生物膜中脂质的工具包。 化学杂志。 信息模型。 62 ( 4 ) : 986-996 ( 2022 ) 【c2】 大卫·J·哈迪 , 崔杰敏(Jaemin Choi) , 魏江 , 埃马德·塔伊霍斯德 :
将NAMD移植到数据并行C++编程模型的经验。 IWOCL公司 2022 : 15:1-15:5 [i1] Hyun Park公司 , 朱瑞杰 , E.A.韦尔塔 , 桑塔努·乔杜里 , Emad Tajkhorshid公司 , 唐尼·库珀 :
用于分子和晶体超参数优化、模型训练和可解释推理的端到端AI框架。 CoRR公司 abs/2212.11317 ( 2022 ) 2021 【c1】 大卫·J·哈迪 , 约翰·E·斯通 , 巴里·伊斯雷维茨 , Emad Tajkhorshid公司 :
从新冠肺炎病毒的反应性分子动力学研究中吸取的教训。 紧急HPC@SC 2021 : 1-10 2020 [j7] Shashank长裤 , Emad Tajkhorshid公司 :
GRP1 PH域与阴离子膜相互作用的微观表征。 J.计算。 化学。 41 ( 6 ) : 489-499 ( 2020 ) [j6] 陈浩川 , 朱利奥·D·C·迈亚 , 布莱恩·拉达克 , 大卫·J·哈迪 , 蔡文胜 , 克里斯托夫·奇波特 , Emad Tajkhorshid公司 :
使用GPU加速NAMD推进自由能扰动计算。 化学杂志。 信息模型。 60 ( 11 ) : 5301-5307 ( 2020 )
2010 – 2019
2016 [j5] 乔什·文森特·维尔马斯 , 大卫·J·哈迪 , 约翰·E·斯通 , Emad Tajkhorshid公司 , 阿克塞尔·科尔迈耶 :
TopoGromacs:VMD内从CHARMM到GROMACS的自动拓扑转换。 化学杂志。 信息模型。 56 ( 6 ) : 1112-1116 ( 2016 ) 2013 【j4】 克里斯托弗·梅恩 , 扬·萨姆 , 克劳斯·舒尔滕 , Emad Tajkhorshid公司 , 詹姆斯·坎巴特 :
使用力场工具箱快速参数化小分子。 J.计算。 化学。 34 ( 32 ) : 2757年-2770年 ( 2013 ) 2010 [j3] 萨赫·阿夫珊·谢赫 , Emad Tajkhorshid公司 :
钠原子内表面态的建模与动力学 + /氯离子 - 依赖性神经递质转运体同源。 公共科学图书馆计算。 生物。 6 ( 8 ) ( 2010 )
2000 – 2009
2005 [注2] 詹姆斯·菲利普斯 , 罗斯玛丽·布劳恩 , 王伟(音译) , 詹姆斯·坎巴特 , Emad Tajkhorshid公司 , 伊丽莎白·维拉 , 克里斯托夫·奇波特 , 罗伯特·D·斯科尔 , 拉克西坎特·V·卡莱 , 克劳斯·舒尔滕 :
具有NAMD的可缩放分子动力学。 J.计算。 化学。 26 ( 16 ) : 1781-1802 ( 2005 ) 2004 [j1] 费利克斯·奥滕里思 , Emad Tajkhorshid公司 , 杰罗姆·鲍德里 , 扎伊达·卢瑟·舒尔滕 :
细胞色素c血红素修复组的经典力场参数。 J.计算。 化学。 25 ( 13 ) : 1613-1622 ( 2004 )